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- PDB-7twz: Crystal Structure of NADP-linked putative oxidoreductase from Kle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7twz
タイトルCrystal Structure of NADP-linked putative oxidoreductase from Klebsiella pneumoniae
要素Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Oxidoreductase, NAD(P)-linked
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of NADP-linked putative oxidoreductase from Klebsiella pneumoniae
著者: Bolejack, M.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
B: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
C: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
D: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
E: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
F: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,85123
ポリマ－208,5536
非ポリマー5,29817
水22,0681225
1
A: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8336
ポリマ－34,7591
非ポリマー1,0745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7265
ポリマ－34,7591
非ポリマー9684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6204
ポリマ－34,7591
非ポリマー8613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5022
ポリマ－34,7591
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5613
ポリマ－34,7591
非ポリマー8022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6083
ポリマ－34,7591
非ポリマー8502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.150, 89.100, 89.710
Angle α, β, γ (deg.)119.630, 90.130, 92.130
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 27 or (resid 28...
21(chain B and (resid 1 through 27 or (resid 28...
31(chain C and (resid 1 through 27 or (resid 28...
41(chain D and (resid 1 through 27 or (resid 28...
51(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...
61(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTRPTRP(chain A and (resid 1 through 27 or (resid 28...AA1 - 279 - 35
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 27 or (resid 28...AA2836
13METMETNAPNAP(chain A and (resid 1 through 27 or (resid 28...AA - G1 - 4019
14METMETNAPNAP(chain A and (resid 1 through 27 or (resid 28...AA - G1 - 4019
15METMETNAPNAP(chain A and (resid 1 through 27 or (resid 28...AA - G1 - 4019
21METMETTRPTRP(chain B and (resid 1 through 27 or (resid 28...BB1 - 279 - 35
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 1 through 27 or (resid 28...BB2836
23METMETNAPNAP(chain B and (resid 1 through 27 or (resid 28...BB - L1 - 4019
31METMETTRPTRP(chain C and (resid 1 through 27 or (resid 28...CC1 - 279 - 35
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 1 through 27 or (resid 28...CC2836
33METMETNAPNAP(chain C and (resid 1 through 27 or (resid 28...CC - P1 - 4019
34METMETNAPNAP(chain C and (resid 1 through 27 or (resid 28...CC - P1 - 4019
35METMETNAPNAP(chain C and (resid 1 through 27 or (resid 28...CC - P1 - 4019
36METMETNAPNAP(chain C and (resid 1 through 27 or (resid 28...CC - P1 - 4019
41METMETTRPTRP(chain D and (resid 1 through 27 or (resid 28...DD1 - 279 - 35
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 1 through 27 or (resid 28...DD2836
43METMETNAPNAP(chain D and (resid 1 through 27 or (resid 28...DD - S1 - 4019
51METMETVALVAL(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE1 - 359 - 43
52PHEPHEILEILE(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE37 - 3845 - 46
53METMETPROPRO(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE1 - 2989 - 306
54GLYGLYARGARG(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE97 - 4105 - 12
55VALVALPHEPHE(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE139 - 143147 - 151
56METMETPHEPHE(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE1 - 1439 - 151
57ALAALAVALVAL(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE145 - 152153 - 160
58HISHISILEILE(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE154 - 183162 - 191
59METMETPROPRO(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE1 - 2989 - 306
510CYSCYSCYSCYS(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE222230
511METMETPROPRO(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE1 - 2989 - 306
512METMETPROPRO(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE1 - 2989 - 306
513METMETPROPRO(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE1 - 2989 - 306
514METMETPROPRO(chain E and (resid 1 through 35 or resid 37...EE1 - 2989 - 306
61METMETVALVAL(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF1 - 359 - 43
62PHEPHEILEILE(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF37 - 3845 - 46
63GLNGLNTHRTHR(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF40 - 9548 - 103
64METMETNAPNAP(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF - V1 - 4019
65METMETNAPNAP(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF - V1 - 4019
66VALVALPHEPHE(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF139 - 143147 - 151
67METMETNAPNAP(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF - V1 - 4019
68METMETNAPNAP(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF - V1 - 4019
69GLUGLUCYSCYS(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF221 - 222229 - 230
610METMETNAPNAP(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF - V1 - 4019
611METMETNAPNAP(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF - V1 - 4019
612METMETNAPNAP(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF - V1 - 4019
613METMETNAPNAP(chain F and (resid 1 through 35 or resid 37...FF - V1 - 4019

