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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tm2 | |||||||||
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タイトル | Porous framework formed by assembly of a bipyridyl-conjugated helical peptide | |||||||||
要素 | bipyridyl-conjugated helical peptide | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / porous / framework / helix / 310 / alpha / assembly / bipyridine / UIC-1 | |||||||||
機能・相同性 | tert-butylbenzene 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.88 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen, A.I. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022 タイトル: Assembly of pi-Stacking Helical Peptides into a Porous and Multivariable Proteomimetic Framework. 著者: Heinz-Kunert, S.L. / Pandya, A. / Dang, V.T. / Tran, P.N. / Ghosh, S. / McElheny, D. / Santarsiero, B.D. / Ren, Z. / Nguyen, A.I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tm2.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tm2.ent.gz | 14.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tm2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tm2_validation.pdf.gz | 392 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tm2_full_validation.pdf.gz | 392.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7tm2_validation.xml.gz | 3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tm2_validation.cif.gz | 3.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/7tm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/7tm2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tlsSC 7tluC 7tm1C 7tmaC 7tmeC 7tmhC 7tmiC 7tmjC 7tmkC 7tmlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1374.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: slow cooling / 詳細: water and acetonitrile |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.619 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.619 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.88→12.84 Å / Num. obs: 14928 / % possible obs: 95.71 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 4.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06869 / Net I/σ(I): 16.04 |
反射 シェル | 解像度: 0.88→0.9114 Å / Rmerge(I) obs: 0.06869 / Num. unique obs: 456 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7TLS 解像度: 0.88→12.84 Å / SU ML: 0.0751 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 12.1999 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 5.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.88→12.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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