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- PDB-7toc: Crystal Structure of the Mitochondrial Ketol-acid Reductoisomeras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7toc
タイトルCrystal Structure of the Mitochondrial Ketol-acid Reductoisomerase IlvC from Candida auris
要素Ketol-acid reductoisomerase, mitochondrial
キーワードISOMERASE / L-isoleucine biosynthesis / L-valine biosynthesis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / isomerase activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ketol-acid reductoisomerase, fungi / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...Ketol-acid reductoisomerase, fungi / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / MALONATE ION / Chem-NDP / Ketol-acid reductoisomerase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種[Candida] auris (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Kim, Y. / Evdokimova, E. / Di, R. / Stogios, P. / Savchenko, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Mitochondrial Ketol-acid Reductoisomerase IlvC from Candida auris
著者: Kim, Y. / Evdokimova, E. / Di, R. / Stogios, P. / Savchenko, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-acid reductoisomerase, mitochondrial
B: Ketol-acid reductoisomerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,84512
ポリマ－80,9332
非ポリマー1,91210
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16770 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area25530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.555, 145.555, 244.349
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ketol-acid reductoisomerase, mitochondrial / Acetohydroxy-acid reductoisomerase / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase


分子量: 40466.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) [Candida] auris (菌類) / 遺伝子: ilvC / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold
参照: UniProt: A0A510NYT4, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 76分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Na Cacodylate pH6, 2M Na Malonate pH7.4, 2mM NADPH, 5mM MgCl2
PH範囲: 6-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 58168 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 58.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.43→2.47 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 2.238 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 2853 / CC1/2: 0.409 / Rpim(I) all: 0.611 / Rrim(I) all: 2.321 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alpha fold 2 model

解像度: 2.43→41.12 Å / SU ML: 0.3424 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.0162
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 2846 4.9 %
Rwork0.1796 55226 -
obs0.181 58072 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→41.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5646 0 122 66 5834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87397988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0529858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851036
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5686870
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.470.32721330.31872709X-RAY DIFFRACTION99.37
2.47-2.520.33371360.29622719X-RAY DIFFRACTION99.96
2.52-2.570.31561530.28322674X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.620.35591460.30352695X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.670.3361200.29592735X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.740.30281580.28912708X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.810.31351340.26542735X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.880.3321330.26642727X-RAY DIFFRACTION99.97
2.88-2.970.26971390.2472750X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.060.26151370.24312725X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.170.2851530.24252726X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.30.28821430.24542737X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.450.24911270.19912766X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.630.18921440.16952754X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.860.17761390.15692777X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.150.18171510.13872776X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.570.1381400.11382801X-RAY DIFFRACTION100
4.57-5.230.14391500.11742817X-RAY DIFFRACTION100
5.23-6.590.16431480.15212855X-RAY DIFFRACTION99.97
6.59-41.120.18611620.15263040X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.105529654551.372850509321.050224702277.13371511765-0.3539311601639.362907353790.0773153297540.565534042289-0.403118818206-0.0523639833137-0.176016251082-0.6378262765280.4470197721791.18909772250.06361486995580.4949323957670.2962509057560.05413161430090.9087877526360.0315437656310.576243103758-10.5612025443-68.173077325-58.9591828597