-
要素

#1: タンパク質
Putative oxidoreductase, NAD(P)-linked


分子量: 34758.867 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (strain HS11286) (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: KPHS_29670 / プラスミド: KlpnC.00330.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GP70
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein at 30 mg/mL was mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 85 mM sodium citrate/HCl pH 8.5, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% glycerol, and 170 mM sodium acetate (JCSG TOP96 A11). ...詳細: Protein at 30 mg/mL was mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 85 mM sodium citrate/HCl pH 8.5, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% glycerol, and 170 mM sodium acetate (JCSG TOP96 A11). Cryo: Direct. Puck: wnf8-9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月12日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.92 Å / Num. obs: 123745 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.183 % / Biso Wilson estimate: 28.61 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 270116 / Scaling rejects: 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.152.0040.3192.5118282966991250.8290.42994.4
2.15-2.212.2020.2983.0419883946390300.840.40195.4
2.21-2.282.2120.2433.7319245913287020.8990.32695.3
2.28-2.352.2110.2084.3318943899285690.9180.27995.3
2.35-2.422.2090.1685.1818165859182220.950.22595.7
2.42-2.512.2060.1465.917576833479660.9560.19795.6
2.51-2.62.2060.1216.9917036810177220.970.16395.3
2.6-2.712.2110.18.3116387776974120.9780.13595.4
2.71-2.832.1990.081015443739370230.9860.10795
2.83-2.972.1990.06612.1514952716068010.9890.08995
2.97-3.132.1950.05314.6913949673163560.9930.07194.4
3.13-3.322.190.04616.9213220643260370.9940.06193.9
3.32-3.552.1820.03819.9612153597855700.9950.05193.2
3.55-3.832.180.03123.3511213557951430.9960.04292.2
3.83-4.22.1780.0324.910354516347530.9960.0492.1
4.2-4.72.1790.02626.79423468943240.9960.03592.2
4.7-5.422.1760.02726.778312408338200.9960.03693.6
5.42-6.642.1840.02725.727151346732740.9970.03794.4
6.64-9.392.1760.02427.595529269325410.9970.03294.4
9.39-44.922.140.02129.872900148313550.9970.02991.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX4438精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4r9o

