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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tl8 | ||||||
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タイトル | 1.95A resolution structure of independent phosphoglycerate mutase from S. aureus in complex with a macrocyclic peptide inhibitor (Sa-D3) | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE/Inhibitor / phosphoglycerate mutase / ipglycermide / macrocyclic peptide inhibitors / metal ion binding / ISOMERASE / ISOMERASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-independent) / 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase activity / glucose catabolic process / glycolytic process / manganese ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Dranchak, P. / Queme, B. / Aitha, M. / van Neer, R.H.P. / Kimura, H. / Katho, T. / Suga, H. / Inglese, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Serum-Stable and Selective Backbone-N-Methylated Cyclic Peptides That Inhibit Prokaryotic Glycolytic Mutases. 著者: van Neer, R.H.P. / Dranchak, P.K. / Liu, L. / Aitha, M. / Queme, B. / Kimura, H. / Katoh, T. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Inglese, J. / Suga, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7tl7C ![]() 4my4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57316.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pgm_1, gpmI, pgm_2 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: W8U5L7, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-independent) | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1809.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002492 | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % / Mosaicity: 0.19 ° |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-Tris, 200 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→46.11 Å / Num. obs: 36494 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.93 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 123194 / Scaling rejects: 15 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4MY4 解像度: 1.95→46.11 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 26.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.96 Å2 / Biso mean: 36.4182 Å2 / Biso min: 12.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→46.11 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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