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Yorodumi- PDB-7u0o: Crystal structure of an enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase In... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u0o | ||||||
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Title | Crystal structure of an enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase InhA from Mycobacterium fortuitum bound to NAD and NITD-916 | ||||||
Components | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / InhA / Mycobacterium / pulmonary infection / CF / NAD-depdendent enzyme / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycolicibacterium fortuitum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Antimicrob.Agents Chemother. / Year: 2023 Title: In Vitro and In Vivo Efficacy of NITD-916 against Mycobacterium fortuitum. Authors: Roquet-Baneres, F. / Alcaraz, M. / Hamela, C. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Kremer, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7u0o.cif.gz | 220.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7u0o.ent.gz | 173.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7u0o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7u0o_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7u0o_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 7u0o_validation.xml.gz | 23.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7u0o_validation.cif.gz | 33.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7k73SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 29406.766 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium fortuitum (bacteria) Gene: fabI, inhA, A5637_21995, A5751_12770, FKW78_11710, NCTC1542_01491, XA26_29600 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A0N9XSE6, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
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-Non-polymers , 5 types, 257 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: MyfoA.00170.a.B1.PS38584 at 19 mg/mL with 3.5 mM NAD and 3.5 mM NITD-916 against JCSG+ screen condition A11, 0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 50% MPD, crystal tracking ...Details: MyfoA.00170.a.B1.PS38584 at 19 mg/mL with 3.5 mM NAD and 3.5 mM NITD-916 against JCSG+ screen condition A11, 0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 50% MPD, crystal tracking ID 323553a11, unique puck ID jrh6-3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Feb 10, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→39.38 Å / Num. obs: 34582 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.57 % / Biso Wilson estimate: 26.94 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 13.32 / Num. measured all: 123465 / Scaling rejects: 35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7k73 Resolution: 2.05→39.38 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.38 Å2 / Biso mean: 34.5275 Å2 / Biso min: 14.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→39.38 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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