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- PDB-7tng: Kringle domain of human Receptor Tyrosine Kinase-Like Orphan Rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tng
タイトルKringle domain of human Receptor Tyrosine Kinase-Like Orphan Receptor 1 (ROR1)
要素Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Receptor tyrosine kinase / Cancer / Kringle domain / Immunotherapy
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / astrocyte development / inner ear development / coreceptor activity / stress fiber / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / axon terminus ...WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / astrocyte development / inner ear development / coreceptor activity / stress fiber / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / axon terminus / : / sensory perception of sound / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell population proliferation / signaling receptor complex / axon / cell surface / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Kringle-like fold / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Guarino, S.R. / Di Bello, A. / Palamini, M. / Forneris, F.
資金援助 米国, スイス, イタリア, 日本, ベルギー, 7件
組織認可番号国
The Giovanni Armenise-Harvard FoundationCDA 2013 米国
Velux Stiftung1375 スイス
Italian Association for Cancer ResearchMFAG 20075 イタリア
Mizutani Foundation for Glycoscience200039 日本
NATO Science for Peace and Security ProgramSPS G5701 ベルギー
Ministero dell Universita e della RicercaPRIN2017RPHBCW_001 イタリア
Ministero dell Universita e della RicercaDipartimento di Eccellenza 2018-2022 イタリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the kringle domain of human receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 1 (hROR1)
著者: Guarino, S.R. / Palamini, M. / Capillo, M.C. / Forneris, F.
履歴
登録2022年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6471
ポリマ－9,6471
非ポリマー00
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomeric in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.157, 48.157, 69.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-442-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1 / Neurotrophic tyrosine kinase / receptor-related 1


分子量: 9646.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROR1, NTRKR1 / Cell (発現宿主): T7 SHuffle / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01973
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.8-1.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→41.71 Å / Num. obs: 18755 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 15.82 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 938 / CC1/2: 0.737 / Rpim(I) all: 0.494

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BA5,6OSN

6ba5

6osn


解像度: 1.4→41.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.079 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21394 1007 5.4 %RANDOM
Rwork0.21113 ---
obs0.21127 17717 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.007 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20.09 Å20 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→41.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数676 0 0 63 739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.013741
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.018628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1581.6611015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6441.5851460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.845596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.83922.27344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86615109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.029155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0961.76360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0871.756359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3352.63452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3312.632453
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2861.882381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2761.88381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5122.715559
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.06720.516848
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.07420.246839
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.83931368
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.615 66 -
Rwork0.556 1291 -
obs--99.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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