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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tlo | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of substrate free cytochrome P450 CYP142A3 from Mycobacterium Marinum | ||||||
![]() | Cytochrome P450 142A3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / substrate free | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ghith, A. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Structures of the Steroid Binding CYP142 Cytochrome P450 Enzymes from Mycobacterium ulcerans and Mycobacterium marinum. 著者: Ghith, A. / Doherty, D.Z. / Bruning, J.B. / Russell, R.A. / De Voss, J.J. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 192.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7sh5C ![]() 7smzC ![]() 2xkrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45451.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-535 / 遺伝子: cyp142, MMRN_53720 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Sodium Cacodylate Trihdyrate pH 6.5, 0.2M Sodium Acetate Trihdrate, 30% w/v Polyethylene glycol 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→46.17 Å / Num. obs: 110811 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 777196 / Scaling rejects: 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2XKR 解像度: 1.55→36.31 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.13 Å2 / Biso mean: 26.5953 Å2 / Biso min: 11.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→36.31 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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