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- PDB-7trw: Crystal Structure of the C-terminal Ligand-Binding Domain of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7trw
タイトルCrystal Structure of the C-terminal Ligand-Binding Domain of the LysR family Transcriptional Regulator YfbA from Yersinia pestis
要素LysR-family transcriptional regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / LysR transcriptional regulator / solute binding domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYBENZOIC ACID / PHOSPHATE ION / Regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Kim, Y. / Tesar, C. / Crawford, M. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the C-terminal Ligand-Binding Domain of the LysR family Transcriptional Regulator YfbA from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Crawford, M. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysR-family transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2503
ポリマ－24,0171
非ポリマー2332
水41423
1
A: LysR-family transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子

A: LysR-family transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5006
ポリマ－48,0342
非ポリマー4664
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_765-x+2,-y+1,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.073, 86.073, 69.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 LysR-family transcriptional regulatory protein / Putative regulator


分子量: 24016.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: lysR10, y2171, YP_1951 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: Q8D0G2
#2: 化合物 ChemComp-3HB / 3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.03 M Sodium/Potassium Phosphate, pH 5.0, 150 mM Malate, 3.0 % v/v PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 13379 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.4 % / Biso Wilson estimate: 67.15 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.28→2.32 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.366 / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 655 / CC1/2: 0.388 / Rpim(I) all: 0.67 / Rrim(I) all: 1.54 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→37.27 Å / SU ML: 0.3585 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 36.561
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 688 5.15 %
Rwork0.1978 12662 -
obs0.1997 13350 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→37.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1644 0 15 23 1682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00321778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59142435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4227677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.460.3481300.28332516X-RAY DIFFRACTION99.36
2.46-2.710.31911260.25232529X-RAY DIFFRACTION100
2.71-3.10.321620.28322492X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.90.271210.22782560X-RAY DIFFRACTION100
3.9-37.270.19151490.15752565X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.41525353174-0.1828761857431.128223868313.80970510884-0.1457786513395.41189755471-0.005165944082750.264673654606-0.266982423243-0.0557851572046-0.0683974822001-0.02260765949060.229795041490.03975998111930.03397186350690.5054376255890.004146814903090.01323002110120.52132797863-0.02036265828810.56663823514345.363822063832.367817770611.2106893271
25.745931332790.3595829852222.966350815933.6244035399-0.7652988046913.56090334588-0.1793081760170.552811735937-1.24985567107-0.4303197535110.0395269247786-0.2945426946851.030248469790.1819498432830.1446425253750.8558846987020.02597674296140.1798689011490.659882709184-0.210599346840.95736399933970.474403983915.88583109544.69230012806
38.492237301130.9850663717932.148944449864.83320740637-1.842055906983.63699953916-0.1000239339840.936374405473-0.418263308465-0.50044507080.00826971777465-0.073260891280.467439550435-0.00925226628440.04838926798190.6726891610040.008916088462370.1003522690030.676514519812-0.09999435999050.60264266606973.366553693125.58280645334.24672689104
43.10767598501-1.24202197358-3.40023906061.789513954881.054233433733.81369265102-0.9090540928362.47616699674-0.30562115825-2.841298371830.2975040887371.06531120270.832799430743-2.075835827690.4693517653631.04495739242-0.3085077898610.01325330323681.32194280049-0.2900553459971.0939793219258.794601818818.7315821897-1.38028720014
59.19841567009-3.11653084773-3.111112703467.35802604782.632293555762.1097730254-0.452321698328-0.365529641598-0.6203582578070.1800263689290.5493711867230.3475403426620.1231037841880.2120102930660.0004304426685350.652251822299-0.0405420542532-0.02622522742170.6141634253880.000232682179790.40045294428549.962553588128.854090962613.403172036
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 178 through 267 )178 - 26790 - 179
22chain 'A' and (resid 268 through 301 )268 - 301180 - 213
33chain 'A' and (resid 89 through 141 )89 - 1411 - 53
44chain 'A' and (resid 142 through 155 )142 - 15554 - 67
55chain 'A' and (resid 156 through 177 )156 - 17768 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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