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- PDB-7u0o: Crystal structure of an enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u0o
タイトルCrystal structure of an enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase InhA from Mycobacterium fortuitum bound to NAD and NITD-916
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / InhA / Mycobacterium / pulmonary infection / CF / NAD-depdendent enzyme / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3KY / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium fortuitum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2023
タイトル: In Vitro and In Vivo Efficacy of NITD-916 against Mycobacterium fortuitum.
著者: Roquet-Baneres, F. / Alcaraz, M. / Hamela, C. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Kremer, L.
履歴
登録2022年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,88010
ポリマ－58,8142
非ポリマー2,0678
水4,486249
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,76020
ポリマ－117,6274
非ポリマー4,13316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area19300 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area34110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.300, 101.540, 76.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-429-

HOH

21B-434-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量: 29406.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium fortuitum (バクテリア)
遺伝子: fabI, inhA, A5637_21995, A5751_12770, FKW78_11710, NCTC1542_01491, XA26_29600
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0N9XSE6, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

-
非ポリマー , 5種, 257分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-3KY / 6-[(4,4-dimethylcyclohexyl)methyl]-4-hydroxy-3-phenylpyridin-2(1H)-one


分子量: 311.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MyfoA.00170.a.B1.PS38584 at 19 mg/mL with 3.5 mM NAD and 3.5 mM NITD-916 against JCSG+ screen condition A11, 0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 50% MPD, crystal tracking ...詳細: MyfoA.00170.a.B1.PS38584 at 19 mg/mL with 3.5 mM NAD and 3.5 mM NITD-916 against JCSG+ screen condition A11, 0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 50% MPD, crystal tracking ID 323553a11, unique puck ID jrh6-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.38 Å / Num. obs: 34582 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.57 % / Biso Wilson estimate: 26.94 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 13.32 / Num. measured all: 123465 / Scaling rejects: 35
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.13.5910.3913.325550.8920.46299.8
2.1-2.163.6020.333.9325110.9240.38999.6
2.16-2.223.5850.2624.9424290.9440.30999.7
2.22-2.293.6040.2335.6223260.9560.274100
2.29-2.373.6010.1926.5622640.9750.22699.6
2.37-2.453.5990.1687.3921840.9830.19899.6
2.45-2.543.5940.1627.7721640.980.19199.7
2.54-2.653.5880.1379.1920290.9840.16199.7
2.65-2.763.5820.10811.0719470.9890.12899.9
2.76-2.93.5850.08813.3218920.9930.10499.7
2.9-3.063.5740.07515.0118000.9950.08999.4
3.06-3.243.540.05618.8516800.9970.06699.6
3.24-3.473.530.04921.6815890.9970.058100
3.47-3.743.5090.0425.3214770.9980.04899.1
3.74-4.13.5190.03728.1413610.9980.04499.1
4.1-4.583.4960.03229.7312370.9980.03899.7
4.58-5.293.5410.02930.9510970.9990.03499.5
5.29-6.483.5320.03229.299290.9980.03899.3
6.48-9.173.5530.02733.147180.9990.03199.9
9.17-39.383.3690.02734.753930.9980.03395.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.20_4438精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7k73

7k73


解像度: 2.05→39.38 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 2035 5.89 %
Rwork0.2048 32520 -
obs0.2073 34555 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.38 Å2 / Biso mean: 34.5275 Å2 / Biso min: 14.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→39.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3863 0 138 257 4258
Biso mean--29.36 35.24 -
残基数----536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10.27341430.25421822325100
2.1-2.150.31451480.245621592307100
2.15-2.210.30651170.242421532270100
2.21-2.270.28281390.232721502289100
2.27-2.350.33681190.236621792298100
2.35-2.430.26081570.22321082265100
2.43-2.530.26331310.226421662297100
2.53-2.640.26311400.222921912331100
2.64-2.780.27781190.22621762295100
2.78-2.960.24311520.215921522304100
2.96-3.180.25171360.212121582294100
3.18-3.50.22841420.202821672309100
3.5-4.010.23081220.175521942316100
4.01-5.050.20811240.165421842308100
5.05-39.380.22541460.1982201234799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9772-0.24360.38572.423-0.72631.03960.14090.81550.2922-0.356-0.03080.0409-0.0512-0.1077-0.04320.34260.0470.03610.59820.19840.254929.3621-2.34457.6378
20.033-0.0427-0.01390.1610.15140.17610.06210.38080.3956-0.23390.01330.0583-0.16020.01520.02380.44120.06240.08170.54410.39940.638926.49979.38119.5249
31.2689-0.0716-0.28511.4108-0.19561.64940.09590.31830.5107-0.0846-0.0224-0.011-0.10820.0046-0.01080.20280.01840.04640.18590.07950.270224.77890.98725.8398
42.1932-0.0636-0.68393.3312-0.9311.36120.1965-0.11130.2646-0.0316-0.1137-0.4461-0.18710.1294-0.08490.29340.02290.09460.2110.04660.232736.3713-3.145421.6784
50.1665-0.5575-0.80881.89932.75233.9880.2568-0.1972-0.34680.55670.1165-1.5022-0.40480.9067-0.36340.5565-0.1133-0.2120.42510.07590.707546.856-9.943328.252
62.00910.2982-0.26832.14580.10550.158-0.07710.570.1675-0.2287-0.0324-0.0887-0.12370.05090.10220.22760.01070.00540.29030.02080.11430.4934-13.888118.3656
70.7369-0.40650.04290.28920.15410.49610.05330.6136-0.5162-0.28230.00420.01370.1451-0.05440.15560.36270.0098-0.03640.6033-0.36020.423817.9028-36.1258.5016
80.9614-0.1837-1.19054.01430.70221.8231-0.09030.1344-0.1911-0.15770.071-0.10780.56850.1066-0.00690.35440.0864-0.09970.4858-0.37470.679130.3399-44.98811.7939
92.33120.2244-1.61551.9486-0.93893.3488-0.09370.4883-0.781-0.0923-0.0448-0.00630.2643-0.29850.19140.1902-0.0131-0.06320.2674-0.11720.366318.2908-36.976225.3794
101.81560.15380.37731.8740.33690.90360.03370.3286-0.4931-0.0562-0.0598-0.05090.03250.02270.05310.1910.016-0.02470.1708-0.07270.250524.7668-32.179926.0574
112.8968-0.097-0.31033.40951.01692.32190.1882-0.1145-0.2179-0.0402-0.19170.58570.128-0.3015-0.01530.29460.0285-0.08830.2332-0.02450.255811.3332-29.554621.5895
121.9551.51530.84842.92860.17130.5020.1593-0.0126-0.25430.6292-0.23621.13130.4476-0.57970.02750.3934-0.06520.09630.368-0.09250.49283.1055-21.326124.4643
131.48620.09750.62351.7801-0.46040.4410.03860.642-0.1636-0.1729-0.09230.0204-0.0077-0.07780.02720.23950.0179-0.01250.313-0.01340.122220.6149-18.519818.4598
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 31 )A2 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 82 )A32 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83 through 182 )A83 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 183 through 208 )A183 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 209 through 225 )A209 - 225
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 226 through 269 )A226 - 269
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 67 )B2 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 68 through 82 )B68 - 82
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 83 through 112 )B83 - 112
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 113 through 182 )B113 - 182
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 183 through 208 )B183 - 208
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 209 through 235 )B209 - 235
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 236 through 269 )B236 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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