PDB-7ttz: Heterodimeric IgA Fc in complex with Staphylococcus aureus protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ttz

タイトル

Heterodimeric IgA Fc in complex with Staphylococcus aureus protein SSL7

要素

(IgA Fc) x 2
Superantigen-like protein SSL7

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IgA / heterodimer / antibody Fc / antibody engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Boulanger, M.J. / Verstraete, M. / Heinkel, F. / Escobar, E. / Dixit, S. / Von Kreudenstein, T.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2022
タイトル: Engineering a pure and stable heterodimeric IgA for the development of multispecific therapeutics.
著者: Heinkel, F. / Verstraete, M.M. / Cao, S. / Li, J. / Farber, P. / Stangle, E. / Silva-Moreno, B. / Peng, F. / Dixit, S. / Boulanger, M.J. / Spreter Von Kreudenstein, T. / Escobar-Cabrera, E.

履歴

登録	2022年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ttz.cif.gz	566.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ttz.ent.gz	397.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ttz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ttz_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ttz_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	7ttz_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	7ttz_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/7ttz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/7ttz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2qejS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IgA Fc

B: IgA Fc

C: Superantigen-like protein SSL7

D: Superantigen-like protein SSL7

ヘテロ分子

96.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.505, 165.447, 46.434
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

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タンパク質 , 3種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	IgA Fc 分子量: 23965.229 Da / 分子数: 1 / 変異: A412F, T414Y, N337T, I338L, T339S, C311S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6MZV6
#2: タンパク質	IgA Fc 分子量: 23727.930 Da / 分子数: 1 / 変異: L396V, W398T, I416L, N337T, I338L, T339S, C311S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6MZV6
#3: タンパク質	Superantigen-like protein SSL7 分子量: 23050.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 1種, 1分子

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 175分子

#5: 化合物	ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル分子量: 252.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% PEG MME 550, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→39.56 Å / Num. obs: 48763 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 48.67 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / R_merge(I) obs: 1.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 3864 / CC_1/2: 0.639

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	モデル構築
PHENIX	1.18.2_3874	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2qej

2qej

解像度: 2.35→39.56 Å / SU ML: 0.3361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.5809
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	3756	4.54 %
R_work	0.2003	78988	-
obs	0.2025	43760	98.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6237	0	113	162	6512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	6455
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0137	8685
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0495	976
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	1109
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9352	905

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.38	0.4003	116	0.3022	2459	X-RAY DIFFRACTION	83.36
2.38-2.41	0.3564	124	0.2933	2724	X-RAY DIFFRACTION	92.2
2.41-2.44	0.3178	139	0.2856	2876	X-RAY DIFFRACTION	94.84
2.44-2.48	0.3465	136	0.2832	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.48-2.51	0.33	140	0.2681	2972	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.51-2.55	0.347	142	0.2653	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.6	0.2436	142	0.2624	2932	X-RAY DIFFRACTION	98.46
2.6-2.64	0.311	139	0.2557	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.69	0.338	144	0.2654	2961	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.69-2.74	0.3095	143	0.248	3008	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.74-2.8	0.3217	136	0.2506	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.8-2.86	0.3249	142	0.2464	2930	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.86-2.92	0.2669	142	0.245	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.92-3	0.3221	138	0.2381	2921	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3-3.08	0.3016	148	0.2328	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.17	0.2302	138	0.222	2921	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.17-3.27	0.2607	145	0.2061	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.27-3.39	0.2778	142	0.2222	2942	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.39-3.52	0.2876	139	0.2184	2927	X-RAY DIFFRACTION	98.11
3.52-3.68	0.2409	141	0.1914	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.68-3.88	0.2137	142	0.1798	3005	X-RAY DIFFRACTION	99.02
3.88-4.12	0.2082	139	0.168	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.12-4.44	0.1891	143	0.1512	2950	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.44-4.88	0.1894	140	0.1488	2937	X-RAY DIFFRACTION	98.5
4.88-5.59	0.2205	148	0.1575	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-7.03	0.2099	134	0.1987	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.01
7.04-39.56	0.2299	134	0.183	2961	X-RAY DIFFRACTION	99.07

