PDB-7tpb: p120RasGAP SH3 domain in complex with DLC1 RhoGAP domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tpb

タイトル

p120RasGAP SH3 domain in complex with DLC1 RhoGAP domain

要素

Ras GTPase-activating protein 1
Rho GTPase-activating protein 7

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SH3 domain / RhoGAP domain / complex / GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

GTPase activator activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Stiegler, A.L. / Boggon, T.J. / Chau, J.E. / Vish, K.J.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	1R01NS117609	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01GM138411	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: SH3 domain regulation of RhoGAP activity: Crosstalk between p120RasGAP and DLC1 RhoGAP.
著者: Chau, J.E. / Vish, K.J. / Boggon, T.J. / Stiegler, A.L.

履歴

登録	2022年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tpb.cif.gz	425.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tpb.ent.gz	355.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tpb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7tpb_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tpb_full_validation.pdf.gz	484.8 KB	表示
XML形式データ	7tpb_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	7tpb_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/7tpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/7tpb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2j05S 3kuqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/876 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (16) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Ras GTPase-activating protein 1

B: Rho GTPase-activating protein 7

C: Ras GTPase-activating protein 1

D: Rho GTPase-activating protein 7

E: Ras GTPase-activating protein 1

F: Rho GTPase-activating protein 7

G: Ras GTPase-activating protein 1

H: Rho GTPase-activating protein 7

135 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Ras GTPase-activating protein 1

B: Rho GTPase-activating protein 7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, A and B C and D E and F G and H
33.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ras GTPase-activating protein 1

D: Rho GTPase-activating protein 7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Ras GTPase-activating protein 1

F: Rho GTPase-activating protein 7

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33.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Ras GTPase-activating protein 1

H: Rho GTPase-activating protein 7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	143.745, 143.745, 152.776
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 283 through 339)
2	1	(chain C and resid 283 through 339)
3	1	(chain E and resid 283 through 339)
4	1	(chain G and resid 283 through 339)
1	2	(chain B and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...
2	2	(chain D and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...
3	2	(chain F and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...
4	2	(chain H and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain A and resid 283 through 339)	A	A	283 - 339	8 - 64
2	1	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain C and resid 283 through 339)	C	C	283 - 339	8 - 64
3	1	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain E and resid 283 through 339)	E	E	283 - 339	8 - 64
4	1	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain G and resid 283 through 339)	G	G	283 - 339	8 - 64
1	1	2	TYR	TYR	GLY	GLY	(chain B and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	B	B	1070 - 1088	15 - 33
1	2	2	PRO	PRO	SER	SER	(chain B and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	B	B	1090 - 1120	35 - 65
1	3	2	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain B and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	B	B	1122	67
1	4	2	ALA	ALA	LEU	LEU	(chain B and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	B	B	1124 - 1239	69 - 184
1	5	2	PRO	PRO	CYS	CYS	(chain B and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	B	B	1258 - 1280	203 - 225
2	1	2	TYR	TYR	GLY	GLY	(chain D and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	D	D	1070 - 1088	15 - 33
2	2	2	PRO	PRO	SER	SER	(chain D and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	D	D	1090 - 1120	35 - 65
2	3	2	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain D and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	D	D	1122	67
2	4	2	ALA	ALA	CYS	CYS	(chain D and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	D	D	1124 - 1280	69 - 225
3	1	2	TYR	TYR	GLY	GLY	(chain F and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	F	F	1070 - 1088	15 - 33
3	2	2	PRO	PRO	SER	SER	(chain F and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	F	F	1090 - 1120	35 - 65
3	3	2	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain F and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	F	F	1122	67
3	4	2	ALA	ALA	CYS	CYS	(chain F and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	F	F	1124 - 1280	69 - 225
4	1	2	TYR	TYR	GLY	GLY	(chain H and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	H	H	1070 - 1088	15 - 33
4	2	2	PRO	PRO	SER	SER	(chain H and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	H	H	1090 - 1120	35 - 65
4	3	2	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain H and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	H	H	1122	67
4	4	2	ALA	ALA	CYS	CYS	(chain H and (resid 1070 through 1088 or resid 1090...	H	H	1124 - 1280	69 - 225

