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万見
- PDB-7txc: HIC2 zinc finger domain in complex with the DNA binding motif-2 o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7txc
タイトルHIC2 zinc finger domain in complex with the DNA binding motif-2 of the BCL11A enhancer
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
  • Hypermethylated in cancer 2 protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / zinc-finger domain / gene expression / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Hypermethylated in cancer 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Nat.Genet. / 年: 2022
タイトル: HIC2 controls developmental hemoglobin switching by repressing BCL11A transcription.
著者: Huang, P. / Peslak, S.A. / Ren, R. / Khandros, E. / Qin, K. / Keller, C.A. / Giardine, B. / Bell, H.W. / Lan, X. / Sharma, M. / Horton, J.R. / Abdulmalik, O. / Chou, S.T. / Shi, J. / ...著者: Huang, P. / Peslak, S.A. / Ren, R. / Khandros, E. / Qin, K. / Keller, C.A. / Giardine, B. / Bell, H.W. / Lan, X. / Sharma, M. / Horton, J.R. / Abdulmalik, O. / Chou, S.T. / Shi, J. / Crossley, M. / Hardison, R.C. / Cheng, X. / Blobel, G.A.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*T)-3')
E: Hypermethylated in cancer 2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8046
ポリマ－23,6083
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.237, 114.237, 59.146
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*GP*T)-3')


分子量: 4915.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量: 4879.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Hypermethylated in cancer 2 protein / Hic-2 / HIC1-related gene on chromosome 22 protein / Hic-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 30


分子量: 13813.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIC2, HRG22, KIAA1020, ZBTB30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon-Plus / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q96JB3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 18% Tacsimate pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→37.94 Å / Num. obs: 16302 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 63.91 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 3.04→3.16 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1640 / CC1/2: 0.895 / CC star: 0.972 / Rpim(I) all: 0.299 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.04→37.94 Å / SU ML: 0.1922 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.1267
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2093 814 5.01 %
Rwork0.1925 15437 -
obs0.1934 16251 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→37.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数650 650 3 0 1303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00361397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60442022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0334220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.2967553
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.04-3.230.29881310.25222543X-RAY DIFFRACTION96.67
3.23-3.480.25671340.22182647X-RAY DIFFRACTION99.64
3.48-3.830.281290.25992380X-RAY DIFFRACTION91.94
3.83-4.390.23251380.22462637X-RAY DIFFRACTION99.82
4.39-5.520.19311380.19162598X-RAY DIFFRACTION100
5.53-37.940.16021440.13462632X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.247728868380.0754000475220.1529160669240.580459974033-0.3429166833430.2396413600520.009085134459250.4770240797460.117799980689-0.3977268959460.1238239458230.000184113438582-0.009898528598760.1140554022730.2160875143762.234856792590.1227015076880.2345511907961.405887074180.9051213087540.32388755830761.9190748795-6.03959325444-4.35643238476
24.896536848740.822748968524-0.856728278218.23851682344-6.223703931378.489933605140.226396736921-0.1637395971740.142076604551-0.717492474933-0.06871817264080.685229202250.981747551408-0.650006728937-0.1037823908251.03002540547-0.1377590097090.1308809044770.7000735861110.04456762324530.40472467332651.3327659963-18.837135917517.3086840187
34.608998278443.87806286348-3.137818393776.5298942970.4121891426196.082089893570.7629241202190.9247303856560.9550576604660.324169757908-0.341728521270.236975409128-0.106691002913-1.326391009-0.3955622287840.9274867642320.05277106166280.02682618984580.7388998105050.1813638644430.43851564984743.9005422005-21.378150126424.3952410282
41.97526234130.3380240252230.1191935437954.56207923431-1.497440910930.535818145739-0.1716080927961.800893215050.880198699273-1.054625818620.1904414296390.760810093514-0.655524581078-0.406307889695-0.1121269228331.77630261671-0.06376261707610.05711117126551.030171223060.289912733530.2018962041856.1035471471-11.57469925154.85381250492
58.048329065691.34234380118-4.829923501621.85468860214-2.494841869394.65833979174-0.697300764378-1.18439715403-1.109644723750.6481859365860.31295689304-0.01722901248853.181187314150.4045560338820.5390188650952.47611897340.252950070730.3598434038630.913332384998-0.03528356410040.56243375776564.9240837421-30.988582046119.657971362
64.1683244161-3.3659026291-3.734002383157.691209000563.567308458644.962497034420.165808632088-0.4011843356050.9635347340580.8110807277920.496917685628-0.158609481533-0.1928391066070.308382790694-0.6867388914561.25928909148-0.07348342638330.1250288229840.470486184103-0.03950900455860.39598329613761.5219744286-8.5693585605616.681264728
77.04663307889-3.946042416755.630741321768.42686540182.339629702219.367865804470.575748066004-0.5558422921911.22967865037-0.0363723767229-0.3465133211622.37191433210.622541554416-1.57822109421-0.281794277280.82020633649-0.09080069677470.06250407031380.8549089937470.2336332980281.2113757591739.3405512897-10.279761695416.7846046949
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 5 )AA1 - 5
22chain 'A' and (resid 6 through 16 )AA6 - 16
33chain 'B' and (resid 21 through 25 )BB21 - 25
44chain 'B' and (resid 26 through 36 )BB26 - 36
55chain 'E' and (resid 505 through 528 )EC505 - 5284 - 27
66chain 'E' and (resid 529 through 560 )EC529 - 56028 - 59
77chain 'E' and (resid 561 through 585 )EC561 - 58560 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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