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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tmk | ||||||
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タイトル | Porous framework formed by assembly of a bipyridyl-conjugated helical peptide | ||||||
要素 | helical peptide | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / porous / framework / helix / 310 / alpha / assembly / bipyridine / UIC-1 | ||||||
機能・相同性 | ACETONITRILE / ethyl 5'-formyl[2,2'-bipyridine]-5-carboxylate / Chem-I77 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 0.83 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, A.I. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022 タイトル: Assembly of pi-Stacking Helical Peptides into a Porous and Multivariable Proteomimetic Framework. 著者: Heinz-Kunert, S.L. / Pandya, A. / Dang, V.T. / Tran, P.N. / Ghosh, S. / McElheny, D. / Santarsiero, B.D. / Ren, Z. / Nguyen, A.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tmk.cif.gz | 33.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tmk.ent.gz | 22.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tmk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/7tmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/7tmk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7tlsSC 7tluC 7tm1C 7tm2C 7tmaC 7tmeC 7tmhC 7tmiC 7tmjC 7tmlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 943.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: water and acetonitrile |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 0.711 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.711 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.83→8.88 Å / Num. obs: 18180 / % possible obs: 98.94 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 3.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.03 |
反射 シェル | 解像度: 0.83→0.859 Å / Num. unique obs: 9944 / CC1/2: 0.886 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7TLS 解像度: 0.83→8.88 Å / SU ML: 0.0752 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.2098 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 5.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.83→8.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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