23.279683962020.7545478534380.7932098713984.29435456790.67076242684.837828836840.2958493586460.783459369560.346011237018-0.653552375225-0.226725184928-0.0870393709849-0.653863877890.0869824800836-0.07566697928460.5738222069570.2059557757450.06393960394670.7240180676590.2067796812240.577429608783-19.1522395366-54.2978080487-61.796377484
32.52116012158-0.4551332761180.19089109011.41845001866-0.3254186727483.163621524210.09816504847080.4191540889460.3092117901040.05333209151730.2659374554270.271416520882-0.823309871879-0.670301644689-0.3109288696190.5001123087480.2333793321920.05159101615770.5793133803710.1518604988550.593409995853-25.8262564743-54.4933046405-49.1555709245
44.123751214660.715301788171.021385002010.7652785306410.5007298868714.05787268760.2400165880620.1236077482821.152107891720.369802067178-0.496975574923-0.118182248375-1.411772543550.3727379077110.3071611249451.13067846513-0.1582441033490.03961048308460.4286373607760.1636407855840.728247172681-8.30473525595-45.2733678839-33.6742370256
51.13313645032-0.138146733219-0.1776129846992.47445064466-0.3104432983162.795755456980.0358247214257-0.02575833262080.5020982083810.2737156717730.184714334056-0.183045466553-1.566415914880.350868565197-0.07788063795571.02593617125-0.1454396887990.07992728724730.409322639927-0.06865641480790.638459869352-9.71576691266-48.0428412943-21.7150294721
63.307665705380.1503268227821.887756170860.6905245190220.3257124560635.476599176950.2947693958361.507390666040.430656414658-0.1018774391040.0189262097220.088961161962-0.9502076165070.924643070115-0.3274542536340.955590635955-0.2416286101630.02825101832181.014238878860.2908277451750.698780290014-3.17223560931-45.7775410973-49.5577411348
73.374222053620.305880432946-1.472140703032.82416188872-3.674560878355.12832861792-0.2865404097670.437355234165-0.114861238424-0.3394994241090.00853220057324-0.278068560854-0.44184580571.292643622970.3254660086450.540299395433-0.261602016393-0.06762201155261.064571353680.06214703779140.5569529487565.23690346936-60.5069284185-30.1814738486
82.820279691492.187019535660.6020678769672.082041944820.3892863713770.195003621801-0.5451295610570.9185077266430.109553758236-0.1443353319960.532566704325-0.243249636467-0.4230610205490.6558646270450.01549269848130.575753945691-0.241867855618-0.1387088314461.25070552590.04986449670640.71971662592215.3913506391-60.2808301779-18.4275694041
95.72730922281-1.067778826421.123025831932.99285625265-0.8332117468014.94301246390.1304340284460.00960461955968-0.1206016543270.463122556756-0.145477741923-0.5623994727470.3950535665191.222855188040.02170891935590.393434412756-0.0719338999153-0.04955211169280.734627844447-0.05551494905940.5346221491293.5730362024-74.1877527582-3.5798907119
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112.71260894373-1.941123258983.728318662784.43640348896-1.318345777815.85887493251-0.0109573939133-0.515812840029-0.335119328590.07527742932590.252256966213-0.0809251266884-0.4120569019270.0606774907342-0.2350210113660.4298979808970.03025318155470.07266729669870.533627103363-0.03772565517640.562384984436-13.4251116424-70.31193815432.60768147118
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 117 through 135 )BE117 - 13576 - 94
22chain 'B' and (resid 136 through 165 )BE136 - 16595 - 124
33chain 'B' and (resid 166 through 252 )BE166 - 252125 - 211
44chain 'B' and (resid 253 through 286 )BE253 - 286212 - 245
55chain 'B' and (resid 287 through 352 )BE287 - 352246 - 311
66chain 'B' and (resid 353 through 381 )BE353 - 381312 - 340
77chain 'B' and (resid 382 through 400 )BE382 - 400341 - 359
88chain 'A' and (resid 42 through 71 )AA42 - 711 - 30
99chain 'A' and (resid 72 through 91 )AA72 - 9131 - 50
1010chain 'A' and (resid 92 through 116 )AA92 - 11651 - 75
1111chain 'A' and (resid 117 through 135 )AA117 - 13576 - 94
1212chain 'A' and (resid 136 through 165 )AA136 - 16595 - 124
1313chain 'A' and (resid 166 through 226 )AA166 - 226125 - 185
1414chain 'A' and (resid 227 through 252 )AA227 - 252186 - 211
1515chain 'A' and (resid 253 through 295 )AA253 - 295212 - 254
1616chain 'A' and (resid 296 through 353 )AA296 - 353255 - 312
1717chain 'A' and (resid 354 through 381 )AA354 - 381313 - 340
1818chain 'A' and (resid 382 through 400 )AA382 - 400341 - 359
1919chain 'B' and (resid 42 through 71 )BE42 - 711 - 30
2020chain 'B' and (resid 72 through 116 )BE72 - 11631 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る