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- PDB-7tvh: Hyperlytic variant of Tae1, Type VI secretion amidase effector 1,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tvh
タイトルHyperlytic variant of Tae1, Type VI secretion amidase effector 1, from Pseudomonas aeruginosa (Cys110Ser)
要素Peptidoglycan amidase Tse1
キーワードHYDROLASE / Type VI secretion amidase effector / Tae1 Hyperlytic variant / Cys110Ser / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / Papain-like cysteine peptidase superfamily / extracellular region / membrane / Peptidoglycan amidase Tse1
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Radkov, A. / Saunders, H. / Chou, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Antibacterial potency of type VI amidase effector toxins is dependent on substrate topology and cellular context.
著者: Radkov, A. / Sapiro, A.L. / Flores, S. / Henderson, C. / Saunders, H. / Kim, R. / Massa, S. / Thompson, S. / Mateusiak, C. / Biboy, J. / Zhao, Z. / Starita, L.M. / Hatleberg, W.L. / Vollmer, ...著者: Radkov, A. / Sapiro, A.L. / Flores, S. / Henderson, C. / Saunders, H. / Kim, R. / Massa, S. / Thompson, S. / Mateusiak, C. / Biboy, J. / Zhao, Z. / Starita, L.M. / Hatleberg, W.L. / Vollmer, W. / Russell, A.B. / Simorre, J.P. / Anthony-Cahill, S. / Brzovic, P. / Hayes, B. / Chou, S.
履歴
登録2022年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan amidase Tse1
B: Peptidoglycan amidase Tse1
C: Peptidoglycan amidase Tse1
D: Peptidoglycan amidase Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0554
ポリマ－70,0554
非ポリマー00
水7,134396
1
A: Peptidoglycan amidase Tse1
B: Peptidoglycan amidase Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0282
ポリマ－35,0282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
2
C: Peptidoglycan amidase Tse1
D: Peptidoglycan amidase Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0282
ポリマ－35,0282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.121, 108.512, 82.402
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.228, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Peptidoglycan amidase Tse1 / Type VI secretion exported 1


分子量: 17513.762 Da / 分子数: 4 / 変異: C110S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: tse1, PA1844 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9I2Q1, gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium thiocyanate 0.1 M HEPES pH 7.5 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 91 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97954 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→82.27 Å / Num. obs: 72921 / % possible obs: 98.45 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.48
反射 シェル解像度: 1.71→1.771 Å / Rmerge(I) obs: 0.9019 / Num. unique obs: 6437 / CC1/2: 0.469

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
ELVESデータ削減
ELVESデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EOB

4eob


解像度: 1.71→82.27 Å / SU ML: 0.2619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.4055
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 1842 2.53 %
Rwork0.2113 71019 -
obs0.2121 72861 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→82.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4277 0 0 396 4673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00594365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75995929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491647
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3409622
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.760.50851280.46584682X-RAY DIFFRACTION84.7
1.76-1.810.43911350.40855328X-RAY DIFFRACTION96.76
1.81-1.870.38531480.36655563X-RAY DIFFRACTION99.69
1.87-1.930.33161300.3195475X-RAY DIFFRACTION99.75
1.93-2.010.32991490.27755553X-RAY DIFFRACTION99.88
2.01-2.10.29321440.24235516X-RAY DIFFRACTION99.84
2.1-2.210.26761420.22535538X-RAY DIFFRACTION99.93
2.21-2.350.2591440.21435553X-RAY DIFFRACTION99.93
2.35-2.530.24351360.21795528X-RAY DIFFRACTION99.89
2.53-2.790.21851460.21275577X-RAY DIFFRACTION99.95
2.79-3.190.24221480.2035538X-RAY DIFFRACTION99.93
3.19-4.020.17691420.17415554X-RAY DIFFRACTION99.84
4.02-82.270.22111500.16425614X-RAY DIFFRACTION99.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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