PDB-7tum: Multi-Hit SFX using MHz XFEL sources- first hit

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tum

タイトル

Multi-Hit SFX using MHz XFEL sources- first hit

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 3.202 Å

データ登録者

Darmanin, C. / Holmes, S. / Abbey, B.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Megahertz pulse trains enable multi-hit serial femtosecond crystallography experiments at X-ray free electron lasers.
著者: Holmes, S. / Kirkwood, H.J. / Bean, R. / Giewekemeyer, K. / Martin, A.V. / Hadian-Jazi, M. / Wiedorn, M.O. / Oberthur, D. / Marman, H. / Adriano, L. / Al-Qudami, N. / Bajt, S. / Barak, I. / ...

履歴

登録	2022年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tum.cif.gz	104.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tum.ent.gz	76.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tum_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tum_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	7tum_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	7tum_validation.cif.gz	9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6webC 6wecC 6ftrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.300, 79.300, 37.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: lyzozyme / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 3.5 詳細: NaCl, ethylene glycol, PEG 3350, acetate buffer pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: SPB/SFX / 波長: 1.3332 Å
検出器	タイプ: AGIPD / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→35.49 Å / Num. obs: 2072 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 4.55 % / CC_1/2: 0.412 / CC star: 0.764 / Net I/σ(I): 4.36
反射シェル	解像度: 3.2→3.28 Å / Num. unique obs: 403 / CC_1/2: 0.638 / CC star: 0.882 / % possible all: 90.79
Serial crystallography sample delivery	手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	解説: GDVN

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
CrystFEL		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FTR

6ftr

解像度: 3.202→35.489 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.782 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.577 / WR_factor R_free: 0.666 / WR_factor R_work: 0.394 / SU B: 124.233 / SU ML: 1.002 / Average fsc free: 0.7065 / Average fsc work: 0.7911 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4262	207	10.063 %
R_work	0.3138	1850	-
all	0.325	-	-
obs	-	2057	93.585 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.374 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.374 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.748 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.202→35.489 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	5	3	1009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.018	961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.447	1.637	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.223	1.588	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.569	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.657	20.299	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.782	15	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.237	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.317	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.274	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.403	0.814	550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.39	0.813	549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.581	1.219	697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.582	1.22	698
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.358	0.872	540
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.36	0.876	541
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.501	1.293	789
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.501	1.297	790
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	0.889	9.764	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	0.889	9.783	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.166	3	2046

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.202-3.285	0.406	9	0.323	129	X-RAY DIFFRACTION	90.7895
3.285-3.375	0.374	17	0.289	125	X-RAY DIFFRACTION	92.2078
3.375-3.472	0.495	18	0.28	120	X-RAY DIFFRACTION	93.2432
3.472-3.579	0.426	11	0.264	115	X-RAY DIFFRACTION	91.9708
3.579-3.696	0.429	17	0.3	116	X-RAY DIFFRACTION	91.7241
3.696-3.825	0.522	11	0.272	112	X-RAY DIFFRACTION	89.781
3.825-3.969	0.462	6	0.307	122	X-RAY DIFFRACTION	95.5224
3.969-4.131	0.157	6	0.238	101	X-RAY DIFFRACTION	86.9919
4.131-4.314	0.239	14	0.311	100	X-RAY DIFFRACTION	92.6829
4.314-4.524	0.35	10	0.29	100	X-RAY DIFFRACTION	93.2203
4.524-4.768	0.623	13	0.343	99	X-RAY DIFFRACTION	94.9153
4.768-5.056	0.431	14	0.36	84	X-RAY DIFFRACTION	95.1456
5.056-5.404	0.623	7	0.311	99	X-RAY DIFFRACTION	97.2477
5.404-5.834	0.689	8	0.315	81	X-RAY DIFFRACTION	94.6809
5.834-6.388	0.387	11	0.379	77	X-RAY DIFFRACTION	98.8764
6.388-7.136	0.678	12	0.38	67	X-RAY DIFFRACTION	96.3415
7.136-8.229	0.432	7	0.387	63	X-RAY DIFFRACTION	95.8904
8.229-10.051	0.342	9	0.336	62	X-RAY DIFFRACTION	100
10.051-14.102	0.411	4	0.399	48	X-RAY DIFFRACTION	100
14.102-35.489	0.356	3	0.437	30	X-RAY DIFFRACTION	91.6667

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.7459 Å / Origin y: 99.8512 Å / Origin z: 9.2205 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0077 Å²	-0.0042 Å²	0.007 Å²	-	0.0063 Å²	0.0033 Å²	-	-	0.0233 Å²
L	0.4679 °²	0.2475 °²	-0.3796 °²	-	0.6246 °²	0.3701 °²	-	-	0.9689 °²
S	-0.0048 Å °	-0.0341 Å °	-0.0534 Å °	-0.0644 Å °	0.0198 Å °	-0.0819 Å °	-0.0662 Å °	0.0711 Å °	-0.015 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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