PDB-7tye: The crystal structure of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate syn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tye

タイトル

The crystal structure of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase mutant (G108S) from E. Coli

要素

3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

キーワード

ISOMERASE / RibB / G108S

機能・相同性

3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase, RibB / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Tan, K. / Perkovich, P. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase mutant (G108S) from E. Coli
著者: Tan, K. / Perkovich, P. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2022年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tye.cif.gz	306.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tye.ent.gz	210 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tye.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7tye_validation.pdf.gz	402.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tye_full_validation.pdf.gz	404.4 KB	表示
XML形式データ	7tye_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	7tye_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/7tye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/7tye	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1g57S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ncs-1 6u3d-d 7tye-2 5thz-1 4n6n-d 5cu7-2 4mnr-d 6yv7-2 6yv7-1 4cit-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

B: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

C: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

73.4 kDa, 3 ポリマー
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1

A: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

C: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	164.990, 108.514, 47.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.738, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase 分子量: 24468.576 Da / 分子数: 3 / 変異: G108S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: ribB, ribB_1, A6519_001821, A6583_08195, A6592_00475, A8C65_08565, A8W81_002595, A8X68_002370, A9819_17530, A9X72_03655, AAG43_000631, ABE90_004345, ABT96_003312, ACN68_04420, ACN81_21330, ...遺伝子: ribB, ribB_1, A6519_001821, A6583_08195, A6592_00475, A8C65_08565, A8W81_002595, A8X68_002370, A9819_17530, A9X72_03655, AAG43_000631, ABE90_004345, ABT96_003312, ACN68_04420, ACN81_21330, ACU57_05050, ACW72_002758, AM270_10855, AM340_10760, AM464_07470, AMK64_001824, AML23_19935, AO169_002970, APX88_18905, AT335_000760, AT845_001998, AUQ29_13020, AW059_22975, AW086_02310, B2D52_003328, B5N24_000792, B6L15_003047, B6R17_003588, B6R27_003447, B6R48_003723, B6R87_003495, B7C15_004686, BANRA_01658, BANRA_03956, BANRA_04051, BANRA_04205, BB545_10585, BE963_06040, BF271_001130, BF481_002801, BFL24_21180, BG821_002706, BG944_003509, 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CIG67_19720, CLG78_000376, CN875_002206, CO706_13820, COD50_12885, CR539_20275, CS116_002503, CV83915_03117, CWS33_20165, D0X26_08300, D3822_05205, D3O91_09960, D3Y67_11660, D5H22_00455, D6T60_20310, D9D77_02545, D9H13_08950, D9H94_02245, D9J03_01850, D9J11_00360, D9K17_10555, DAH18_13120, DAH23_16900, DAH34_16955, DAH37_03360, DAH50_01510, DB282_13640, DEN89_08565, DEN95_07415, DEO15_04205, DIV22_09975, DL654_14560, DLX40_00490, DM968_00310, DN627_00555, DNQ45_12580, DP258_07180, DRW19_00455, DS732_22790, DTL43_13415, DTL90_11885, DTM10_13585, DTM45_04080, DXT69_09580, DXT71_18690, DXT73_08665, E0I42_16405, E0N24_22480, E2112_15800, E2119_17625, E2127_16100, E2128_12480, E2129_12985, E2135_14860, E4K51_04755, E5P52_08445, E5S34_14980, E5S35_12445, E5S38_15370, E5S43_12575, E5S47_03535, E5S52_13245, E5S61_06420, E5S62_00060, EAX79_10065, EBP16_04025, EC1094V2_611, EC3234A_51c00960, EC95NR1_02415, ECs3929, ED648_05030, EGC08_05095, EH88_002433, EHD79_08380, EHH55_23580, EI021_05490, EI041_02750, EIA13_22925, EIZ93_03390, EKI52_19020, EL79_0666, EL80_0658, ELT21_11830, ELT31_13650, ELT49_09345, ELT58_01170, ELU85_07655, ELU95_11650, ELX69_05795, ELX76_20110, ELY05_21255, ELY48_00450, ERS085386_00632, ERS139208_02078, Esc0902E_33090, ETECE1373_00716, ETECE36_01331, ETECE925_00748, EVY14_08055, EXX13_07835, EXX79_06390, EYX47_17790, EYX55_17095, F2N27_05570, F2N28_04215, F2N31_03945, F3N40_23595, F9386_06745, F9400_13400, F9407_22160, F9S76_02440, F9S83_18085, F9V07_08290, F9V24_10835, F9X20_000585, F9X20_00575, FC554_17755, FDM60_11510, FFF58_12715, FHD44_03935, FHR00_18345, FJQ51_18915, FKO60_05520, FMP09_03755, FOI11_020545, FOI11_02635, FPS82_08210, FQ021_06460, FQE77_22590, FQF29_00510, FTV92_21975, FTV93_22170, FV293_12435, FY127_02275, FZC17_07490, FZN30_14545, G3813_002580, G4A38_09020, G5632_06905, G5696_02570, G6Z99_03325, G7635_002587, G9448_18360, GAJ26_00670, GBE29_13025, GF646_07945, GF699_06275, GFY34_05550, GFY48_06130, GFZ60_16630, GIB53_12220, GJ11_19995, GKF52_13910, GKF86_21645, GKF89_10300, GKG12_09310, GKZ24_21025, GNO40_18200, GNZ05_17920, GP650_03440, GP662_09035, GP946_07895, GP979_27370, GQE42_15525, GQE64_17785, GQE87_22865, GQF58_09845, GQF59_09985, GQM04_04665, GQM09_03395, GQM10_12705, GQM13_08705, GQR15_09500, GQW68_18060, GQW76_25445, GRQ19_14810, GRW05_30915, GRW05_30920, GRW57_06805, GRW57_20735, GRW80_00345, GRW81_06065, GSY44_06755, GUC01_10835, GXV26_002895, H0O72_14225, H4P47_03685, H4P50_03320, H4P51_03310, H5C78_19765, HCF72_000893, HHG09_005053, HHH44_002419, HIF90_001504, HIR12_002153, HIT56_000571, HJN04_002298, HJO75_003998, HJQ60_001955, HJS37_001886, HJS41_003640, HKA49_001389, HLU56_15610, HmCms184_01000, HMS79_13625, HMT08_03515, HMU48_02410, HMV95_05820, HNC30_10760, HNC36_03575, HNC52_11125, HNC59_18460, HNC75_05155, HNC99_14475, HNO08_12950, HNV65_01725, HNY50_02350, HPE39_22060, HV109_03480, HVV53_12470, HVW11_14015, HVX16_03705, HVX31_03065, HVY77_04050, HVZ29_17835, HVZ30_03155, HVZ33_03370, HX136_02895, HZ71_002968, I6H00_22190, I6H01_09465, I6H02_10780, IA00_001075, JE86ST02C_35250, JE86ST05C_35290, MJ49_15040, NCTC10082_03108, NCTC10090_03789, NCTC10429_01440, NCTC10764_04142, NCTC11022_03193, NCTC11181_02993, NCTC11341_01560, NCTC12950_00747, NCTC13148_03062, NCTC13216_01084, NCTC4450_02735, NCTC7922_03708, NCTC7927_00827, NCTC8008_05080, NCTC8179_06257, NCTC8500_00687, NCTC8622_07726, NCTC8960_03400, NCTC8985_05353, NCTC9036_00817, NCTC9045_00870, NCTC9048_00791, NCTC9050_03866, NCTC9073_05354, NCTC9077_00936, NCTC9111_01158, NCTC9117_01087, NCTC9702_00815, NCTC9703_05266, NCTC9706_03012, NCTC9777_02170, NCTC9962_00029, ND22_002317, PGD_04075, PU06_26310, RG28_20050, SAMEA3472043_01633, SAMEA3472044_01806, SAMEA3472056_04205, SAMEA3472064_00537, SAMEA3472080_00817, SAMEA3472112_02808, SAMEA3472117_03211, SAMEA3472147_02556, SAMEA3484427_04331, SAMEA3484429_04653, SAMEA3485101_01583, SAMEA3485110_00479, SAMEA3751407_00676, SAMEA3752312_02334, SAMEA3752386_00591, SAMEA3752557_02687, SAMEA3753064_03850, SAMEA3753290_04089, SAMEA3753300_03351, SM09_03329, THOESC010_07130, TUM18780_06690, UN91_14890, WP2S18E08_07400, WP4S18E07_06760, WP4S18E08_06750, WR15_10385 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C3SU87, 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase

分子量: 24468.576 Da / 分子数: 3 / 変異: G108S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ribB, ribB_1, A6519_001821, A6583_08195, A6592_00475, A8C65_08565, A8W81_002595, A8X68_002370, A9819_17530, A9X72_03655, AAG43_000631, ABE90_004345, ABT96_003312, ACN68_04420, ACN81_21330, ...遺伝子: ribB, ribB_1, A6519_001821, A6583_08195, A6592_00475, A8C65_08565, A8W81_002595, A8X68_002370, A9819_17530, A9X72_03655, AAG43_000631, ABE90_004345, ABT96_003312, ACN68_04420, ACN81_21330, ACU57_05050, ACW72_002758, AM270_10855, AM340_10760, AM464_07470, AMK64_001824, AML23_19935, AO169_002970, APX88_18905, AT335_000760, AT845_001998, AUQ29_13020, AW059_22975, AW086_02310, B2D52_003328, B5N24_000792, B6L15_003047, B6R17_003588, B6R27_003447, B6R48_003723, B6R87_003495, B7C15_004686, BANRA_01658, BANRA_03956, BANRA_04051, BANRA_04205, BB545_10585, BE963_06040, BF271_001130, BF481_002801, BFL24_21180, BG821_002706, BG944_003509, BHF52_06970, BHS87_17190, BIQ87_17290, BJI68_02815, BJJ90_03530, BK292_10995, BK373_10875, BKD45_000386, BMC34_000332, BMC79_003295, BMT50_13620, BMT91_14570, BO068_000248, BOH76_02050, BON63_15045, BON65_07145, BON66_17455, BON70_12255, BON73_21300, BON76_06350, BON87_14390, BON93_10355, BON95_22875, BON96_07125, BTQ06_21170, BUE81_02910, BUE82_02710, BvCms2454_02340, BvCmsC61A_01364, BvCmsHHP019_01702, BvCmsHHP056_00960, BvCmsKKP005_04015, BvCmsKKP036_00383, BvCmsKKP057_00168, BvCmsKKP061_00971, BvCmsKSNP073_00205, BvCmsKSP011_03967, BvCmsKSP067_02749, BvCmsKSP076_01490, BvCmsNSNP036_02002, BvCmsSIP082_03546, BVL39_10960, BWI89_23105, BXT93_07215, C2M16_05000, C2U48_18630, C3F40_21225, C4952_000559, C5542_001780, C5715_01815, C5F72_04105, C5N07_16955, C5Y87_01265, C6B22_14795, C6N50_000045, C7B02_08385, C9114_14245, C9160_03115, C9E67_04240, C9Z62_01135, CA593_11110, CBT22_003186, CCS08_11265, CCZ91_002952, CDC27_16310, CDL36_05385, CF32_002004, CG692_20525, CG831_002556, CIG67_19720, CLG78_000376, CN875_002206, CO706_13820, COD50_12885, CR539_20275, CS116_002503, CV83915_03117, CWS33_20165, D0X26_08300, D3822_05205, D3O91_09960, D3Y67_11660, D5H22_00455, D6T60_20310, D9D77_02545, D9H13_08950, D9H94_02245, D9J03_01850, D9J11_00360, D9K17_10555, DAH18_13120, DAH23_16900, DAH34_16955, DAH37_03360, DAH50_01510, DB282_13640, DEN89_08565, DEN95_07415, DEO15_04205, DIV22_09975, DL654_14560, DLX40_00490, DM968_00310, DN627_00555, DNQ45_12580, DP258_07180, DRW19_00455, DS732_22790, DTL43_13415, DTL90_11885, DTM10_13585, DTM45_04080, DXT69_09580, DXT71_18690, DXT73_08665, E0I42_16405, E0N24_22480, E2112_15800, E2119_17625, E2127_16100, E2128_12480, E2129_12985, E2135_14860, E4K51_04755, E5P52_08445, E5S34_14980, E5S35_12445, E5S38_15370, E5S43_12575, E5S47_03535, E5S52_13245, E5S61_06420, E5S62_00060, EAX79_10065, EBP16_04025, EC1094V2_611, EC3234A_51c00960, EC95NR1_02415, ECs3929, ED648_05030, EGC08_05095, EH88_002433, EHD79_08380, EHH55_23580, EI021_05490, EI041_02750, EIA13_22925, EIZ93_03390, EKI52_19020, EL79_0666, EL80_0658, ELT21_11830, ELT31_13650, ELT49_09345, ELT58_01170, ELU85_07655, ELU95_11650, ELX69_05795, ELX76_20110, ELY05_21255, ELY48_00450, ERS085386_00632, ERS139208_02078, Esc0902E_33090, ETECE1373_00716, ETECE36_01331, ETECE925_00748, EVY14_08055, EXX13_07835, EXX79_06390, EYX47_17790, EYX55_17095, F2N27_05570, F2N28_04215, F2N31_03945, F3N40_23595, F9386_06745, F9400_13400, F9407_22160, F9S76_02440, F9S83_18085, F9V07_08290, F9V24_10835, F9X20_000585, F9X20_00575, FC554_17755, FDM60_11510, FFF58_12715, FHD44_03935, FHR00_18345, FJQ51_18915, FKO60_05520, FMP09_03755, FOI11_020545, FOI11_02635, FPS82_08210, FQ021_06460, FQE77_22590, FQF29_00510, FTV92_21975, FTV93_22170, FV293_12435, FY127_02275, FZC17_07490, FZN30_14545, G3813_002580, G4A38_09020, G5632_06905, G5696_02570, G6Z99_03325, G7635_002587, G9448_18360, GAJ26_00670, GBE29_13025, GF646_07945, GF699_06275, GFY34_05550, GFY48_06130, GFZ60_16630, GIB53_12220, GJ11_19995, GKF52_13910, GKF86_21645, GKF89_10300, GKG12_09310, GKZ24_21025, GNO40_18200, GNZ05_17920, GP650_03440, GP662_09035, GP946_07895, GP979_27370, GQE42_15525, GQE64_17785, GQE87_22865, GQF58_09845, GQF59_09985, GQM04_04665, GQM09_03395, GQM10_12705, GQM13_08705, GQR15_09500, GQW68_18060, GQW76_25445, GRQ19_14810, GRW05_30915, GRW05_30920, GRW57_06805, GRW57_20735, GRW80_00345, GRW81_06065, GSY44_06755, GUC01_10835, GXV26_002895, H0O72_14225, H4P47_03685, H4P50_03320, H4P51_03310, H5C78_19765, HCF72_000893, HHG09_005053, HHH44_002419, HIF90_001504, HIR12_002153, HIT56_000571, HJN04_002298, HJO75_003998, HJQ60_001955, HJS37_001886, HJS41_003640, HKA49_001389, HLU56_15610, HmCms184_01000, HMS79_13625, HMT08_03515, HMU48_02410, HMV95_05820, HNC30_10760, HNC36_03575, HNC52_11125, HNC59_18460, HNC75_05155, HNC99_14475, HNO08_12950, HNV65_01725, HNY50_02350, HPE39_22060, HV109_03480, HVV53_12470, HVW11_14015, HVX16_03705, HVX31_03065, HVY77_04050, HVZ29_17835, HVZ30_03155, HVZ33_03370, HX136_02895, HZ71_002968, I6H00_22190, I6H01_09465, I6H02_10780, IA00_001075, JE86ST02C_35250, JE86ST05C_35290, MJ49_15040, NCTC10082_03108, NCTC10090_03789, NCTC10429_01440, NCTC10764_04142, NCTC11022_03193, NCTC11181_02993, NCTC11341_01560, NCTC12950_00747, NCTC13148_03062, NCTC13216_01084, NCTC4450_02735, NCTC7922_03708, NCTC7927_00827, NCTC8008_05080, NCTC8179_06257, NCTC8500_00687, NCTC8622_07726, NCTC8960_03400, NCTC8985_05353, NCTC9036_00817, NCTC9045_00870, NCTC9048_00791, NCTC9050_03866, NCTC9073_05354, NCTC9077_00936, NCTC9111_01158, NCTC9117_01087, NCTC9702_00815, NCTC9703_05266, NCTC9706_03012, NCTC9777_02170, NCTC9962_00029, ND22_002317, PGD_04075, PU06_26310, RG28_20050, SAMEA3472043_01633, SAMEA3472044_01806, SAMEA3472056_04205, SAMEA3472064_00537, SAMEA3472080_00817, SAMEA3472112_02808, SAMEA3472117_03211, SAMEA3472147_02556, SAMEA3484427_04331, SAMEA3484429_04653, SAMEA3485101_01583, SAMEA3485110_00479, SAMEA3751407_00676, SAMEA3752312_02334, SAMEA3752386_00591, SAMEA3752557_02687, SAMEA3753064_03850, SAMEA3753290_04089, SAMEA3753300_03351, SM09_03329, THOESC010_07130, TUM18780_06690, UN91_14890, WP2S18E08_07400, WP4S18E07_06760, WP4S18E08_06750, WR15_10385
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C3SU87, 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 0.2 M Ammonium Formate, 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 0.97926 / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

B_iso Wilson estimate: 46.2686296123 Å² / Entry-ID: 7TYE / Num. obs: 59935 / Observed criterion σ(I): -3 / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 1.182 / Diffraction-ID: 1 / Net I/σ(I): 34.87 / 冗長度: 3.8 % / % possible obs: 98.4 % / 解像度: 1.94→45.2 Å

反射シェル

解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.949 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3026 / CC_1/2: 0.694 / CC star: 0.905 / R_pim(I) all: 0.694 / R_rim(I) all: 1.121 / Χ²: 0.618 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1G57

1g57

解像度: 1.94→45.2 Å / SU ML: 0.264861271653 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.0463791512
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	3012	5.03 %
R_work	0.196	56854	-
obs	0.197	59866	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→45.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4802	0	0	68	4870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00353242487906	4865
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.626015542456	6592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0433113135946	778
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00391935790184	880
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0935902246	2967

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9409-1.9712	0.407552181406	119	0.366060546932	2598	X-RAY DIFFRACTION	97.5583482944
1.9712-2.0035	0.383617815802	138	0.336062562253	2538	X-RAY DIFFRACTION	97.9502196193
2.0035-2.0381	0.375885408382	128	0.300674400407	2567	X-RAY DIFFRACTION	97.5742215786
2.0381-2.0751	0.299525334909	150	0.285277948057	2510	X-RAY DIFFRACTION	96.3070238957
2.0751-2.115	0.277498622705	149	0.255514598995	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.0869247626
2.115-2.1582	0.295407269375	132	0.233897475197	2639	X-RAY DIFFRACTION	98.8583660364
2.1582-2.2051	0.274819051182	132	0.22615943235	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.1224862888
2.2051-2.2564	0.262866596763	147	0.227223792087	2608	X-RAY DIFFRACTION	98.9583333333
2.2564-2.3129	0.250670817593	118	0.232186729561	2563	X-RAY DIFFRACTION	98.8569321534
2.3129-2.3754	0.252210348325	168	0.217847353814	2578	X-RAY DIFFRACTION	98.3172216255
2.3754-2.4453	0.274561596236	132	0.226879695571	2540	X-RAY DIFFRACTION	98.0550458716
2.4453-2.5242	0.234714908246	135	0.219514229011	2565	X-RAY DIFFRACTION	96.463022508
2.5242-2.6144	0.251509124989	123	0.234437590326	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.1678726483
2.6144-2.7191	0.246710574755	119	0.229474575507	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.0538573508
2.7191-2.8428	0.273725309085	127	0.234779265642	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.025974026
2.8428-2.9927	0.271204435598	135	0.237761784443	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.0691013247
2.9927-3.1801	0.261577274808	143	0.232961362696	2577	X-RAY DIFFRACTION	98.0533525595
3.1801-3.4256	0.245215701816	152	0.223685721335	2522	X-RAY DIFFRACTION	97.4134790528
3.4256-3.7702	0.234648338332	138	0.195862418482	2609	X-RAY DIFFRACTION	98.7774181949
3.7702-4.3153	0.174234553228	135	0.162402516011	2626	X-RAY DIFFRACTION	98.6423722758
4.3153-5.4354	0.164311603836	145	0.147537889981	2565	X-RAY DIFFRACTION	97.237172587
5.4354-45.1827	0.196641768413	147	0.158280166273	2635	X-RAY DIFFRACTION	97.9922507925

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.79684410416	-0.454888698185	-0.243546070013	2.27924452808	0.0386246009257	0.812744751328	-0.117711460537	0.0437311085337	0.4086728793	0.0289475834017	0.169116709542	0.09281093416	-0.309461270877	-0.278106111192	-0.0687649054705	0.506430315439	0.084901303818	0.0311420623519	0.440051379373	0.0545489521168	0.400216249422	-20.3661254694	-47.7135665123	18.8261433049
2	6.04558932152	2.1629244854	1.3617934334	7.63305416346	-0.899953653098	6.24679529454	-0.261555816532	-0.512330646623	-0.448727354956	0.390551787835	0.0764681476185	-0.314386194372	-0.104053758942	-0.215273871381	0.0118181171776	0.34920131984	0.0922062524132	0.0937152575747	0.339315728752	-0.0668235012327	0.471030352745	-7.7912406253	-65.7183113827	17.8801682369
3	4.0145005849	0.212491790028	-0.111656957051	1.1776890083	0.261633284578	1.22975170358	-0.0856168949131	0.219271009768	0.0683439232542	-0.194914734822	0.0723660445479	-0.01846749817	-0.381403152189	-0.241034641272	0.0213682362702	0.501891864869	0.0531771330622	0.0613683545814	0.406295304695	0.0273248827511	0.400727590447	-17.7271092224	-54.8261651332	17.669987969
4	2.70783010411	-0.0536311949059	-1.03063789123	5.64820649844	0.698860764432	1.65810690576	-0.327224020831	0.189738155674	-1.20194347354	-0.294656698658	0.050099630608	-0.811735534901	0.908843889922	0.0411845613264	0.268540201742	0.797615048664	-0.0620870051769	0.117924178628	0.551535262389	-0.0692259583787	0.933998381761	-30.1932760752	-122.218006663	15.3773291058
5	6.58505245224	-1.07815113287	-1.99953676754	3.68499282776	-2.23701987838	2.81464348589	-0.0258152152111	0.192893828181	-0.0773663304575	-0.405183630244	0.0745441738153	-0.0090403662119	0.355160373424	-0.0693689936552	-0.131354447216	0.493798591539	-0.179366355306	-0.00262359575429	0.58718044788	-0.110189951885	0.346507023883	-42.0799786549	-103.531620129	16.1350195594
6	2.70778759514	0.874084342059	-0.33742283162	3.43625060203	-0.734897549062	2.08855311732	-0.211362938157	-0.0919596623725	-0.850348355781	-0.149677664353	0.0668264600194	-0.535169273389	0.621260975854	-0.0115056163132	0.16062607082	0.608620290835	-0.12316032133	0.0474013849313	0.485462191724	-0.070682227215	0.668992438195	-35.837212731	-116.864201529	16.5403899918
7	2.90390929795	1.7170454341	-0.164905649413	3.66983922867	-0.0955857385854	1.34532182147	-0.14001055298	0.044251085253	-0.193097730758	-0.37666296499	0.248154499483	-0.613268412881	0.0167471629989	-0.0286219834424	-0.106612580228	0.473837326544	-0.136256146318	0.10938561987	0.573977123508	-0.164803863166	0.461896982892	-22.4680921648	-91.0928436014	5.67691462707
8	6.06840949363	-2.05978225122	-3.32326888168	4.37825922316	-1.87990701405	4.3439660644	-0.0209002085832	-0.17373571438	-0.00741149096583	-0.232787854893	0.0511122533482	-0.44274687757	0.24675221802	0.127778765473	-0.15306552066	0.591273735172	-0.226845663696	0.0224295831482	0.740932810295	-0.0581736002195	0.50352197705	-35.7449664277	-100.560565888	5.49142901668
9	2.48169882903	1.48462380742	-0.213124342767	3.21543046945	-0.154330189505	2.12415639094	-0.130622498708	0.224535956846	-0.203708152069	-0.460625208302	0.198852235243	-0.404955985969	0.166042172539	-0.0262184778744	-0.0586865018329	0.400743713079	-0.126106215354	0.0739754755081	0.519900051457	-0.135750531407	0.426109977991	-24.8749744654	-90.9246315986	4.81580973575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 215 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 71 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 72 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 111 through 215 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 3 through 87 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 88 through 110 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 111 through 215 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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