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- PDB-7tq8: Structure of MERS 3CL protease in complex with the cyclopropane b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tq8
タイトルStructure of MERS 3CL protease in complex with the cyclopropane based inhibitor 14d
要素Orf1a protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / MERS 3CL protease Inhhibitors / hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / endonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / methylation / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification ...host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / endonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / methylation / omega peptidase activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / cysteine-type deubiquitinase activity / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Trypsin-like serine proteases / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 ...Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Trypsin-like serine proteases / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus replicase NSP9 / Thrombin, subunit H / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IRK / Chem-IUB / Orf1a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Nguyen, H.N. / Chamandi, S.D. / Picard, H.R. / Madden, T.K. / Thruman, H.A. / Kim, Y. / Groutas, W.C. / Chang, K.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI161085 米国
引用ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2023
タイトル: Broad-Spectrum Cyclopropane-Based Inhibitors of Coronavirus 3C-like Proteases: Biochemical, Structural, and Virological Studies.
著者: Dampalla, C.S. / Nguyen, H.N. / Rathnayake, A.D. / Kim, Y. / Perera, K.D. / Madden, T.K. / Thurman, H.A. / Machen, A.J. / Kashipathy, M.M. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orf1a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4924
ポリマ－34,3141
非ポリマー1,1773
水4,071226
1
A: Orf1a protein
ヘテロ分子

A: Orf1a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9838
ポリマ－68,6282
非ポリマー2,3556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3810 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.729, 57.611, 49.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-709-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Orf1a protein


分子量: 34314.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
遺伝子: orf1a / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A1L2E0X0
#2: 化合物 ChemComp-IRK / (1R,2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]-2-{[N-({[(1R,2S)-2-propylcyclopropyl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}propane-1-sulfonic acid


分子量: 491.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H37N3O8S
#3: 化合物 ChemComp-IUB / (1S,2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]-2-{[N-({[(1R,2S)-2-propylcyclopropyl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}propane-1-sulfonic acid


分子量: 491.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H37N3O8S
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Tris, 200 mM Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→49.01 Å / Num. obs: 31177 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 21.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Num. unique obs: 1431 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV_4302精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WKK

5wkk


解像度: 1.65→46.05 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 20.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 1566 5.03 %
Rwork0.159 --
obs0.16 31153 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2249 0 71 226 2546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.70.27131430.20342563X-RAY DIFFRACTION95
1.7-1.760.22751280.17682703X-RAY DIFFRACTION98
1.76-1.840.22161290.17622721X-RAY DIFFRACTION99
1.84-1.920.22261440.16942545X-RAY DIFFRACTION97
1.92-2.020.21470.15322611X-RAY DIFFRACTION98
2.02-2.150.1881360.14912749X-RAY DIFFRACTION99
2.15-2.310.18881350.14822727X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.540.21831460.15372728X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.910.19251680.16082729X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.670.19521370.16272742X-RAY DIFFRACTION99
3.67-46.050.16141530.15342769X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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