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万見
- PDB-7tm4: Crystal structure of apo 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tm4
タイトルCrystal structure of apo 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase from Klebsiella pneumoniae
要素3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / shikimate kinase activity / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EPSP synthase signature 1. / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / EPSP synthase signature 2. / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of apo 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase from Klebsiella pneumoniae
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Tillery, L. / Shek, R. / Craig, J.K. / Barrett, L.K. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2022年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1782
ポリマ－47,1161
非ポリマー621
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.709, 43.709, 171.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / EPSPS


分子量: 47115.641 Da / 分子数: 1 / 断片: KlpnC.18288.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cocrystallized with shikimate-3-phosphate. However, the ligand was not observed in the active site and may have been displaced by the high halogen anion concentrations in the crystallization solution.
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: aroA, KPHS_18160 / プラスミド: KlpnC.18288.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3GV01, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.57 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Morpheus B8: 9.375 (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol: 9.375 (v/v) PEG 1000: 9.375 (v/v) PEG 3350, 0.1M (Sodium HEPES: MOPS), 0.03 M Sodium fluoride: 0.03 M Sodium bromide: 0.03 M Sodium iodide), ...詳細: Morpheus B8: 9.375 (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol: 9.375 (v/v) PEG 1000: 9.375 (v/v) PEG 3350, 0.1M (Sodium HEPES: MOPS), 0.03 M Sodium fluoride: 0.03 M Sodium bromide: 0.03 M Sodium iodide), KlpnC.18288.a.B1.PW39049 at 20 mg/mL, Tray: plate 12156 well B8 drop 1, Puck: PSL0615, Cryo: direct

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.46
反射解像度: 1.7→85.53 Å / Num. obs: 40195 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 200342 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.735.20.6831103621380.630.3370.7632.3100
9-85.535.40.02615002780.9990.0120.02943.699.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G6T

1g6t


解像度: 1.7→57.02 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 31.08 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2126 2117 5.28 %
Rwork0.182 38009 -
obs0.2027 40126 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.44 Å2 / Biso mean: 24.749 Å2 / Biso min: 14.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→57.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3183 0 4 86 3273
Biso mean--20.35 23.02 -
残基数----426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1284423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.402465
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013578
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.740.39611040.34032591269596
1.74-1.780.36761400.30332485262595
1.78-1.830.29281620.29652584274694
1.83-1.890.30051320.27262505263795
1.89-1.950.25231320.25332545267795
1.95-2.020.2671300.24592537266795
2.02-2.10.24711540.22342576273094
2.1-2.190.22891580.2272506266494
2.19-2.310.26311770.21742525270293
2.31-2.450.2921300.21942516264695
2.45-2.640.2507900.21712559264997
2.64-2.910.24441500.21032572272294
2.91-3.330.28121080.19542537264595
3.33-4.190.20581640.17222465262993
4.19-57.020.19061860.14372506269293
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80010.012-0.17160.8766-0.40012.52630.0839-0.06730.062-0.0464-0.05110.00580.0565-0.0713-0.03390.1998-0.0233-0.00240.1884-0.00180.162311.20617.13714.29
21.4751-0.00470.10230.7049-0.16760.37250.0032-0.0383-0.0207-0.0077-0.01620.0062-0.0079-0.02070.0140.14270.0295-0.00350.179-0.00240.1388-1.2758.444-12.729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:19 OR RESID 241:427 ) )A2 - 19
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:19 OR RESID 241:427 ) )A241 - 427
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 20:240 )A20 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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