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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u0f | ||||||
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タイトル | HIV-1 Rev in complex with tubulin | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Rev / tubulin / HIV-1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / protein export from nucleus / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / host cell cytoplasm ...host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / protein export from nucleus / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / host cell cytoplasm / hydrolase activity / DNA-binding transcription factor activity / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | ||||||
データ登録者 | Eren, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structural basis of microtubule depolymerization by the kinesin-like activity of HIV-1 Rev. 著者: Elif Eren / Norman R Watts / Davide Randazzo / Ira Palmer / Dan L Sackett / Paul T Wingfield / 要旨: HIV-1 Rev is an essential regulatory protein that transports unspliced and partially spliced viral mRNAs from the nucleus to the cytoplasm for the expression of viral structural proteins. During its ...HIV-1 Rev is an essential regulatory protein that transports unspliced and partially spliced viral mRNAs from the nucleus to the cytoplasm for the expression of viral structural proteins. During its nucleocytoplasmic shuttling, Rev interacts with several host proteins to use the cellular machinery for the advantage of the virus. Here, we report the 3.5 Å cryo-EM structure of a 4.8 MDa Rev-tubulin ring complex. Our structure shows that Rev's arginine-rich motif (ARM) binds to both the acidic surfaces and the C-terminal tails of α/β-tubulin. The Rev-tubulin interaction is functionally homologous to that of kinesin-13, potently destabilizing microtubules at sub-stoichiometric levels. Expression of Rev in astrocytes and HeLa cells shows that it can modulate the microtubule cytoskeleton within the cellular environment. These results show a previously undefined regulatory role of Rev. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u0f.cif.gz | 410.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u0f.ent.gz | 333 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u0f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u0f_validation.pdf.gz | 908.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7u0f_full_validation.pdf.gz | 935.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7u0f_validation.xml.gz | 68.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u0f_validation.cif.gz | 104.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26257MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 15
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3 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C15 (15回回転対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50121.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02550 #2: タンパク質 | 分子量: 49907.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554 #3: タンパク質 | 分子量: 13055.686 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: rev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04616 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HIV-1 Rev in complex with tubulin / タイプ: COMPLEX / 詳細: Rev-tubulin ring-like complex with C15 symmetry / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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分子量 | 値: 4.6 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 73 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 91719 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C15 (15回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34534 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 123 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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