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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u3d | ||||||
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タイトル | Structure of S. venezuelae GlgX-c-di-GMP-acarbose complex (4.6) | ||||||
要素 | Glycogen debranching enzyme GlgX | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GlgX / glycogen / c-di-GMP / acarbose / Streptomyces development | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycogen debranching enzyme activity / glycogen catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces venezuelae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Schumacher, M.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Allosteric regulation of glycogen breakdown by the second messenger cyclic di-GMP. 著者: Schumacher, M.A. / Wormann, M.E. / Henderson, M. / Salinas, R. / Latoscha, A. / Al-Bassam, M.M. / Singh, K.S. / Barclay, E. / Gunka, K. / Tschowri, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u3d.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u3d.ent.gz | 926.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u3d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u3d_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7u3d_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7u3d_validation.xml.gz | 106.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u3d_validation.cif.gz | 150.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/7u3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/7u3d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7u39C 7u3aC 7u3bSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80167.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 遺伝子: glgX, DEJ46_08920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5P2ALW6 #2: 多糖 | 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose #3: 化合物 | ChemComp-C2E / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30% PEG 300, 100 mM NaCl and 0.1 sodium acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→49.1 Å / Num. obs: 124127 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 8764 / CC1/2: 0.647 / Rpim(I) all: 0.0473 / Rsym value: 1.045 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7U3B 解像度: 2.4→47.41 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.69 Å2 / Biso mean: 39.7524 Å2 / Biso min: 19.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→47.41 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.4425 Å / Origin y: -37.319 Å / Origin z: 28.1626 Å
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精密化 TLSグループ |
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