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- PDB-7tva: Stat5a Core in complex with AK2292 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tva
タイトルStat5a Core in complex with AK2292
要素Signal transducer and activator of transcription 5A
キーワードTRANSCRIPTION / Stat5a / Activator
機能・相同性
機能・相同性情報


eosinophil differentiation / taurine metabolic process / reelin-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / STAT5 Activation / Erythropoietin activates STAT5 ...eosinophil differentiation / taurine metabolic process / reelin-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / STAT5 Activation / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-15 signaling / interleukin-3-mediated signaling pathway / Signaling by Leptin / Interleukin-2 signaling / Interleukin-20 family signaling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / Prolactin receptor signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of multicellular organism growth / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Growth hormone receptor signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of endothelial cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / lactation / Interleukin-7 signaling / Downstream signal transduction / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Signaling by SCF-KIT / response to peptide hormone / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / STAT5a/5b / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain ...: / STAT5a/5b / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KOO / MALONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Signal transducer and activator of transcription 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.835 Å
データ登録者Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1-R01-CA244509 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: A selective small-molecule STAT5 PROTAC degrader capable of achieving tumor regression in vivo.
著者: Kaneshige, A. / Bai, L. / Wang, M. / McEachern, D. / Meagher, J.L. / Xu, R. / Wang, Y. / Jiang, W. / Metwally, H. / Kirchhoff, P.D. / Zhao, L. / Jiang, H. / Wang, M. / Wen, B. / Sun, D. / Stuckey, J.A. / Wang, S.
履歴
登録2022年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 5A
B: Signal transducer and activator of transcription 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,1127
ポリマ－131,6572
非ポリマー2,4555
水4,179232
1
A: Signal transducer and activator of transcription 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0053
ポリマ－65,8291
非ポリマー1,1762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Signal transducer and activator of transcription 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1074
ポリマ－65,8291
非ポリマー1,2783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)232.476, 232.476, 112.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 5A


分子量: 65828.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT5A, STAT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42229
#2: 化合物 ChemComp-KOO / N-{5-[difluoro(phosphono)methyl]-1-benzothiophene-2-carbonyl}-3-methyl-L-valyl-L-prolyl-N-(5-{2-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}pent-4-yn-1-yl)-N-methyl-N~3~-[4-(1,3-thiazol-2-yl)phenyl]-beta-alaninamide / AK2292


分子量: 1070.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C52H54F2N7O10PS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.0M Na Malonate, 20% peg 400, 1% Jeffamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.834→50 Å / Num. obs: 53485 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 65.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.95.11.24626690.5030.6121.390.607100
2.9-2.955.11.03826490.6070.511.1580.619100
2.95-3.015.10.85426680.6590.4210.9540.65999.9
3.01-3.0750.70227050.7510.350.7860.67499.7
3.07-3.144.80.55326670.8180.280.6210.69599.7
3.14-3.214.40.40626920.8610.2140.4610.74398.7
3.21-3.294.50.31826100.9010.1680.3610.75298.4
3.29-3.385.40.2626460.9450.1240.2880.839100
3.38-3.485.50.20927080.9610.0990.2310.939100
3.48-3.595.50.16127140.9740.0760.1791.029100
3.59-3.725.50.13226370.9790.0630.1461.054100
3.72-3.875.40.11227250.9840.0540.1241.134100
3.87-4.045.30.09526710.9850.0460.1051.097100
4.04-4.265.20.08126850.9860.0390.091.077100
4.26-4.525.20.0726810.9890.0340.0781100
4.52-4.875.10.06526760.9920.0320.0730.97100
4.87-5.364.90.0626830.9910.030.0670.85699.9
5.36-6.144.60.05526670.9880.0280.0620.68599.3
6.14-7.735.20.04726640.9940.0220.0520.56599.2
7.73-505.50.04226680.9960.020.0470.47699.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Previously solved structure in lab

解像度: 2.835→37.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.494 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.449 / SU Rfree Blow DPI: 0.295 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.307
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2463 2498 5.02 %RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.2047 49797 92.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 122.63 Å2 / Biso mean: 56.68 Å2 / Biso min: 20.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7551 Å20 Å20 Å2
2---0.7551 Å20 Å2
3---1.5102 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.835→37.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8768 0 169 232 9169
Biso mean--61.04 45.24 -
残基数----1112
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3185SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1654HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9175HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1194SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6919SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9175HARMONIC20.006
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12502HARMONIC20.86
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.7
LS精密化 シェル解像度: 2.835→2.89 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3066 38 3.82 %
Rwork0.2684 958 -
obs--31.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8981-2.16921.08042.002-0.407700.11160.20580.04730.135-0.15510.1028-0.05380.09130.04350.08840.3419-0.03340.10470.0423-0.123613.994435.064830.5321
21.4858-1.011-0.0522.8454-0.52771.5139-0.0578-0.1056-0.17430.3789-0.0491-0.2469-0.3005-0.05060.1069-0.06620.041-0.2115-0.01840.16280.051148.08472.350350.442
35.6311-2.19351.35732.052-0.34570-0.22350.1023-0.0584-0.12880.1892-0.1238-0.13370.09370.0342-0.1530.11120.00390.35180.0093-0.189220.422631.22335.2974
44.05960.2050.35811.15680.51371.7424-0.17910.58620.1209-0.34020.10610.3195-0.38790.10460.0730.12110.1276-0.3307-0.11420.1146-0.0185-26.299939.6453-14.4533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|138 - A|443 }A138 - 443
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|444 - A|699 }A444 - 699
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|138 - B|443 }B138 - 443
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|444 - B|699 }B444 - 699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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