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.29560614396	4.76054456987	-3.9022407938	4.89091163259	-5.67887160525	7.5939725015	0.298501214488	-0.019024381942	0.996871141217	0.440260515756	-0.28200810328	0.372899492962	-0.81530734037	0.363021464479	-0.0636287906242	0.597385829551	-0.0804738813193	0.0922601073167	0.519400926151	-0.0981935248771	0.747274663003	-3.32155184992	58.0967050352	15.830177998
2	3.44296500928	1.81742000133	-3.36697672601	5.46531648486	-2.00542704009	3.2837233194	1.38513132436	-0.976438378218	1.60287647177	0.0142350613679	-0.35624952057	-0.499909392044	-1.49250969592	0.278222129391	-0.925896477573	0.764583003135	-0.0590262736406	0.21154267988	0.714532514775	-0.0923809574729	1.13129506507	-5.51701460893	70.5578442074	18.4996785049
3	7.30229762834	5.53112582693	-1.66808169007	6.22709928215	-1.46913292259	4.26241645341	0.47870418011	-0.44755202999	1.08640544972	0.357772595258	-0.312501121204	1.10190681498	-0.779535571392	0.273332416759	-0.12215067303	0.898992967698	0.0903136986711	0.164627473876	0.451770512785	-0.0533132591427	0.791999721424	-4.66436819717	64.8627325598	15.262732236
4	5.46355249582	-3.44598249839	0.0447198978196	5.21805043804	-0.00831145252225	1.52431398007	-0.0644129028	-0.0750128345328	0.103751588139	-0.107784960448	-0.0262215626992	-0.0406669112455	0.161657441886	0.00911369231199	0.0912977422898	0.348886725924	-0.0510154019738	0.0352228037071	0.391792411481	-0.0252100905226	0.26543174958	-1.09005512544	31.4984699454	13.3007658265
5	1.96096415895	0.535691816386	0.499163115919	7.68336009046	3.29571746891	2.69955058995	-0.0374450929779	-0.0815307450402	-0.00134571761564	-0.181330756232	-0.0340668010458	-0.164298386133	-0.304652155897	0.00652568062158	0.0245502749593	0.40533455158	-0.136470517449	-0.0338709768831	0.464478322024	0.0821115096479	0.330804395559	25.1077701488	54.2889418021	-3.33094859065
6	8.90086602957	-4.84199688027	-1.94496246414	4.99739855844	4.05112761311	4.02375060815	0.17757477374	0.70536083493	-0.442786658106	-0.513073258901	-0.686941726024	0.37984555658	-0.698407840005	-0.645337385941	0.662182286301	0.507920269582	-0.123668174223	0.0317641301671	0.646911854335	0.0140920812404	0.493146860059	23.3014850534	59.8899207581	-6.31763384249
7	2.7187578112	3.41377348112	-1.11132696644	7.43319722614	-0.982620863806	1.5703167998	-0.0402237574588	-0.0393802664619	-0.307253390705	0.0614702563979	-0.082744547534	-1.12094844067	-0.238227467726	0.372923011332	0.132567783592	0.297960854082	-0.0458272367401	-0.0555780142895	0.477481298515	0.0147736170403	0.361260690494	28.4731969754	46.4062322043	0.149109003593
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9	7.34348194112	1.46154221282	-2.36499899533	7.43481847475	-1.40488167288	8.07660950543	-0.221204668969	-0.476576782189	-0.072819850677	0.953907188861	-0.449401225841	0.578024319461	-0.00241759980319	-0.429448455177	0.622795924883	0.734633780156	0.0604481465785	0.146952624262	0.421389881036	-0.0847878820343	0.573298273434	13.6053014017	10.9393471132	-2.95952992247
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 242 through 271 )	A	A	242 - 271	1 - 30
2	2	chain 'A' and (resid 272 through 288 )	A	A	272 - 288	31 - 45
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4	4	chain 'A' and (resid 340 through 450 )	A	A	340 - 450	97 - 207
5	5	chain 'B' and (resid 242 through 282 )	B	C	242 - 282	1 - 41
6	6	chain 'B' and (resid 283 through 303 )	B	C	283 - 303	42 - 62
7	7	chain 'B' and (resid 304 through 352 )	B	C	304 - 352	63 - 111
8	8	chain 'B' and (resid 353 through 451 )	B	C	353 - 451	112 - 210
9	9	chain 'C' and (resid 9 through 21 )	C	D	9 - 21	1 - 13
10	10	chain 'C' and (resid 22 through 55 )	C	D	22 - 55	14 - 47
11	11	chain 'C' and (resid 56 through 75 )	C	D	56 - 75	48 - 67
12	12	chain 'C' and (resid 76 through 101 )	C	D	76 - 101	68 - 90
13	13	chain 'C' and (resid 102 through 128 )	C	D	102 - 128	91 - 117
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15	15	chain 'C' and (resid 148 through 162 )	C	D	148 - 162	137 - 151
16	16	chain 'C' and (resid 163 through 172 )	C	D	163 - 172	152 - 161
17	17	chain 'C' and (resid 173 through 201 )	C	D	173 - 201	162 - 190
18	18	chain 'D' and (resid 7 through 33 )	D	E	7 - 33	1 - 27
19	19	chain 'D' and (resid 34 through 66 )	D	E	34 - 66	28 - 60
20	20	chain 'D' and (resid 67 through 89 )	D	E	67 - 89	61 - 83
21	21	chain 'D' and (resid 90 through 101 )	D	E	90 - 101	84 - 95
22	22	chain 'D' and (resid 102 through 128 )	D	E	102 - 128	96 - 115
23	23	chain 'D' and (resid 129 through 155 )	D	E	129 - 155	116 - 142
24	24	chain 'D' and (resid 156 through 172 )	D	E	156 - 172	143 - 159
25	25	chain 'D' and (resid 173 through 201 )	D	E	173 - 201	160 - 188

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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