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- PDB-7tqr: Crystal Structure of histidine ammonia lyase from Thermoplasma ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tqr
タイトルCrystal Structure of histidine ammonia lyase from Thermoplasma acidophilum
要素Probable histidine ammonia-lyase
キーワードLYASE / histidine ammonia lyase / acid stress
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine ammonia-lyase / histidine ammonia-lyase activity / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine ammonia-lyase / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal ...Histidine ammonia-lyase / Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable histidine ammonia-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wu, K. / Dulchavsky, M. / Bardwell, J.C.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Mater Adv / 年: 2022
タイトル: Microreactor equipped with naturally acid-resistant histidine ammonia lyase from an extremophile.
著者: Ade, C. / Marcelino, T.F. / Dulchavsky, M. / Wu, K. / Bardwell, J.C.A. / Stadler, B.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable histidine ammonia-lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2591
ポリマ－54,2591
非ポリマー00
水2,090116
1
A: Probable histidine ammonia-lyase

A: Probable histidine ammonia-lyase

A: Probable histidine ammonia-lyase

A: Probable histidine ammonia-lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,0354
ポリマ－217,0354
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area24470 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area54780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.990, 168.990, 67.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-591-

HOH

21A-610-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable histidine ammonia-lyase / Histidase


分子量: 54258.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: hutH, Ta0242 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HLI6, histidine ammonia-lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 7.0, 50 mM lithium chloride, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 52 mM strontium chloride, and 30% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→61.48 Å / Num. obs: 33715 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 30.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 2714 / CC1/2: 0.961

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GK3

1gk3


解像度: 2.1→52.86 Å / SU ML: 0.1558 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4677
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1827 1648 4.89 %
Rwork0.1479 32045 -
obs0.1496 33693 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→52.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3685 0 0 116 3801
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45165088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0726587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0115664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.601527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.160.21861370.1752621X-RAY DIFFRACTION99.93
2.16-2.230.22351360.16022614X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.310.17661280.14072637X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.40.20131260.15062642X-RAY DIFFRACTION99.86
2.4-2.510.18151480.14852622X-RAY DIFFRACTION99.93
2.51-2.650.20411340.14432641X-RAY DIFFRACTION99.82
2.65-2.810.17611470.14022639X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.030.17511510.14372640X-RAY DIFFRACTION99.96
3.03-3.330.19471330.14482673X-RAY DIFFRACTION99.89
3.33-3.820.16261390.13722689X-RAY DIFFRACTION99.96
3.82-4.810.17351460.13722743X-RAY DIFFRACTION100
4.81-52.860.18451230.16712884X-RAY DIFFRACTION98.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12844099558-0.3801994583850.1985998895381.48867441906-0.1802074490611.46661269739-0.125936170665-0.05028574931140.1139687440050.2254586311890.05354098328440.10394045844-0.428757129523-0.2128934797470.06869590521530.4620135146650.217828721051-0.0105471179090.3374276865810.02299947295280.29907985754929.2668739026101.31650934318.8466402655
20.3954761477820.3084888896560.004544884085820.997683209519-0.0166336178330.82673141236-0.06558433418560.05588383959070.01578896028350.1936887312070.03911976679080.124823132290.0822163626504-0.2125423327340.02955798994780.2722302357210.1145706902590.06318828999180.345620200599-0.001244842745120.2383240078526.311485772767.494257129913.8077401487
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 196 )0 - 1961 - 184
22chain 'A' and (resid 197 through 496 )197 - 496185 - 484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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