[日本語] English
万見
- PDB-7txl: Crystal structure of EgtU solute binding domain from Streptococcu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7txl
タイトルCrystal structure of EgtU solute binding domain from Streptococcus pneumoniae D39 in complex with L-ergothioneine
要素Choline transporter (Glycine betaine transport system permease protein)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / EGT / Soluble binding protein / SBP / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type quaternary ammonium compound transporting activity / quaternary ammonium group transport / glycine betaine transport / amino acid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能
: / : / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LW8 / Ergothioneine transporter EgtUBC
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 2
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Zhang, Y. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118157 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Discovery and structure of a widespread bacterial ABC transporter specific for ergothioneine.
著者: Zhang, Y. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Legg, K.A. / Walsh, B.J.C. / Pis Diez, C.M. / Edmonds, K.A. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2022年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Choline transporter (Glycine betaine transport system permease protein)
B: Choline transporter (Glycine betaine transport system permease protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6595
ポリマ－62,1372
非ポリマー5233
水2,504139
1
A: Choline transporter (Glycine betaine transport system permease protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3613
ポリマ－31,0681
非ポリマー2922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Choline transporter (Glycine betaine transport system permease protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2992
ポリマ－31,0681
非ポリマー2301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.868, 128.743, 207.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Space group name HallF22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x,y+1/2,z+1/2
#6: x,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x,y+1/2,-z+1/2
#8: -x,-y+1/2,z+1/2
#9: x+1/2,y,z+1/2
#10: x+1/2,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
#13: x+1/2,y+1/2,z
#14: x+1/2,-y+1/2,-z
#15: -x+1/2,y+1/2,-z
#16: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-764-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Choline transporter (Glycine betaine transport system permease protein)


分子量: 31068.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: proWX, SPD_1642 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2ZQB9
#2: 化合物 ChemComp-LW8 / trimethyl-[(2S)-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-3-(2-sulfanylidene-1,3-dihydroimidazol-4-yl)propan-2-yl]azanium


分子量: 230.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.07216 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07216 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→43.86 Å / Num. obs: 29967 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 38.56 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.195 / Rsym value: 0.167 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.44→2.54 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3349 / CC1/2: 0.714 / Rpim(I) all: 0.496 / Rrim(I) all: 1.282 / Rsym value: 1.086 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z7E

4z7e


解像度: 2.44→43.86 Å / SU ML: 0.3261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.047
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1450 4.85 %
Rwork0.1957 28467 -
obs0.1981 29917 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→43.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4324 0 34 139 4497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60285988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d00
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.530.36451320.2892810X-RAY DIFFRACTION99.56
2.53-2.630.35911340.27342817X-RAY DIFFRACTION99.56
2.63-2.750.34741420.25922850X-RAY DIFFRACTION99.8
2.75-2.890.30631430.24542795X-RAY DIFFRACTION99.86
2.89-3.070.33871560.24942804X-RAY DIFFRACTION99.8
3.07-3.310.27761670.22562829X-RAY DIFFRACTION99.97
3.31-3.640.2361300.19542869X-RAY DIFFRACTION99.83
3.64-4.170.20131440.1642857X-RAY DIFFRACTION99.87
4.17-5.250.18481590.14292851X-RAY DIFFRACTION99.9
5.26-43.860.20261430.16492985X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.53731837525-0.7532218986370.09266578129033.0071140168-0.5155471028393.527827025150.0103034635744-0.06570981586440.1308701254770.434284133065-0.0909437771870.274774859166-0.473276118646-0.247195120630.08922874040950.4866951213660.08987902918060.0261571177150.267244799221-0.05920682910580.33760592812522.529278264247.049041892598.6381795236
22.273755282730.0472791447848-1.133796671253.98001896126-0.4021911947165.58508102426-0.04526686510840.2717081808970.0968563644764-0.15729504213-0.115968487961-0.613605005654-0.1965816019140.6640220625260.126827031450.322036003780.03430128985990.01270153506880.3867106028660.06326908264570.35639319605340.45832606143.031718677480.4662644179
31.93682837111-0.0718885385445-0.9381840086862.151031145520.4026979782284.33873637260.0760737751128-0.1579553046270.2443019934370.69848945419-0.137315364781-0.0870093616121-0.5100496159770.397818861468-0.04158614399930.64137155765-0.0280987127207-0.05644192577610.234415339556-0.03797263535560.38731671829731.433317510749.6405140037102.941756294
41.43983802320.1938466047591.032547672410.8784473328020.3306676077551.32821773727-0.1055428055460.596258517492-0.255263550059-0.283288221581-0.1114428192060.1589156060540.137654523309-0.2620243785280.1315856159080.3597340702370.04706395224290.04228054464390.539763452586-0.08079319730580.3464244721717.6830495613355.810463423352.2513702191
54.286066607440.3989708252890.3890615491612.61790706785-0.37182322944.02323124221-0.3979658716710.159216902434-0.445709017428-0.01510385969410.0707286706972-0.2728716823180.2920408887850.316400292210.2702325581040.3775066449480.08642671113720.1032427211170.3146084787840.006814281722740.33720593933219.310438863352.987674969763.9143338053
65.187657880180.6160203087310.4427476786421.819658332611.561387598813.88960846774-0.0673672179679-0.1820129615750.4426764251740.141374751929-0.0179504846595-0.0458499844952-0.65589448172-0.02510218530550.08182003001350.5086346850710.0827265322658-0.02576175422780.303767005021-0.008742833539710.33641460460911.744077080372.83155891776.8295851011
73.9756092561-3.13626063292-0.1762898379282.7352831986-0.3465073484324.0224555370.1083474606920.1651292922670.851922804961-0.469174015827-0.0341578920192-0.103086559114-1.63618051932-0.09364926510970.1892885659470.8529751117850.0789147806096-0.07844739054260.3764458687770.1355528897260.54298717276913.470713399577.863625960864.585845018
83.200110632230.01964762184020.2275457703371.541054944910.4307004346195.17499333742-0.08284605051220.7892291374660.0824221415918-0.422173310081-0.153510385603-0.178908478591-0.618889209330.05599968607790.1735603806440.3768476953280.01937711045610.01834277912770.4934969774610.02398609733820.349203136817.345749917662.36952154453.1024125148
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 232 through 340 )AA232 - 3401 - 109
22chain 'A' and (resid 341 through 432 )AA341 - 432110 - 201
33chain 'A' and (resid 433 through 506 )AA433 - 506202 - 275
44chain 'B' and (resid 233 through 284 )BD233 - 2841 - 52
55chain 'B' and (resid 285 through 340 )BD285 - 34053 - 108
66chain 'B' and (resid 341 through 419 )BD341 - 419109 - 187
77chain 'B' and (resid 420 through 432 )BD420 - 432188 - 200
88chain 'B' and (resid 433 through 506 )BD433 - 506201 - 274

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る