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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u0m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (InhA) from Mycobacterium abscessus bound to NAD and NITD-916 | ||||||
要素 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / InhA / Mycobacterium / tuberculosis / cystic fibrosis / CF / pulmonary infections / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacteroides abscessus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022 タイトル: Efficacy and Mode of Action of a Direct Inhibitor of Mycobacterium abscessus InhA. 著者: Alcaraz, M. / Roquet-Baneres, F. / Leon-Icaza, S.A. / Abendroth, J. / Boudehen, Y.M. / Cougoule, C. / Edwards, T.E. / Kremer, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u0m.cif.gz | 238.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u0m.ent.gz | 188.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u0m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7kliC 7l6cSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29695.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: MAB_2722c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MC30, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MyabA.00170.a.B1.PS38577 at 23.06 mg/mL with 3.5 mM NAD and 3.5 mM NITD-916 against the Index Screen condition H10: 0.2 M sodium citrate tribasic, 20% ethylene glycol supplemented with ...詳細: MyabA.00170.a.B1.PS38577 at 23.06 mg/mL with 3.5 mM NAD and 3.5 mM NITD-916 against the Index Screen condition H10: 0.2 M sodium citrate tribasic, 20% ethylene glycol supplemented with compounds as cryo-protectant, crystal ID 323195h10, unique puck ID tdn4-6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→41.32 Å / Num. obs: 95830 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.949 % / Biso Wilson estimate: 11.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 18.13 / Num. measured all: 378452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7l6c 解像度: 1.45→41.32 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.09 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.5 Å2 / Biso mean: 17.0017 Å2 / Biso min: 5.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→41.32 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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