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- PDB-7tkv: Crystal Structure of the Thioredox_DsbH Domain-Containing Unchara... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tkv
タイトルCrystal Structure of the Thioredox_DsbH Domain-Containing Uncharacterized Protein Bab1_2064 from Brucella abortus
要素Thioredox_DsbH domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / TRX domain / protein of unkown function / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF255 / Spermatogenesis-associated protein 20 / Protein of unknown function, DUF255 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DUF255 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kim, Y. / Crawford, M. / Endres, M. / Babnigg, G. / Crosson, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Thioredox_DsbH Domain-Containing Uncharacterized Protein Bab1_2064 from Brucella abortus
著者: Kim, Y. / Crawford, M. / Endres, M. / Babnigg, G. / Crosson, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredox_DsbH domain-containing protein
B: Thioredox_DsbH domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,56012
ポリマ－150,6792
非ポリマー88210
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area47010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.201, 94.201, 327.726
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Thioredox_DsbH domain-containing protein


分子量: 75339.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: BAB1_2064 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q2YR10
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1.0 M sodium-potassium phosphate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 35972 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 62.43 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.181 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 1622 / CC1/2: 0.402 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXDE位相決定
MLPHARE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→47.25 Å / SU ML: 0.3541 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.3655
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 1753 4.9 %
Rwork0.2248 34038 -
obs0.2266 35791 94.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9921 0 49 31 10001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001910264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45313946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03611462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.30153708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.37321160.33382247X-RAY DIFFRACTION83.47
2.87-2.960.30621360.31292443X-RAY DIFFRACTION90.24
2.96-3.050.29471300.30022565X-RAY DIFFRACTION95.36
3.05-3.160.33761400.29912637X-RAY DIFFRACTION97.34
3.16-3.290.3641350.29472617X-RAY DIFFRACTION97.62
3.29-3.440.2921320.25352669X-RAY DIFFRACTION97.49
3.44-3.620.27251380.2322646X-RAY DIFFRACTION97.34
3.62-3.840.25711320.22162655X-RAY DIFFRACTION97.11
3.84-4.140.27711430.21552664X-RAY DIFFRACTION96.83
4.14-4.560.22131280.18292667X-RAY DIFFRACTION96.51
4.56-5.210.22041450.18892682X-RAY DIFFRACTION96.19
5.21-6.570.24921530.22432686X-RAY DIFFRACTION95.43
6.57-47.250.22121250.192860X-RAY DIFFRACTION93.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.69837471114-1.1428029098-0.6983950197865.132940274191.494971664162.675906355240.3050874793590.4226586331470.309539448702-0.7818977717590.0151442522911-0.660108064227-0.4803708846070.234313876121-0.2962978537150.55682504986-0.04326949773390.1351878830310.807462201423-0.09391632029780.51262543355953.331195676921.1900994325123.702977556
22.032413602070.097454159643-0.2587186746421.876456957361.179608460412.110436071030.1125388291220.1121579116150.231884127371-0.204849509615-0.2227922943050.359946331505-0.313829857911-0.1960971187150.1716043350970.4105899910280.0371359988892-0.09713259561230.359936051563-0.03140443844250.36204272882522.844702739820.3346423408123.788537764
31.36751508019-0.243928053334-0.7715655231531.665807330891.356016303443.31619929585-0.02452443259360.250264833254-0.271787049204-0.089334577543-0.09939573085560.2137361804690.2570388240220.007072243269120.04046403365180.3137622194580.0644419799156-0.06334847869410.356777052082-0.06398703113130.38230649675528.23522131237.11304604023126.512424058
43.150221172690.362312157535-1.132984377661.55352008392-0.1012854382182.68867645656-0.2140208701990.0865195452656-0.5073096968420.136111380222-0.0453302670010.2532714872550.458380534913-0.2399214654010.2182535612690.4056810093010.006482026217790.04135847507530.383899209325-0.1317987999290.584877089879.2512207890711.9569902902143.996430658
53.81087657097-2.007201049930.104847471934.31974809893-1.122514815035.432197553270.10659755345-0.06584498903730.8338089000020.160308572741-0.08783690084091.82403400138-1.34059303348-0.6095651914-0.05202654073160.8866628966410.1385329669410.005060641997460.647437538296-0.1510709664111.28961218865-9.0532154077158.3834129333158.123277463
62.518270289090.0462168669702-0.03261551395531.586847256720.5104354691441.28241613216-0.00709042509410.1659933046180.1825630830210.0166893605866-0.2783980496380.751376733521-0.0279126219813-0.3997441706450.2428044950140.3792923060830.0274324479929-0.002723329940260.5583252836-0.2490944678190.735410841565-15.017943624332.4687898763155.627477318
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 151 )AA3 - 1511 - 142
22chain 'A' and (resid 152 through 307 )AA152 - 307143 - 298
33chain 'A' and (resid 308 through 551 )AA308 - 551299 - 542
44chain 'A' and (resid 552 through 665 )AA552 - 665543 - 642
55chain 'B' and (resid 3 through 118 )BD3 - 1181 - 116
66chain 'B' and (resid 119 through 622 )BD119 - 622117 - 612

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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