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- PDB-7txp: X-ray structure of the VioB N-acetyltransferase from Acinetobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7txp
タイトルX-ray structure of the VioB N-acetyltransferase from Acinetobacter baumannii in complex with TDP-4-amino-4,6-dideoxy-D-glucose
要素VioB
キーワードTRANSFERASE / N-acetyltransferase / beta helix / 4-amino-4 / 6-dideoxy-D-glucose
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Sialic acid O-acyltransferase NeuD-like / PglD, N-terminal / PglD N-terminal domain / : / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
dTDP-4-amino-4,6-dideoxyglucose / VioB
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Herkert, N.R. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM134643 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Structure and function of an N-acetyltransferase from the human pathogen Acinetobacter baumannii isolate BAL_212.
著者: Herkert, N.R. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2022年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VioB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8994
ポリマ－23,3061
非ポリマー5933
水3,801211
1
A: VioB
ヘテロ分子

A: VioB
ヘテロ分子

A: VioB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,69812
ポリマ－69,9183
非ポリマー1,7809
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.001, 97.001, 73.285
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

NA

21A-303-

NA

31A-547-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VioB


分子量: 23305.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: vioB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A0A334FGR6
#2: 化合物 ChemComp-0FX / dTDP-4-amino-4,6-dideoxyglucose / チミジン5′-二りん酸β-(4-アミノ-4,6-ジデオキシ-α-D-グルコピラノシル)


分子量: 547.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H27N3O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8 - 12% poly(ethylene glycol) 8000, 200 mM LiCl, 5 mM dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-D-glucose, 5 mM CoA, and 100 mM MES (pH 6.0). Soak in ligand fre solution followed by soak in 20 mM dTDP-4-amino- ...詳細: 8 - 12% poly(ethylene glycol) 8000, 200 mM LiCl, 5 mM dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-D-glucose, 5 mM CoA, and 100 mM MES (pH 6.0). Soak in ligand fre solution followed by soak in 20 mM dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-D-glucose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 45094 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.55 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 8089 / Rsym value: 0.353 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4m98

4m98


解像度: 1.45→36.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.117 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 2240 5 %RANDOM
Rwork0.1766 ---
obs0.1774 42854 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.03 Å2 / Biso mean: 12.155 Å2 / Biso min: 4.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→36.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1556 0 37 211 1804
Biso mean--11.12 23.83 -
残基数----209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0131656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.6292261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4091.5723746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8155222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.29723.28670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73315289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.249158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02311
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 175 -
Rwork0.234 3072 -
obs--95.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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