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万見
- PDB-7tuj: NMR solution structure of the phosphorylated MUS81-binding region... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tuj
タイトルNMR solution structure of the phosphorylated MUS81-binding region from human SLX4
要素Structure-specific endonuclease subunit SLX4
キーワードPROTEIN BINDING / SAP domain / disorder-to-order transition
機能・相同性
機能・相同性情報


Slx1-Slx4 complex / positive regulation of t-circle formation / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / resolution of meiotic recombination intermediates / positive regulation of telomere maintenance / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening ...Slx1-Slx4 complex / positive regulation of t-circle formation / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / resolution of meiotic recombination intermediates / positive regulation of telomere maintenance / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / enzyme activator activity / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / cell junction / DNA replication / chromosome, telomeric region / DNA repair / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Structure-specific endonuclease subunit SLX4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Payliss, B.J. / Reichheld, S.E. / Lemak, A. / Arrowsmith, C.H. / Sharpe, S. / Wyatt, H.D.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)156297 カナダ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Phosphorylation of the DNA repair scaffold SLX4 drives folding of the SAP domain and activation of the MUS81-EME1 endonuclease.
著者: Payliss, B.J. / Tse, Y.W.E. / Reichheld, S.E. / Lemak, A. / Yun, H.Y. / Houliston, S. / Patel, A. / Arrowsmith, C.H. / Sharpe, S. / Wyatt, H.D.M.
履歴
登録2022年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structure-specific endonuclease subunit SLX4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9561
ポリマ－9,9561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, T1/T2 method
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Structure-specific endonuclease subunit SLX4 / BTB/POZ domain-containing protein 12


分子量: 9956.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLX4, BTBD12, KIAA1784, KIAA1987 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IY92
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HN(CO)CA
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HNCA
191isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HBHA(CO)NH
171isotropic13D HNHA
1101isotropic13D 1H-15N TOCSY
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Phosphorylated MUS81-binding region of human SLX4, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100 uM EDTA, 100 uM sodium azide, 93% H2O/7% D2O
詳細: Sample prepared by phosphorylation with recombinant CDK1/Cyclin B to selectively phosphorylate three TP sites: T1544, T1561, and T1571. Specificity and stoichiometric phosphorylation of these ...詳細: Sample prepared by phosphorylation with recombinant CDK1/Cyclin B to selectively phosphorylate three TP sites: T1544, T1561, and T1571. Specificity and stoichiometric phosphorylation of these three sites were confirmed by mass spectrometry: LC-MS/MS and intact mass.
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMPhosphorylated MUS81-binding region of human SLX4[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
100 uMEDTAnatural abundance1
100 uMsodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.125 M / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
FMCGUILemak and Arrowsmithデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli, and Markleypeak picking
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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