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- PDB-7tnc: M13F/G116F Pseudomonas aeruginosa azurin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tnc
タイトルM13F/G116F Pseudomonas aeruginosa azurin
要素Azurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron transfer protein
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Liu, Y. / Lu, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1726244 米国
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural Basis for the Effects of Phenylalanine on Tuning the Reduction Potential of Type 1 Copper in Azurin.
著者: Liu, Y. / Marshall, N.M. / Yu, S.S. / Kim, W. / Gao, Y.G. / Robinson, H. / Nilges, M.J. / Zhang, Y. / New, S.Y. / Lu, Y.
履歴
登録2022年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3535
ポリマ－14,0681
非ポリマー2854
水3,171176
1
A: Azurin
ヘテロ分子

A: Azurin
ヘテロ分子

A: Azurin
ヘテロ分子

A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,41020
ポリマ－56,2724
非ポリマー1,13916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.274, 73.901, 77.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

CL

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要素

#1: タンパク質 Azurin


分子量: 14067.899 Da / 分子数: 1 / 変異: M13F, G116F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: azu, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 % / 解説: Diamond-shaped blue crystals.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The 1.4 mM apo-protein was prepared in 100 mM pH=5.6 NaOAc buffer. For each well, add 300 uL reservoir buffer containing 100 mM pH=8.0 Tris-HCl, 10 mM CuSO4 and 20% PEG-4000. 3 uL of protein ...詳細: The 1.4 mM apo-protein was prepared in 100 mM pH=5.6 NaOAc buffer. For each well, add 300 uL reservoir buffer containing 100 mM pH=8.0 Tris-HCl, 10 mM CuSO4 and 20% PEG-4000. 3 uL of protein stock was mixed with 1 uL reservoir buffer on the glass slides and sealed on the wells. Diamond-shaped blue crystals grew within 4 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→41 Å / Num. obs: 24023 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 14.83 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09367 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 8.87
反射 シェル解像度: 1.47→1.523 Å / Rmerge(I) obs: 0.3451 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2009 / CC1/2: 0.891 / CC star: 0.971 / Rrim(I) all: 0.3949

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4azu

4azu


解像度: 1.47→41 Å / SU ML: 0.1959 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0246
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2373 2350 5.24 %
Rwork0.2044 42462 -
obs0.2061 24023 96.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数984 0 11 176 1171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00581028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86461391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6121375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.47-1.50.3073860.30011767X-RAY DIFFRACTION67.63
1.5-1.530.33091040.29252018X-RAY DIFFRACTION77.59
1.53-1.570.38171360.27822380X-RAY DIFFRACTION92.57
1.57-1.610.3051620.27732601X-RAY DIFFRACTION99.6
1.61-1.650.28091380.26422585X-RAY DIFFRACTION99.78
1.65-1.70.30831460.25732606X-RAY DIFFRACTION99.67
1.7-1.750.27621670.27072548X-RAY DIFFRACTION99.16
1.75-1.820.2396930.25282609X-RAY DIFFRACTION99.52
1.82-1.890.37061400.25142632X-RAY DIFFRACTION99.93
1.89-1.980.25861760.23352558X-RAY DIFFRACTION99.82
1.98-2.080.26031510.21932543X-RAY DIFFRACTION99.3
2.08-2.210.25831730.20942545X-RAY DIFFRACTION99.56
2.21-2.380.27721390.21282625X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.620.23221510.20552597X-RAY DIFFRACTION99.96
2.62-30.2131070.18142625X-RAY DIFFRACTION99.93
3-3.780.20211350.16792614X-RAY DIFFRACTION100
3.78-410.15721460.14972609X-RAY DIFFRACTION99.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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