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Ras GTPase-activating protein 1 分子量: 7622.630 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DTL8
#2: タンパク質	Rho GTPase-activating protein 7 / Deleted in liver cancer 1 protein / DLC-1 / HP protein / Rho-type GTPase-activating protein 7 / ...Deleted in liver cancer 1 protein / DLC-1 / HP protein / Rho-type GTPase-activating protein 7 / START domain-containing protein 12 / StARD12 / StAR-related lipid transfer protein 12 分子量: 26038.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLC1, ARHGAP7, KIAA1723, STARD12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QB1-6

#1: タンパク質

Ras GTPase-activating protein 1

分子量: 7622.630 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DTL8

#2: タンパク質

Rho GTPase-activating protein 7 / Deleted in liver cancer 1 protein / DLC-1 / HP protein / Rho-type GTPase-activating protein 7 / ...

分子量: 26038.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLC1, ARHGAP7, KIAA1723, STARD12 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QB1-6

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M Magnesium nitrate, 16.5% PEG 3350 / Temp details: ambient temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 19702 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 80.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.256 / R_pim(I) all: 0.09 / R_rim(I) all: 0.272 / Χ²: 1.055 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 179535

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.2-3.31	7.8	1.7	1952	0.332	0.657	1.824	1.038	100
3.31-3.45	8.6	1.077	1996	0.671	0.391	1.146	1.04	100
3.45-3.6	8.9	0.796	1957	0.841	0.282	0.845	1.049	100
3.6-3.79	9.9	0.539	1980	0.904	0.18	0.569	1.08	99.9
3.79-4.03	9.8	0.414	1951	0.955	0.139	0.437	1.084	100
4.03-4.34	9.3	0.315	1972	0.97	0.109	0.334	1.075	100
4.34-4.78	8.4	0.233	1977	0.975	0.085	0.249	1.041	100
4.78-5.47	8.6	0.191	1977	0.981	0.069	0.204	1.058	100
5.47-6.89	10.4	0.177	1974	0.991	0.058	0.186	1.027	99.9
6.89-50	9.2	0.122	1966	0.992	0.042	0.13	1.048	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PHENIX	1.19.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000	2.3.8	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KUQ, 2J05

3kuq

2j05

解像度: 3.2→48.25 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2597	920	4.74 %
R_work	0.2125	18492	-
obs	0.2149	19412	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 201.34 Å² / B_iso mean: 85.5158 Å² / B_iso min: 41.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→48.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8096	0	0	0	8096
残基数	-	-	-	-	1010

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	684	X-RAY DIFFRACTION	2.414	TORSIONAL
1	2	C	684	X-RAY DIFFRACTION	2.414	TORSIONAL
1	3	E	684	X-RAY DIFFRACTION	2.414	TORSIONAL
1	4	G	684	X-RAY DIFFRACTION	2.414	TORSIONAL
2	1	B	2252	X-RAY DIFFRACTION	2.414	TORSIONAL
2	2	D	2252	X-RAY DIFFRACTION	2.414	TORSIONAL
2	3	F	2252	X-RAY DIFFRACTION	2.414	TORSIONAL
2	4	H	2252	X-RAY DIFFRACTION	2.414	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
3.2-3.37	0.3322	122	0.3007	2658	2780
3.37-3.58	0.3187	131	0.267	2648	2779
3.58-3.86	0.2714	125	0.2334	2633	2758
3.86-4.24	0.2643	127	0.2164	2667	2794
4.24-4.86	0.2648	127	0.1851	2634	2761
4.86-6.11	0.2604	142	0.2216	2625	2767
6.12-48.25	0.2196	146	0.1776	2627	2773

