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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7toc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Mitochondrial Ketol-acid Reductoisomerase IlvC from Candida auris | ||||||
要素 | Ketol-acid reductoisomerase, mitochondrial | ||||||
キーワード | ISOMERASE / L-isoleucine biosynthesis / L-valine biosynthesis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / isomerase activity / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | [Candida] auris (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Evdokimova, E. / Di, R. / Stogios, P. / Savchenko, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of the Mitochondrial Ketol-acid Reductoisomerase IlvC from Candida auris 著者: Kim, Y. / Evdokimova, E. / Di, R. / Stogios, P. / Savchenko, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7toc.cif.gz | 363.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7toc.ent.gz | 249.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7toc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7toc_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7toc_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7toc_validation.xml.gz | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7toc_validation.cif.gz | 37.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/7toc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/7toc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40466.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) [Candida] auris (菌類) / 遺伝子: ilvC / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold 参照: UniProt: A0A510NYT4, ketol-acid reductoisomerase (NADP+) |
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-非ポリマー , 5種, 76分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.35 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Na Cacodylate pH6, 2M Na Malonate pH7.4, 2mM NADPH, 5mM MgCl2 PH範囲: 6-7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97913 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97913 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 58168 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 58.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.47 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 2.238 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 2853 / CC1/2: 0.409 / Rpim(I) all: 0.611 / Rrim(I) all: 2.321 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: alpha fold 2 model 解像度: 2.43→41.12 Å / SU ML: 0.3424 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.0162 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→41.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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