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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u08 | |||||||||
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タイトル | Structure of CD148 fibronectin type III domain 1 and 2 | |||||||||
要素 | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase eta | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / receptor type protein tyrosine phosphatase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / 接触阻害 / gamma-catenin binding / delta-catenin binding / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of platelet activation / negative regulation of vascular permeability / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of T cell receptor signaling pathway ...positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / 接触阻害 / gamma-catenin binding / delta-catenin binding / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of platelet activation / negative regulation of vascular permeability / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase binding / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive chemotaxis / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / oligodendrocyte differentiation / phosphatase activity / positive regulation of focal adhesion assembly / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / : / 免疫シナプス / positive regulation of cell adhesion / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 脈管形成 / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / positive regulation of phagocytosis / Negative regulation of FLT3 / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / B cell differentiation / プロテインチロシンホスファターゼ / negative regulation of MAP kinase activity / protein tyrosine phosphatase activity / Negative regulation of MET activity / negative regulation of cell growth / beta-catenin binding / ruffle membrane / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell-cell junction / 凝固・線溶系 / glucose homeostasis / heart development / T cell receptor signaling pathway / 血管新生 / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cadherin binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / 細胞膜 / extracellular exosome / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.30691735712 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou, D. / Zhu, J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of CD148 fibronectin type III domain 1 and 2 著者: Zhou, D. / Zhu, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u08.cif.gz | 106.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u08.ent.gz | 71.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u08.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u08 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7u01C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35729.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRJ, DEP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q12913, プロテインチロシンホスファターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-PT / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.25M MgCl2, 0.1M HEPES pH7.5, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 5502 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.8 % / Biso Wilson estimate: 135.736775868 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 34.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.36 Å / Num. unique obs: 258 / CC1/2: 0.235 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.30691735712→19.7369263569 Å / SU ML: 0.48564175729 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.8756769017 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 155.859958037 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.30691735712→19.7369263569 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.1465290208 Å / Origin y: 40.7807218104 Å / Origin z: 31.6548398961 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |