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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7txv | ||||||
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タイトル | Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q with ATP and 16x(Asp-Arg) | ||||||
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![]() | LIGASE / Cyanophycin / CphA1 / ATP-grasp / enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() cyanophycin synthase (L-aspartate-adding) / cyanophycin synthase (L-arginine-adding) / cyanophycin synthetase activity (L-aspartate-adding) / cyanophycin synthetase activity (L-arginine-adding) / macromolecule biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
![]() | Sharon, I. / Grogg, M. / Hilvert, D. / Schmeing, T.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A cryptic third active site in cyanophycin synthetase creates primers for polymerization 著者: Sharon, I. / Pinus, S. / Grogg, M. / Moitessier, N. / Hilvert, D. / Schmeing, T.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 597.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 503.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26161MC ![]() 7txuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 95757.852 Da / 分子数: 4 / 変異: E82Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6714 / 遺伝子: cphA, D082_30240 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A068N621, cyanophycin synthase (L-aspartate-adding), cyanophycin synthase (L-arginine-adding) #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4358.380 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-ATP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q with ATP and 16x(Asp-Arg) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 383 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2-4158_final: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 318594 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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