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6743	3.7377	2.1233	7.0267	2.9382	1.5412	-1.7442	3.0903	-0.0837	-1.7223	1.0848	-1.6488	0.0746	0.0917	0.3048	0.6417	-0.331	-0.0229	0.9805	-0.4913	0.6844	7.8342	56.0072	97.62
2	4.2722	-5.3886	0.1714	5.581	0.5932	8.7989	0.1466	-0.5565	0.2048	0.6815	0.7978	0.1774	0.4195	0.5618	-0.807	0.6811	-0.1024	-0.1196	0.6356	0.0396	0.7189	3.4485	59.5374	102.3639
3	4.8944	-1.4106	-0.3474	3.7642	1.3257	2.9373	-0.5342	-1.0403	-0.5429	0.2185	0.0798	0.1832	0.3524	0.4054	0.3173	0.6049	-0.0128	-0.1046	0.8038	0.0297	0.5858	4.4644	55.7971	102.651
4	5.3288	0.2051	-5.1158	9.5948	3.8159	8.3382	0.2888	0.7409	0.1533	1.1466	-0.0604	0.6181	-0.4654	-0.0879	-0.2009	0.6975	-0.0587	0.0026	0.7595	0.1593	0.5032	-30.0814	72.1401	113.0788
5	6.8277	-2.3767	-1.3483	5.479	-0.1148	5.3237	-0.3002	0.3104	0.3869	-0.4507	0.3572	0.3819	0.268	-0.3592	0.0705	0.4468	-0.0941	-0.1258	0.6739	-0.0174	0.3478	-22.751	65.4213	96.4412
6	2.2855	0.2387	-3.0556	6.4864	2.8938	8.9869	0.0009	1.0094	0.3531	-0.5245	-0.0965	0.2092	-1.5644	0.0279	0.2075	0.7798	-0.1228	-0.1939	0.7511	0.0298	0.4117	-24.5772	69.0301	98.7736
7	5.1211	-6.1008	2.3419	8.5777	0.0746	4.634	-0.4425	0.1139	-0.3764	1.1291	0.3785	-0.7663	0.1711	0.2538	0.0181	0.6288	-0.0797	-0.1538	0.6035	0.0778	0.6158	-11.4495	60.5357	119.2074
8	1.9537	0.3604	2.1793	6.8776	0.9076	5.4059	-1.1618	0.3177	-3.1119	0.3365	0.8661	0.0848	0.4796	-0.9801	-0.2541	1.1922	-0.0941	-0.152	0.699	0.0467	0.7649	-14.3371	49.2398	121.1649
9	5.3419	-0.6704	0.5506	4.6312	1.3965	2.6794	0.4753	0.1103	-0.5166	0.0078	-0.0862	-0.2044	0.568	-0.0501	-0.2648	0.6725	-0.1414	-0.1867	0.3881	0.0406	0.3939	-15.5263	57.9289	106.5778
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16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1130 through 1142 )	D	0
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1143 through 1163 )	D	0
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 1164 through 1194 )	D	0
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 1195 through 1218 )	D	0
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 1219 through 1259 )	D	0
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 1260 through 1282 )	D	0
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 281 through 291 )	E	281 - 291
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 292 through 313 )	E	292 - 313
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 314 through 339 )	E	314 - 339
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 1070 through 1079 )	F	0
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 1080 through 1092 )	F	0
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 1093 through 1105 )	F	0
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 1106 through 1129 )	F	0
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 1130 through 1163 )	F	0
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 1164 through 1178 )	F	0
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 1179 through 1194 )	F	0
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 1195 through 1218 )	F	0
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 1219 through 1259 )	F	0
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 1260 through 1280 )	F	0
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 281 through 286 )	G	281 - 286
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 287 through 291 )	G	287 - 291
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 292 through 305 )	G	292 - 305
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 306 through 339 )	G	306 - 339
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 1070 through 1079 )	H	0
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 1080 through 1092 )	H	0
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 1093 through 1105 )	H	0
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 1106 through 1129 )	H	0
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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