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- PDB-7tv4: Crystal structure of NEMO CoZi in complex with HOIP NZF1 and line... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tv4
タイトルCrystal structure of NEMO CoZi in complex with HOIP NZF1 and linear diubiquitin
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
  • NF-kappa-B essential modulator
  • Polyubiquitin-C
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ubiquitin signaling / NF-kappa B signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / protein linear polyubiquitination / IkappaB kinase complex / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / LUBAC complex / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / RBR-type E3 ubiquitin transferase / CD40 signaling pathway ...IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / protein linear polyubiquitination / IkappaB kinase complex / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / LUBAC complex / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / RBR-type E3 ubiquitin transferase / CD40 signaling pathway / transferrin receptor binding / positive regulation of xenophagy / IkBA variant leads to EDA-ID / CD40 receptor complex / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / SUMOylation of immune response proteins / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / anoikis / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / B cell homeostasis / positive regulation of macroautophagy / polyubiquitin modification-dependent protein binding / canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin ligase complex / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Maturation of protein E / Maturation of protein E / signaling adaptor activity / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Downregulation of ERBB4 signaling / Regulation of FZD by ubiquitination / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Pexophagy / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / ubiquitin binding / Josephin domain DUBs / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TCF dependent signaling in response to WNT / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Regulation of NF-kappa B signaling / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, UBA domain / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31-like / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, UBA-like domain / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, PUB domain / RNF31, C-terminal / : / : / : / : ...E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, UBA domain / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31-like / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, UBA-like domain / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, PUB domain / RNF31, C-terminal / : / : / : / : / : / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / HOIP UBA domain pair / E3 Ubiquitin Ligase RBR C-terminal domain / C2H2 type zinc-finger / PNGase/UBA- or UBX-containing domain / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / PUB domain / PUB-like domain superfamily / PUB domain / IBR domain / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31 / NF-kappa-B essential modulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Rahighi, S. / Iyer, M. / Oveisi, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the simultaneous recognition of NEMO and acceptor ubiquitin by the HOIP NZF1 domain.
著者: Rahighi, S. / Iyer, M. / Oveisi, H. / Nasser, S. / Duong, V.
履歴
登録2022年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NF-kappa-B essential modulator
C: Polyubiquitin-C
D: NF-kappa-B essential modulator
G: Polyubiquitin-C
K: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2296
ポリマ－61,1645
非ポリマー651
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.950, 69.560, 180.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 NF-kappa-B essential modulator / NEMO / FIP-3 / IkB kinase-associated protein 1 / IKKAP1 / Inhibitor of nuclear factor kappa-B ...NEMO / FIP-3 / IkB kinase-associated protein 1 / IKKAP1 / Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit gamma / I-kappa-B kinase subunit gamma / IKK-gamma / IKKG / IkB kinase subunit gamma / NF-kappa-B essential modifier


分子量: 11293.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKBKG, FIP3, NEMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6K9
#2: タンパク質 Polyubiquitin-C


分子量: 17423.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48
#3: タンパク質・ペプチド E3 ubiquitin-protein ligase RNF31 / HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / RING-type E3 ubiquitin transferase ...HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / RING-type E3 ubiquitin transferase RNF31 / Zinc in-between-RING-finger ubiquitin-associated domain protein


分子量: 3728.269 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 350-379 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF31, ZIBRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96EP0, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 22% v/v PEG Smear Broad

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→56.01 Å / Num. obs: 5542 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.83 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 4.2→4.7 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 1543 / CC1/2: 0.42 / Χ2: 0.93 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4owf

4owf


解像度: 4.2→56.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 70.419 / SU ML: 0.844 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2858 285 5.2 %RANDOM
Rwork0.2221 ---
obs0.2254 5239 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.88 Å2 / Biso mean: 90.975 Å2 / Biso min: 11.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20 Å20 Å2
2--6.49 Å20 Å2
3----7.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.2→56.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3894 0 1 11 3906
Biso mean--87.09 35.55 -
残基数----486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0133934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.6525284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1181.5858988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4245481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.90224.558215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.52215817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6131523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02682
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.309 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 20 -
Rwork0.296 391 -
all-411 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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