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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tl7 | ||||||
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タイトル | 1.90A resolution structure of independent phosphoglycerate mutase from C. elegans in complex with a macrocyclic peptide inhibitor (Sa-D2) | ||||||
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![]() | ISOMERASE/Inhibitor / phosphoglycerate mutase / ipglycermide / macrocyclic peptide inhibitors / metal ion binding / ISOMERASE / ISOMERASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-independent) / 2,3-bisphosphoglycerate-independent phosphoglycerate mutase activity / glucose catabolic process / glycolytic process / manganese ion binding / carbohydrate metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Dranchak, P. / Queme, B. / Aitha, M. / van Neer, R.H.P. / Kimura, H. / Katho, T. / Suga, H. / Inglese, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Serum-Stable and Selective Backbone-N-Methylated Cyclic Peptides That Inhibit Prokaryotic Glycolytic Mutases. 著者: van Neer, R.H.P. / Dranchak, P.K. / Liu, L. / Aitha, M. / Queme, B. / Kimura, H. / Katoh, T. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Inglese, J. / Suga, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 439.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 354.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 80.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 116.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7tl8C ![]() 5kgnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDabcd
#1: タンパク質 | 分子量: 58704.508 Da / 分子数: 4 / 断片: M19 to I539 (isoform b) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ipgm-1, F57B10.3 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: G5EFZ1, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-independent) #2: タンパク質・ペプチド | タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1863.163 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS IS A SYNTHETICALLY PREPARED PEPTIDE INHIBITOR. D-TYROSINE CONNECTED TO THE SG ATOM OF CYS 10 BY A THIOETHER LINKAGE TO FORM THE MACROCYCLIC PEPTIDE 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002491 |
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-非ポリマー , 4種, 1035分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MORPHEUS Screen Condition H4: 37.5% (w/v) of precipitant mix 4: (25% (v/v) MPD: 25% (w/v) PEG 1000: 25% (w/v) PEG 3350), 100 mM of MB1: (1.0 M imidazole, MES), 100 mM of MAA: (0.2 M DL- ...詳細: MORPHEUS Screen Condition H4: 37.5% (w/v) of precipitant mix 4: (25% (v/v) MPD: 25% (w/v) PEG 1000: 25% (w/v) PEG 3350), 100 mM of MB1: (1.0 M imidazole, MES), 100 mM of MAA: (0.2 M DL-Glutamic acid monohydrate: 0.2 M DL-Alanine: 0.2M Glycine: 0.2 M DL-Lysine monohydrochloride: 0.2 M DL-Serine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→48.12 Å / Num. obs: 158753 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 547906 / Scaling rejects: 50 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5KGN 解像度: 1.9→39.84 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 148.26 Å2 / Biso mean: 29.8176 Å2 / Biso min: 12.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→39.84 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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