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- PDB-7tyx: Human Amylin2 Receptor in complex with Gs and rat amylin peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tyx
タイトルHuman Amylin2 Receptor in complex with Gs and rat amylin peptide
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Calcitonin receptor
  • Receptor activity-modifying protein 2
  • amylin peptide
  • nanobody 35
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Amylin receptor / GPCR / RAMP2
機能・相同性
機能・相同性情報


Calcitonin-like ligand receptors / vascular associated smooth muscle cell development / calcitonin binding / amylin receptor complex 1 / amylin receptor complex 2 / adrenomedullin binding / basement membrane assembly / cross-receptor inhibition within G protein-coupled receptor heterodimer / amylin receptor complex 3 / adrenomedullin receptor activity ...Calcitonin-like ligand receptors / vascular associated smooth muscle cell development / calcitonin binding / amylin receptor complex 1 / amylin receptor complex 2 / adrenomedullin binding / basement membrane assembly / cross-receptor inhibition within G protein-coupled receptor heterodimer / amylin receptor complex 3 / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor signaling pathway / positive regulation of adenylate cyclase activity / Calcitonin-like ligand receptors / positive regulation of cAMP-mediated signaling / positive regulation of vasculogenesis / bicellular tight junction assembly / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / adherens junction assembly / negative regulation of vascular permeability / negative regulation of ossification / negative regulation of bone resorption / sprouting angiogenesis / eating behavior / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of osteoclast differentiation / PKA activation in glucagon signalling / response to amyloid-beta / hair follicle placode formation / mu-type opioid receptor binding / developmental growth / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vasculogenesis / Hedgehog 'off' state / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / clathrin-coated pit / response to glucocorticoid / bone resorption / cellular response to hormone stimulus / sensory perception of pain / regulation of mRNA stability / activation of adenylate cyclase activity / adenylate cyclase activator activity / ossification / osteoclast differentiation / acrosomal vesicle / trans-Golgi network membrane / secretory granule / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / insulin-like growth factor receptor binding / ionotropic glutamate receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / bone development / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / receptor internalization / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / cognition / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / cilium / regulation of blood pressure / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / platelet aggregation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, calcitonin receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / Islet amyloid polypeptide / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. ...GPCR, family 2, calcitonin receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / Islet amyloid polypeptide / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / calcitonin / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Receptor activity-modifying protein 2 / Islet amyloid polypeptide / Calcitonin receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Cao, J. / Belousoff, M.J. / Johnson, R.M. / Wootten, D.L. / Sexton, P.M.
資金援助 オーストラリア, 日本, 7件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)IC200100052 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1120919 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1159006 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1150083 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1154434 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1155302 オーストラリア
Japan Science and Technology18069571 日本
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: A structural basis for amylin receptor phenotype.
著者: Jianjun Cao / Matthew J Belousoff / Yi-Lynn Liang / Rachel M Johnson / Tracy M Josephs / Madeleine M Fletcher / Arthur Christopoulos / Debbie L Hay / Radostin Danev / Denise Wootten / Patrick M Sexton /
要旨: Amylin receptors (AMYRs) are heterodimers of the calcitonin (CT) receptor (CTR) and one of three receptor activity-modifying proteins (RAMPs), AMYR, AMYR, and AMYR. Selective AMYR agonists and dual ...Amylin receptors (AMYRs) are heterodimers of the calcitonin (CT) receptor (CTR) and one of three receptor activity-modifying proteins (RAMPs), AMYR, AMYR, and AMYR. Selective AMYR agonists and dual AMYR/CTR agonists are being developed as obesity treatments; however, the molecular basis for peptide binding and selectivity is unknown. We determined the structure and dynamics of active AMYRs with amylin, AMYR with salmon CT (sCT), AMYR with sCT or human CT (hCT), and CTR with amylin, sCT, or hCT. The conformation of amylin-bound complexes was similar for all AMYRs, constrained by the RAMP, and an ordered midpeptide motif that we call the bypass motif. The CT-bound AMYR complexes were distinct, overlapping the CT-bound CTR complexes. Our findings indicate that activation of AMYRs by CT-based peptides is distinct from their activation by amylin-based peptides. This has important implications for the development of AMYR therapeutics.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Receptor activity-modifying protein 2
P: amylin peptide
R: Calcitonin receptor
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: nanobody 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,14120
ポリマ－187,4537
非ポリマー3,68813
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 ER

#1: タンパク質 Receptor activity-modifying protein 2 / Calcitonin-receptor-like receptor activity-modifying protein 2 / CRLR activity-modifying protein 2


分子量: 17839.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAMP2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O60895
#3: タンパク質 Calcitonin receptor / CT-R


分子量: 58469.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALCR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30988

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 45683.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63092
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38534.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#6: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

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タンパク質・ペプチド / 抗体 / 糖 , 3種, 5分子 PN

#2: タンパク質・ペプチド amylin peptide / Amylin / Diabetes-associated peptide / DAP


分子量: 3924.426 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 38-74 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P12969
#7: 抗体 nanobody 35


分子量: 15140.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 10分子

#8: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#10: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Amylin2 Receptor in complex with Gs and rat amylin peptide
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 61.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17_3644: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 321000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310469
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4714189
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.6683816
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411576
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031787

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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