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- PDB-7u3i: GID4 in complex with compound 16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u3i
タイトルGID4 in complex with compound 16
要素Glucose-induced degradation protein 4 homolog
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN/INHIBITOR / Complex / Inhibitor / Protein degradation / PEPTIDE BINDING PROTEIN / PEPTIDE BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein catabolic process in the vacuole / GID complex / protein targeting to vacuole / negative regulation of gluconeogenesis / ubiquitin ligase complex / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
Vacuolar import/degradation protein Vid24 / Vacuolar import and degradation protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L5X / Glucose-induced degradation protein 4 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.991 Å
データ登録者Chana, C.K. / Sicheri, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-143277 カナダ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Structural Characterization of Small Molecule Binders of the Human CTLH E3 Ligase Subunit GID4.
著者: Chana, C.K. / Maisonneuve, P. / Posternak, G. / Grinberg, N.G.A. / Poirson, J. / Ona, S.M. / Ceccarelli, D.F. / Mader, P. / St-Cyr, D.J. / Pau, V. / Kurinov, I. / Tang, X. / Deng, D. / Cui, W. ...著者: Chana, C.K. / Maisonneuve, P. / Posternak, G. / Grinberg, N.G.A. / Poirson, J. / Ona, S.M. / Ceccarelli, D.F. / Mader, P. / St-Cyr, D.J. / Pau, V. / Kurinov, I. / Tang, X. / Deng, D. / Cui, W. / Su, W. / Kuai, L. / Soll, R. / Tyers, M. / Rost, H.L. / Batey, R.A. / Taipale, M. / Gingras, A.C. / Sicheri, F.
履歴
登録2022年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-induced degradation protein 4 homolog
B: Glucose-induced degradation protein 4 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8106
ポリマ－39,2102
非ポリマー6014
水1,18966
1
A: Glucose-induced degradation protein 4 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9053
ポリマ－19,6051
非ポリマー3002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucose-induced degradation protein 4 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9053
ポリマ－19,6051
非ポリマー3002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.651, 40.141, 51.614
Angle α, β, γ (deg.)89.990, 107.900, 89.970
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 124 through 128 or (resid 129...
21(chain B and (resid 124 through 145 or (resid 146...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPHEPHE(chain A and (resid 124 through 128 or (resid 129...AA124 - 1282 - 6
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 124 through 128 or (resid 129...AA1297
13SERSERVALVAL(chain A and (resid 124 through 128 or (resid 129...AA124 - 2892 - 167
14SERSERVALVAL(chain A and (resid 124 through 128 or (resid 129...AA124 - 2892 - 167
15SERSERVALVAL(chain A and (resid 124 through 128 or (resid 129...AA124 - 2892 - 167
16SERSERVALVAL(chain A and (resid 124 through 128 or (resid 129...AA124 - 2892 - 167
17SERSERVALVAL(chain A and (resid 124 through 128 or (resid 129...AA124 - 2892 - 167
18SERSERVALVAL(chain A and (resid 124 through 128 or (resid 129...AA124 - 2892 - 167
21SERSERLEULEU(chain B and (resid 124 through 145 or (resid 146...BB124 - 1452 - 23
22GLNGLNHISHIS(chain B and (resid 124 through 145 or (resid 146...BB146 - 14724 - 25
23SERSERVALVAL(chain B and (resid 124 through 145 or (resid 146...BB124 - 2892 - 167
24SERSERVALVAL(chain B and (resid 124 through 145 or (resid 146...BB124 - 2892 - 167
25SERSERVALVAL(chain B and (resid 124 through 145 or (resid 146...BB124 - 2892 - 167
26SERSERVALVAL(chain B and (resid 124 through 145 or (resid 146...BB124 - 2892 - 167
27SERSERVALVAL(chain B and (resid 124 through 145 or (resid 146...BB124 - 2892 - 167

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要素

#1: タンパク質 Glucose-induced degradation protein 4 homolog / Vacuolar import and degradation protein 24 homolog


分子量: 19604.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GID4, C17orf39, VID24 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IVV7
#2: 化合物 ChemComp-L5X / 3-{[(5S)-5-methyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl]amino}phenol


分子量: 208.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 16% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→49.116 Å / Num. obs: 18720 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.318 % / Biso Wilson estimate: 43.269 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.768 / Net I/σ(I): 9.81
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.99-2.113.1330.9481.324969167315860.5331.13894.8
2.11-2.253.2990.6112.225116158115510.770.72998.1
2.25-2.433.4780.4063.485081147014610.8940.48199.4
2.43-2.663.3890.2475.454582135413520.9510.29499.9
2.66-2.983.3140.1348.974050123712220.9850.16198.8
2.98-3.443.2940.06915.653561109310810.9940.08298.9
3.44-4.23.4410.04423.7432079359320.9970.05299.7
4.2-5.923.2240.03628.9222897287100.9970.04397.5
5.92-49.1163.2690.03229.9813864314240.9980.03898.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.1 Å49.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
XDS20200417データ削減
XSCALE20200417データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CCR

6ccr


解像度: 1.991→49.116 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 943 5.04 %
Rwork0.1961 17777 -
obs0.1979 18720 92.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.71 Å2 / Biso mean: 49.2145 Å2 / Biso min: 22.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.991→49.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2425 0 40 66 2531
Biso mean--59.58 47.28 -
残基数----308
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1333X-RAY DIFFRACTION7.211TORSIONAL
12B1333X-RAY DIFFRACTION7.211TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.991-2.09550.36271150.322232985
2.0955-2.22680.32821350.287246189
2.2268-2.39870.30081410.2513260295
2.3987-2.64010.31211380.2362258995
2.6401-3.02210.231330.2018256293
3.0221-3.80730.19271370.1762261495
3.8073-49.1160.19951440.1626262095
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4135-3.3121.40085.6124-2.34964.3384-0.36040.13850.2457-0.43320.33360.2994-0.3112-0.4582-0.05660.3562-0.0411-0.11410.41950.03440.367-8.1935-2.654-14.6583
26.7035-3.79812.93756.1995-1.89877.43770.63760.8988-0.1497-1.2347-0.38460.52150.53510.168-0.21690.4808-0.0382-0.03010.3180.01050.2963-2.4217-7.5913-17.7162
33.9450.7415-0.62390.24220.22053.27320.09830.31780.1078-0.79020.1021-1.27730.27690.4395-0.08530.28660.0310.17090.4001-0.00790.749913.5449-2.3745-9.6974
49.89262.6659-3.62792.3518-1.29552.172-0.06280.56220.39230.46780.1226-1.1007-0.87480.0751-0.01730.5321-0.02290.05890.35930.00640.48939.49467.1633-7.9022
55.4392-2.7907-2.17082.0383-0.9498.6685-0.2534-0.6065-0.08410.2310.8712-0.97290.27190.8787-0.56090.46320.0346-0.02910.4759-0.06870.53547.00113.0382.8263
65.159-5.0596-0.87085.2352.41128.145-0.6516-2.5428-0.40661.30891.2954-0.32170.06531.4206-0.48040.69220.1087-0.03240.69140.08660.51535.9626-5.79074.9002
72.94461.29270.67476.47885.65976.90820.07770.2152-0.3048-0.61290.3425-0.3007-0.99350.3534-0.41520.36330.01820.0450.28290.03080.31752.5991-4.6591-13.1193
83.1854-0.16470.0222.3936-0.23553.94090.16980.4310.2909-0.41370.0035-0.0873-0.5006-0.0978-0.13040.3653-0.02730.02340.29730.05280.2971-1.0286-1.012-14.3691
97.6903-1.7798-1.89446.52561.32496.23940.16730.43281.6653-0.90260.11950.0513-0.87980.0627-0.23950.49870.03930.04650.50180.0760.3721-0.93434.9601-14.8379
105.99742.71262.76645.39373.72146.7321-0.1861-0.34680.43210.5280.4787-0.1947-0.31840.1612-0.29010.4494-0.0109-0.10450.492-0.0070.52167.95419.762112.4462
117.3114.84663.37499.05523.30225.63890.0237-0.54-0.42670.7476-0.0126-0.39510.12930.1241-0.05340.3680.056-0.02640.4090.03060.35882.233412.350612.5905
122.51410.1540.44855.9080.29775.2088-0.0598-0.31871.66612.5994-1.9655-0.34150.9115-0.36151.37320.9022-0.2876-0.19590.9849-0.00150.645113.032820.462725.9939
131.8222-0.60572.32935.8512-0.83614.2645-0.1561-0.34530.14370.27730.15240.7509-0.4997-0.4241-0.04260.311-0.00270.11560.35640.02570.4135-10.228819.0569.5934
142.6386-2.9323-1.68245.55730.15672.34510.17780.4407-0.5334-0.73520.78291.44820.0763-1.1534-0.92430.5099-0.093-0.02670.55820.1560.6237-8.243823.1022-4.4671
154.21124.179-0.43574.1742-0.90136.1895-0.36382.56820.5881-1.4780.86090.1665-0.0654-0.5482-0.51840.6057-0.14430.01930.55070.00920.4775-7.32214.4519-6.4366
164.64160.41.98172.9873-0.3058.130.1748-0.6394-0.23410.7320.14240.03190.1132-0.405-0.31470.46660.00250.03050.24050.00210.2861-1.407414.578416.4563
175.5662-0.0606-1.61595.2931-0.00584.47780.3251-0.63110.61570.5575-0.00110.056-0.80490.0998-0.38470.42240.00530.03560.3014-0.00550.3106-0.94122.327710.8408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 124 through 149 )A124 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 150 through 179 )A150 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 180 through 194 )A180 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 195 through 204 )A195 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 205 through 221 )A205 - 221
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 222 through 229 )A222 - 229
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 230 through 240 )A230 - 240
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 241 through 274 )A241 - 274
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 275 through 289 )A275 - 289
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 124 through 136 )B124 - 136
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 137 through 161 )B137 - 161
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 162 through 170 )B162 - 170
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 171 through 204 )B171 - 204
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 205 through 221 )B205 - 221
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 222 through 229 )B222 - 229
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 230 through 251 )B230 - 251
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 252 through 289 )B252 - 289

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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