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Yorodumi- PDB-7ttz: Heterodimeric IgA Fc in complex with Staphylococcus aureus protei... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ttz | ||||||
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Title | Heterodimeric IgA Fc in complex with Staphylococcus aureus protein SSL7 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / IgA / heterodimer / antibody Fc / antibody engineering | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Boulanger, M.J. / Verstraete, M. / Heinkel, F. / Escobar, E. / Dixit, S. / Von Kreudenstein, T.S. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Mabs / Year: 2022 Title: Engineering a pure and stable heterodimeric IgA for the development of multispecific therapeutics. Authors: Heinkel, F. / Verstraete, M.M. / Cao, S. / Li, J. / Farber, P. / Stangle, E. / Silva-Moreno, B. / Peng, F. / Dixit, S. / Boulanger, M.J. / Spreter Von Kreudenstein, T. / Escobar-Cabrera, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ttz.cif.gz | 566.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ttz.ent.gz | 397.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ttz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ttz_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7ttz_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 7ttz_validation.xml.gz | 33.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7ttz_validation.cif.gz | 44.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/7ttz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/7ttz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2qejS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 23965.229 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: A412F, T414Y, N337T, I338L, T339S, C311S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6MZV6 |
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#2: Protein | Mass: 23727.930 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: L396V, W398T, I416L, N337T, I338L, T339S, C311S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6MZV6 |
#3: Protein | Mass: 23050.020 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
-Sugars , 1 types, 1 molecules
#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 4 types, 175 molecules
#5: Chemical | ChemComp-1PG / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 30% PEG MME 550, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 Magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 29, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→39.56 Å / Num. obs: 48763 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 48.67 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 1.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 3864 / CC1/2: 0.639 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2qej Resolution: 2.35→39.56 Å / SU ML: 0.3361 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.5809 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→39.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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