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- PDB-7tlx: Crystal Structure of cytochrome c from Pseudomonas putida S16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tlx
タイトルCrystal Structure of cytochrome c from Pseudomonas putida S16
要素C-type cytochrome
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome C / Pseudomonas putida S16
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / C-type cytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida S16 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wu, K. / Dulchavsky, M. / Stull, F. / Bardwell, J.C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15GM139069 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The enzyme pseudooxynicotine amine oxidase from Pseudomonas putida S16 is not an oxidase, but a dehydrogenase.
著者: Choudhary, V. / Wu, K. / Zhang, Z. / Dulchavsky, M. / Barkman, T. / Bardwell, J.C.A. / Stull, F.
履歴
登録2022年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: C-type cytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1482
ポリマ－11,5301
非ポリマー6191
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.730, 30.170, 49.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
111-367-

HOH

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要素

#1: タンパク質 C-type cytochrome / NdaB


分子量: 11529.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida S16 (バクテリア)
遺伝子: ndaB, A3L25_023850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3ELC2
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.84 Å / Num. obs: 8051 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14.68 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 527 / CC1/2: 0.963

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1crc

1crc


解像度: 1.9→41.84 Å / SU ML: 0.1281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 19.076
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1747 392 4.87 %
Rwork0.1514 7658 -
obs0.1526 8050 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数760 0 43 68 871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0104828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13411135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0574119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0101142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7302127
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.17151170.13672521X-RAY DIFFRACTION99.92
2.18-2.740.20331400.15782549X-RAY DIFFRACTION99.96
2.74-2.80.16021350.15362588X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.80658477193-1.63523807364-1.84351324915.352084329921.23162599273.336734721890.01933954720610.21982126859-0.605707666652-0.28778872840.0474831063375-0.8471505653470.3791189043940.8204951924690.1238993239180.1733421060820.1049644234370.005411941678710.365670233387-0.03469036078060.34190177045820.70820.97312.337
21.5319642791-0.1705503261050.1624940712892.97643967516-0.9502001713021.331027884420.01875987828780.0125217329089-0.169344293566-0.08568989764130.02172692885090.05880863080990.3009583117940.0815218627649-0.02056272300990.108139621930.00566152729674-0.004068860857480.0623879847065-0.0110935262770.08295680469225.55622.0338.307
33.158946369071.344202813650.9873396266764.47282697820.1710821076955.892864972760.106430782677-0.1630794404270.3627259216180.1521237310340.03665637158770.690963589182-0.246408325882-0.498011956933-0.02897345009940.05857305921570.003774281872610.03503301483790.1107641899110.002402195558110.149113673697-1.96930.9599.622
44.33778280676-0.6254629273181.872683920013.51453116942-0.665090327383.614514076780.07841829275680.06449762207040.208432234189-0.16035308337-0.0729338132172-0.312011088407-0.2792341326050.4502034710460.001395679993390.071090954024-0.02045271331880.04222184948840.130693131543-0.006438920710450.13871840369411.31534.7554.971
52.45573238001-0.3845932421260.6046578895255.14625468423-1.10605855853.422155012440.014078705095-0.4332820910040.4996939232480.2155997392510.0414635656077-0.264476886669-0.4069415384410.393947323599-0.001386591821720.152465093899-0.03227100986720.01960338123740.171578907907-0.0684916631210.15273012548610.87135.73615.342
63.136761864120.636320753898-1.109325864596.8506694830.3364683802762.1222383130.3179182627620.4335767973390.0629518708852-0.345680182707-0.4209794146-0.2926827058570.05267410717380.3953583569690.04112508312340.1898837639160.06581992262970.1025989058690.481820563149-0.02366890523430.28204809470122.07226.7488.725
70.576222188593-1.56193183224-0.7645358233224.265168353232.406946947564.500334573890.1193354263940.530861855073-0.42905113725-0.402931686582-0.04461934353580.07029036177450.278278878510.0753273139596-0.1200399916490.4133343350950.207111616899-0.09176133322330.945227971523-0.222971838530.352606507516.67920.4071.59
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN 1 AND RESID 3:15 )13 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN 1 AND RESID 16:45 )116 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN 1 AND RESID 46:55 )146 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN 1 AND RESID 56:71 )156 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN 1 AND RESID 72:89 )172 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN 1 AND RESID 90:99 )190 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN 1 AND RESID 100:104 )1100 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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