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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tq7 | ||||||
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タイトル | Structure of MERS 3CL protease in complex with the cyclopropane based inhibitor 13c | ||||||
![]() | Orf1a protein | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / MERS 3CL protease Inhhibitors / hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / cysteine-type deubiquitinase activity ...host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / cysteine-type deubiquitinase activity / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Nguyen, H.N. / Chamandi, S.D. / Picard, H.R. / Madden, T.K. / Thruman, H.A. / Kim, Y. / Groutas, W.C. / Chang, K.O. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Broad-Spectrum Cyclopropane-Based Inhibitors of Coronavirus 3C-like Proteases: Biochemical, Structural, and Virological Studies. 著者: Dampalla, C.S. / Nguyen, H.N. / Rathnayake, A.D. / Kim, Y. / Perera, K.D. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Machen, A.J. / Kashipathy, M.M. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7tq2C ![]() 7tq3C ![]() 7tq4C ![]() 7tq5C ![]() 7tq6C ![]() 7tq8C ![]() 8cztC ![]() 8czuC ![]() 8czvC ![]() 8czwC ![]() 8czxC ![]() 8dgyC ![]() 5wkkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34314.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: orf1a / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-IRR / |
#3: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 17% (w/v) PEG 10000, 100 mM Bis-Tris, 100 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月29日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→49.29 Å / Num. obs: 29349 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 101432 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5WKK 解像度: 1.7→46.1 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.85 Å2 / Biso mean: 26.0312 Å2 / Biso min: 11.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→46.1 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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