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万見
- PDB-7try: Cryo-EM structure of corticotropin releasing factor receptor 2 bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7try
タイトルCryo-EM structure of corticotropin releasing factor receptor 2 bound to Urocortin 1 and coupled with heterotrimeric G11 protein
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 2
  • Corticotropin-releasing factor receptor 2
  • G protein gamma subunit
  • Urocortin
  • scFV16
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / corticotropin releasing factor receptor 2 / Urocortin 1 / G11 protein
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase inhibitor activity / corticotropin-releasing hormone receptor activity / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / regulation of melanocyte differentiation / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of behavioral fear response / varicosity / negative regulation of hormone secretion / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion ...histone deacetylase inhibitor activity / corticotropin-releasing hormone receptor activity / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / regulation of melanocyte differentiation / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of behavioral fear response / varicosity / negative regulation of hormone secretion / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Acetylcholine regulates insulin secretion / endothelin receptor signaling pathway / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / developmental pigmentation / cellular response to pH / drinking behavior / PLC beta mediated events / response to auditory stimulus / negative regulation of appetite / entrainment of circadian clock / cranial skeletal system development / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / neuropeptide hormone activity / positive regulation of vascular permeability / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / negative regulation of cell size / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Class B/2 (Secretin family receptors) / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G protein-coupled peptide receptor activity / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / photoreceptor outer segment membrane / response to pain / negative regulation of feeding behavior / spectrin binding / positive regulation of calcium ion import / startle response / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / peptide hormone binding / ligand-gated ion channel signaling pathway / positive regulation of collagen biosynthetic process / associative learning / action potential / phototransduction, visible light / social behavior / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / photoreceptor outer segment / neuropeptide signaling pathway / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of blood pressure / enzyme regulator activity / axon terminus / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / positive regulation of cardiac muscle contraction / response to glucocorticoid / aerobic respiration / positive regulation of translation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / positive regulation of DNA replication / skeletal system development / sensory perception of sound / female pregnancy / G protein-coupled receptor binding / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of interleukin-6 production / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of blood pressure / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / vasodilation / long-term synaptic potentiation / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / neuron projection development / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / response to estradiol / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs)
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 2 / Urocortin/corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor conserved site / Corticotropin-releasing factor family signature. / corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / Corticotropin-releasing factor family / G-protein alpha subunit, group Q / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. ...GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 2 / Urocortin/corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor conserved site / Corticotropin-releasing factor family signature. / corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / Corticotropin-releasing factor family / G-protein alpha subunit, group Q / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Urocortin / Corticotropin-releasing factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhao, L.-H. / Lin, J. / Mao, C. / Zhou, X.E. / Ji, S. / Shen, D. / Xiao, P. / Melcher, K. / Zhang, Y. / Yu, X. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 米国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071203 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127710 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971195 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81922071 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100959 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure insights into selective coupling of G protein subtypes by a class B G protein-coupled receptor.
著者: Li-Hua Zhao / Jingyu Lin / Su-Yu Ji / X Edward Zhou / Chunyou Mao / Dan-Dan Shen / Xinheng He / Peng Xiao / Jinpeng Sun / Karsten Melcher / Yan Zhang / Xiao Yu / H Eric Xu /
要旨: The ability to couple with multiple G protein subtypes, such as G, G, or G, by a given G protein-coupled receptor (GPCR) is critical for many physiological processes. Over the past few years, the ...The ability to couple with multiple G protein subtypes, such as G, G, or G, by a given G protein-coupled receptor (GPCR) is critical for many physiological processes. Over the past few years, the cryo-EM structures for all 15 members of the medically important class B GPCRs, all in complex with G protein, have been determined. However, no structure of class B GPCRs with G has been solved to date, limiting our understanding of the precise mechanisms of G protein coupling selectivity. Here we report the structures of corticotropin releasing factor receptor 2 (CRF2R) bound to Urocortin 1 (UCN1), coupled with different classes of heterotrimeric G proteins, G and G. We compare these structures with the structure of CRF2R in complex with G to uncover the structural differences that determine the selective coupling of G protein subtypes by CRF2R. These results provide important insights into the structural basis for the ability of CRF2R to couple with multiple G protein subtypes.
履歴
登録2022年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年11月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年11月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年11月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年11月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年11月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年6月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Corticotropin-releasing factor receptor 2
U: Urocortin
A: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: G protein gamma subunit
H: scFV16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,6806
ポリマ－187,6806
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 PG

#1: タンパク質 Corticotropin-releasing factor receptor 2 / CRF-R-2 / CRF-R2 / CRFR-2 / Corticotropin-releasing hormone receptor 2 / CRH-R-2 / CRH-R2


分子量: 63716.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRHR2, CRF2R, CRH2R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13324
#5: タンパク質 G protein gamma subunit


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11 / G alpha-11 / G-protein subunit alpha-11 / Guanine nucleotide-binding protein G(y) subunit alpha


分子量: 41415.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNA11, GA11
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29992
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 43706.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnb1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P54311

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タンパク質・ペプチド / 抗体 , 2種, 2分子 UH

#2: タンパク質・ペプチド Urocortin


分子量: 4703.277 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 83-122 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55089
#6: 抗体 scFV16


分子量: 26277.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Corticotropin releasing factor receptor 2 (CRF2R) bound to Urocortin 1 (UCN1) and coupled with G11 proteins
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155167 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310052
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71613609
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.2186344
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491512
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061727

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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