4r9o


解像度: 2.1→44.92 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 1873 1.51 %
Rwork0.1829 121861 -
obs0.1834 123734 94.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.4 Å2 / Biso mean: 34.8994 Å2 / Biso min: 15.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→44.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14209 0 344 1234 15787
Biso mean--39.2 37.27 -
残基数----1788
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6781X-RAY DIFFRACTION7.811TORSIONAL
12B6781X-RAY DIFFRACTION7.811TORSIONAL
13C6781X-RAY DIFFRACTION7.811TORSIONAL
14D6781X-RAY DIFFRACTION7.811TORSIONAL
15E6781X-RAY DIFFRACTION7.811TORSIONAL
16F6781X-RAY DIFFRACTION7.811TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.160.26871160.25499335945194
2.16-2.220.35061050.22539527963296
2.22-2.290.27721580.20989454961296
2.29-2.370.27471630.20179400956396
2.37-2.470.25042050.20259411961696
2.47-2.580.23611300.1989506963696
2.58-2.720.25321060.19869524963096
2.72-2.890.22881590.20489365952495
2.89-3.110.24851590.19399378953795
3.11-3.420.22131110.18749335944694
3.42-3.920.1911710.16029116928793
3.92-4.940.1681400.1529184932493
4.94-44.920.1861500.1669326947694
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.853-2.30160.40754.4875-0.39382.4118-0.2499-0.15570.28640.40530.1305-0.2834-0.1778-0.01640.11960.305-0.05430.00630.18-0.00310.2501-1.32133.88285.9786
20.932-0.12-0.18141.91530.11411.0408-0.0204-0.00670.13160.01680.020.0311-0.1950.0512-0.00540.2243-0.0158-0.01240.17380.00510.18911.61340.6245-4.5963
31.49590.1891-0.42771.8098-1.01941.00570.062-0.07410.09210.3294-0.00030.2302-0.1854-0.0642-0.05650.3011-0.00490.04380.2168-0.03410.2194-12.4424-8.212814.7485
44.91020.6055-3.60821.2114-0.4415.3156-0.1471-0.1191-0.374-0.0441-0.1731-0.04810.2070.15960.32470.38960.0254-0.02610.17360.02050.23482.2296-47.899913.7589
51.2994-0.4015-0.50473.35980.34831.29610.0723-0.0882-0.07430.2569-0.1325-0.12550.11840.09750.04970.40710.0101-0.03890.25450.04930.22121.3623-48.314223.0297
63.232-1.0203-0.59321.6426-0.17054.62920.105-0.6308-0.03010.9442-0.09980.38410.2266-0.3074-0.04450.52450.00120.10160.3081-0.00390.2198-8.5864-26.181822.2827
71.5243-0.2808-0.00941.8583-0.01851.3902-0.0263-0.18430.01320.08690.0213-0.14-0.05490.13730.01020.24090.0116-0.01570.17950.01140.16754.9412-32.752312.1098
86.17550.49730.94341.2097-2.33785.14550.0792-0.09910.03920.223-0.14920.40250.055-0.72080.06730.4202-0.0978-0.00020.2615-0.03050.3537-14.8282-52.2078-2.6011
91.40710.8951-0.06622.3758-0.49421.6566-0.04920.0805-0.2021-0.24850.02130.16070.6103-0.02310.02660.4385-0.00510.00560.1912-0.01950.2689-4.0436-51.5685-1.5328
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182.49751.0440.89023.69072.29833.98410.08970.2705-0.0091-0.5757-0.0130.27620.40780.0963-0.090.4810.0009-0.02260.3168-0.01640.22016.0505-28.3079-34.7982
190.2917-0.19090.24091.34791.4253.3195-0.02010.2707-0.1323-0.94650.09640.09460.64030.3597-0.03410.8313-0.02710.02170.4762-0.06570.27816.7041-36.3426-41.2621
201.9025-0.3104-1.60832.3946-1.50492.6814-0.40150.2868-0.476-0.56750.32750.20290.7269-0.32070.06690.7458-0.0999-0.04180.3232-0.10710.33061.9374-43.4463-27.3911
211.05020.04210.3991.05630.20872.7011-0.07940.0694-0.3918-0.43710.1013-0.10980.70990.1945-0.04340.5410.01310.01640.2765-0.06680.28057.4947-43.4139-23.489
221.31550.61880.24271.9006-0.23863.4641-0.00690.1201-0.0718-0.2114-0.0298-0.38060.68330.61730.02090.40870.05450.05590.2881-0.03520.247814.4295-38.7625-19.8364
231.7607-0.33570.52571.9159-1.19222.1343-0.2063-0.0448-0.08720.16940.17890.0699-0.19030.0631-0.03240.2765-0.0118-0.00240.1971-0.02240.19175.0719-25.9298-16.6167
241.5878-0.93660.98393.271-0.43872.93650.02910.3948-0.3048-0.62280.2780.48840.1669-0.242-0.12120.4156-0.099-0.08940.34380.08650.2755-4.0124-24.2766-27.9729
253.5585-0.96470.13373.33821.02292.09480.04650.1912-0.0233-0.5792-0.05240.2474-0.2264-0.5381-0.08520.4178-0.0584-0.07120.35790.07250.2296-9.8197-13.248-33.7412
261.3474-1.1251-0.05031.40140.41293.17270.08070.2978-0.184-0.72590.23920.1450.21050.0225-0.26390.4384-0.0868-0.04370.29070.0370.2070.718-20.0439-36.2235
271.7294-0.37890.12172.61790.56711.40150.08140.26430.1011-0.12640.04820.2311-0.0868-0.1107-0.13030.3379-0.0246-0.04510.28830.04280.2047-8.4357-9.0351-23.4871
283.97152.4423-0.5265.82720.82921.2859-0.012-0.14230.376-0.0255-0.0604-0.0903-0.73830.06420.09510.4779-0.0508-0.06160.23030.06710.318531.739523.7588-4.5982
290.5445-0.1278-0.21833.1811-1.58530.9418-0.08170.02010.4115-0.06770.0761-0.1148-0.95270.10440.01660.87120.0104-0.0470.28160.03040.479730.708432.155-0.2575
309.08690.05280.46428.34682.44569.60680.1051-0.71790.8497-0.1243-0.0462-0.5531-1.5420.5166-0.02630.6207-0.07530.00480.4297-0.04680.294839.730422.100419.7192
311.8945-0.03060.03621.3593-0.0492.3392-0.2345-0.29650.56680.13720.21410.2369-0.5077-0.3077-0.0140.40370.066-0.03450.2807-0.0710.325425.890119.687812.2528
322.3869-0.1941-0.21631.0928-0.21042.7172-0.15980.03080.0997-0.06040.1265-0.01780.05480.12270.01870.2721-0.0155-0.01370.1899-0.00610.197533.05338.24071.2024
334.6451-1.7134-1.18832.1626-0.37813.7559-0.1954-0.10570.5199-0.1568-0.0925-0.5937-0.65351.22830.37030.5914-0.2758-0.03150.60470.14740.473352.71815.549-13.773
342.24330.0162-1.19521.82750.28531.81810.04490.10320.2105-0.2161-0.0594-0.0742-0.46820.09590.02440.3564-0.084-0.05030.26730.0710.209341.639513.7237-14.5062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 30 )A1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 212 )A31 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 213 through 298 )A213 - 298
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 30 )B1 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 31 through 84 )B31 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 85 through 102 )B85 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 103 through 212 )B103 - 212
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 213 through 237 )B213 - 237
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 238 through 298 )B238 - 298
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 30 )C1 - 30
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 31 through 212 )C31 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 213 through 298 )C213 - 298
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 1 through 84 )D1 - 84
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 85 through 102 )D85 - 102
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 103 through 212 )D103 - 212
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 213 through 236 )D213 - 236
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 237 through 298 )D237 - 298
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 1 through 30 )E1 - 30
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 31 through 77 )E31 - 77
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 78 through 94 )E78 - 94
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 95 through 135 )E95 - 135
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 136 through 161 )E136 - 161
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 162 through 202 )E162 - 202
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 203 through 220 )E203 - 220
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 221 through 251 )E221 - 251
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 252 through 277 )E252 - 277
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 278 through 298 )E278 - 298
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 1 through 30 )F1 - 30
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 31 through 84 )F31 - 84
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 85 through 102 )F85 - 102
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 103 through 161 )F103 - 161
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 162 through 212 )F162 - 212
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 213 through 236 )F213 - 236
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 237 through 298 )F237 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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