[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7txk: Crystal structure of EgtU solute binding domain from Streptococcu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7txk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of EgtU solute binding domain from Streptococcus pneumoniae D39 in complex with L-ergothioneine | ||||||
Components | Choline transporter (Glycine betaine transport system permease protein) | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / EGT / Soluble binding protein / SBP / ABC transporter | ||||||
Function / homology | Function and homology information transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae D39 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Zhang, Y. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Discovery and structure of a widespread bacterial ABC transporter specific for ergothioneine. Authors: Zhang, Y. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Legg, K.A. / Walsh, B.J.C. / Pis Diez, C.M. / Edmonds, K.A. / Giedroc, D.P. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7txk.cif.gz | 399.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7txk.ent.gz | 275.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7txk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txk | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 7txlC 4z7eS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30728.896 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae D39 (bacteria) Strain: D39 / NCTC 7466 / Gene: proWX, SPD_1642 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0H2ZQB9 |
---|
-Non-polymers , 5 types, 548 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-144 / | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.6 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: Sodium citrate tribasic pH 5.6, Potassium Sodium Tartrate 0.2 M and Ammonium Sulphate 1.8 - 2.0 M |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1.07216 Å |
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Sep 23, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07216 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→43.54 Å / Num. obs: 75117 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.82 Å / Redundancy: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4251 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.4 / Rrim(I) all: 1.062 / Rsym value: 0.983 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4Z7E Resolution: 1.78→43.54 Å / SU ML: 0.1644 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 19.4183 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→43.54 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|