+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tmf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of NAD(P)H nitroreductase from Klebsiella pneumoniae (short b-axis) | ||||||
![]() | NAD(P)H nitroreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / nitroreductase / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | ||||||
機能・相同性 | Putative NAD(P)H nitroreductase YdjA-like / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Putative NAD(P)H nitroreductase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of NAD(P)H nitroreductase from Klebsiella pneumoniae (short b-axis) 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Tillery, L. / Shek, R. / Craig, J.K. / Barrett, L.K. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 66.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3bm1S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21245.316 Da / 分子数: 2 / 断片: KlpnC.17456.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ydjA, E3U37_20475, E3U38_02825, E9161_16570, NCTC9504_03979 プラスミド: KlpnC.17456.a.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 156分子 ![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BTB / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 化合物 | ChemComp-1PE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 % / Mosaicity: 0.06 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Berkeley C1: 25 %w/v PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-TRIS, KlpnC.17456.a.B1.PW39057 at 21 mg/mL, Tray: plate 12177 well C1 drop 1, Puck: PSL0413, Cryo: 80% crystallant and 20% PEG 200, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.97→92.22 Å / Num. obs: 29253 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 29.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 188186 / Scaling rejects: 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
---|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3BM1 解像度: 1.97→55.17 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.31 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.55 Å2 / Biso mean: 31.4906 Å2 / Biso min: 17.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.97→55.17 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
|