PDB-7tlw: Murine Meteorin-like C-terminal NTR domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tlw

タイトル

Murine Meteorin-like C-terminal NTR domain

要素

Meteorin-like protein

キーワード

HORMONE / meteorin-like / NTR / neurotrophic factor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to muscle activity / fat cell differentiation / energy homeostasis / brown fat cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to cold / hormone activity / negative regulation of inflammatory response / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Quan, C. / Arndt, J.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification and structure determination of stable domains of meteorin and meteorin-like
著者: Quan, C. / Arndt, J.W. / Gong, B.J. / Dolnikova, J. / Pepinsky, R.B.

履歴

登録	2022年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tlw.cif.gz	88.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tlw.ent.gz	67.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tlw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tlw_validation.pdf.gz	420.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tlw_full_validation.pdf.gz	421 KB	表示
XML形式データ	7tlw_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	7tlw_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/7tlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/7tlw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tl6C 7tlhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Meteorin-like protein

ヘテロ分子

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.999, 80.162, 51.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- IOD
2	1	A-448- HOH

#1: タンパク質	Meteorin-like protein / Subfatin 分子量: 15810.069 Da / 分子数: 1 / 変異: NTR domain (UNP residues 172-311) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Metrnl 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: Q8VE43
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0, 1.5 M ammonium chloride, 25 mM ethylenediamine dihydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→51.6 Å / Num. obs: 13370 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 1902 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC		データ削減
SCALA		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→9.99 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	661	5 %
R_work	0.1839	12552	-
obs	0.185	13213	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.36 Å² / B_iso mean: 32.8703 Å² / B_iso min: 12.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→9.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	977	0	3	89	1069
B_iso mean	-	-	41.54	41.48	-
残基数	-	-	-	-	124

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.88	0.247	130	0.2078	2463	2593	100
1.88-2.07	0.2272	130	0.208	2474	2604	98
2.07-2.36	0.2258	130	0.1827	2469	2599	99
2.36-2.97	0.2118	133	0.1932	2529	2662	100
2.97-9.99	0.1877	138	0.1711	2617	2755	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3145	-1.028	0.9736	0.7549	-1.1303	1.9004	-0.0911	-0.2621	-0.3498	0.0515	0.1069	0.2523	0.3094	-0.3512	0.0357	0.1808	0.004	-0.0106	0.1724	0.0044	0.2038	13.5718	20.9338	24.5337
2	2.2492	-0.8264	-0.0436	5.0166	-0.1554	0.9192	-0.0692	-0.11	-0.1609	0.0522	-0.0051	-0.3007	0.0723	-0.0008	0.0896	0.1274	0.0174	-0.0114	0.1511	-0.0152	0.152	30.5749	14.1505	23.955
3	5.0323	0.9937	-1.3516	4.6739	1.2375	5.9148	0.6948	0.4156	1.2606	-0.2853	0.2381	0.2452	-0.9442	-0.1376	-0.669	0.1992	0.0523	0.0039	0.2269	-0.0231	0.3264	25.9553	29.9128	24.3776
4	8.0846	1.567	-1.4145	6.0917	-1.2205	8.5121	-0.1129	-0.2537	0.5459	-0.1003	0.0855	-0.6583	-0.5843	0.5554	-0.0365	0.2351	-0.003	-0.044	0.3629	-0.0922	0.3296	34.9042	26.4734	28.0604
5	2.5727	1.6954	-0.4071	2.8679	0.5645	4.1935	-0.1931	-0.2782	0.1684	-0.1862	0.033	0.8246	0.3288	-0.2524	0.1186	0.1965	0.0477	-0.052	0.2914	-0.0341	0.2684	27.79	13.0288	24.7047
6	0.612	0.4213	0.5996	1.7059	-0.874	1.5338	-0.2424	-0.2355	-0.1128	-0.2733	-0.0129	-0.1141	0.733	0.3842	0.2131	0.2238	0.0559	0.0189	0.1809	0.0262	0.1707	24.1875	18.6577	22.5061
7	3.2232	0.4866	2.8613	2.4052	-1.5837	5.1234	0.2092	-0.1418	-0.3046	-0.1012	-0.0798	-0.1703	0.9383	0.636	-0.0129	0.1696	0.0538	0.0148	0.1879	0.0197	0.1464	23.1437	16.9973	27.7381
8	4.6374	-5.5007	-2.9698	6.855	2.7928	3.4542	0.5743	0.8772	0.4271	-0.6676	-0.4235	0.0004	-0.4624	-0.3343	-0.0792	0.2079	0.0267	-0.0074	0.2715	0.035	0.1786	13.2773	28.549	14.1877
9	2.6764	-3.0058	-0.6053	4.1199	1.707	1.5902	0.2702	0.3777	1.2907	-0.3033	-0.0929	-0.5512	-0.459	0.1404	0.0307	0.2819	0.0102	0.0419	0.347	0.0578	0.3452	14.9645	32.7662	21.3806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 143 through 159 )	A	143 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 160 through 184 )	A	160 - 184
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 185 through 189 )	A	185 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 190 through 204 )	A	190 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 205 through 218 )	A	205 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 219 through 231 )	A	219 - 231
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 232 through 242 )	A	232 - 242
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 243 through 256 )	A	243 - 256
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 257 through 266 )	A	257 - 266

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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