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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tx7 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human reduced folate carrier | ||||||||||||
要素 | Reduced folate transporter,Soluble cytochrome b562 | ||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Membrane transporter / reduced folate carrier / SLC19 / SLC19A1 / anion exchanger | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate transmembrane transport / folate import across plasma membrane / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane ...folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate transmembrane transport / folate import across plasma membrane / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / Metabolism of folate and pterines / antiporter activity / folic acid binding / folic acid metabolic process / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / female pregnancy / brush border membrane / electron transport chain / basolateral plasma membrane / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / apical plasma membrane / heme binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wright, N.J. / Fedor, J.G. / Lee, S.-Y. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Methotrexate recognition by the human reduced folate carrier SLC19A1. 著者: Nicholas J Wright / Justin G Fedor / Han Zhang / Pyeonghwa Jeong / Yang Suo / Jiho Yoo / Jiyong Hong / Wonpil Im / Seok-Yong Lee / 要旨: Folates are essential nutrients with important roles as cofactors in one-carbon transfer reactions, being heavily utilized in the synthesis of nucleic acids and the metabolism of amino acids during ...Folates are essential nutrients with important roles as cofactors in one-carbon transfer reactions, being heavily utilized in the synthesis of nucleic acids and the metabolism of amino acids during cell division. Mammals lack de novo folate synthesis pathways and thus rely on folate uptake from the extracellular milieu. The human reduced folate carrier (hRFC, also known as SLC19A1) is the major importer of folates into the cell, as well as chemotherapeutic agents such as methotrexate. As an anion exchanger, RFC couples the import of folates and antifolates to anion export across the cell membrane and it is a major determinant in methotrexate (antifolate) sensitivity, as genetic variants and its depletion result in drug resistance. Despite its importance, the molecular basis of substrate specificity by hRFC remains unclear. Here we present cryo-electron microscopy structures of hRFC in the apo state and captured in complex with methotrexate. Combined with molecular dynamics simulations and functional experiments, our study uncovers key determinants of hRFC transport selectivity among folates and antifolate drugs while shedding light on important features of anion recognition by hRFC. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tx7.cif.gz | 94.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tx7.ent.gz | 62.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tx7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tx7_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tx7_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7tx7_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tx7_validation.cif.gz | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7tx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7tx7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26156MC 7tx6C 8depC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74797.195 Da / 分子数: 1 変異: UNP residues 215-241 replaced with engineered epitope 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: SLC19A1, FLOT1, RFC1, cybC / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTi- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41440, UniProt: P0ABE7 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-AJP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human reduced folate carrier SLC19A1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GnTi- | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4.6 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 21002 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4538955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 298876 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 120 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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