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万見
- PDB-7tjq: SAN27-14 bound to a antigenic site V on prefusion-stabilized hMPV F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tjq
タイトルSAN27-14 bound to a antigenic site V on prefusion-stabilized hMPV F
要素
  • (SAN27-14 Fab ...) x 2
  • Fusion glycoprotein F0
  • MPE8 Fab heavy chain
  • MPE8 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / neutralizing antibodies / prefusion-specific antibodies / antigenic site V / hMPV F / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human metapneumovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Hsieh, C.-L. / McLellan, J.S. / Rush, S.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch FoundationF-0003-19620604 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Characterization of prefusion-F-specific antibodies elicited by natural infection with human metapneumovirus.
著者: Scott A Rush / Gurpreet Brar / Ching-Lin Hsieh / Emilie Chautard / Jennifer N Rainho-Tomko / Chris D Slade / Christine A Bricault / Ana Kume / James Kearns / Rachel Groppo / Sophia T Mundle / ...著者: Scott A Rush / Gurpreet Brar / Ching-Lin Hsieh / Emilie Chautard / Jennifer N Rainho-Tomko / Chris D Slade / Christine A Bricault / Ana Kume / James Kearns / Rachel Groppo / Sophia T Mundle / Linong Zhang / Danilo Casimiro / Tong-Ming Fu / Joshua M DiNapoli / Jason S McLellan /
要旨: Human metapneumovirus (hMPV) is a major cause of acute respiratory infections in infants and older adults, for which no vaccines or therapeutics are available. The viral fusion (F) glycoprotein is ...Human metapneumovirus (hMPV) is a major cause of acute respiratory infections in infants and older adults, for which no vaccines or therapeutics are available. The viral fusion (F) glycoprotein is required for entry and is the primary target of neutralizing antibodies; however, little is known about the humoral immune response generated from natural infection. Here, using prefusion-stabilized F proteins to interrogate memory B cells from two older adults, we obtain over 700 paired non-IgM antibody sequences representing 563 clonotypes, indicative of a highly polyclonal response. Characterization of 136 monoclonal antibodies reveals broad recognition of the protein surface, with potently neutralizing antibodies targeting each antigenic site. Cryo-EM studies further reveal two non-canonical sites and the molecular basis for recognition of the apex of hMPV F by two prefusion-specific neutralizing antibodies. Collectively, these results provide insight into the humoral response to hMPV infection in older adults and will help guide vaccine development.
履歴
登録2022年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAN27-14 Fab heavy chain
B: SAN27-14 Fab light chain
C: Fusion glycoprotein F0
D: SAN27-14 Fab heavy chain
E: SAN27-14 Fab light chain
F: Fusion glycoprotein F0
G: Fusion glycoprotein F0
H: SAN27-14 Fab heavy chain
I: MPE8 Fab heavy chain
J: MPE8 Fab heavy chain
K: MPE8 Fab light chain
L: SAN27-14 Fab light chain
M: MPE8 Fab light chain
N: MPE8 Fab heavy chain
O: MPE8 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,42221
ポリマ－400,87615
非ポリマー2,5466
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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抗体 , 4種, 12分子 ADHBELIJNKMO

#1: 抗体 SAN27-14 Fab heavy chain


分子量: 13867.521 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 SAN27-14 Fab light chain


分子量: 12546.019 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 MPE8 Fab heavy chain


分子量: 24201.002 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 MPE8 Fab light chain


分子量: 22556.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 CFG

#3: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F1 / Fusion glycoprotein F2


分子量: 60453.852 Da / 分子数: 3
Mutation: Q100R, S101R, L110C, T127C, A140C, N153C, A147C, A185P, L219K, V231I, G294E, N322C, T365C, E453Q, V463C
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: H6X1Z0
#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of hMPV F with MPE8 Fab and SAN27-14 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Human metapneumovirus (ウイルス)162145
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
詳細: 2 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.02% NaN3, 0.07% amphipol
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Collected on tilt, CF-1.2-1.3 grids with 0.5 mg/mL DSCavEs2 (2 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.02% NaN3, 0.07% amphipol) and 2x fold molar excess MPE8 and 1.5x fold molar excess SAN27-14 ...詳細: Collected on tilt, CF-1.2-1.3 grids with 0.5 mg/mL DSCavEs2 (2 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.02% NaN3, 0.07% amphipol) and 2x fold molar excess MPE8 and 1.5x fold molar excess SAN27-14 spiked in ~10 minutes before freezing. 3 u of sample was deposited and the grid was plunge frozen using a Vitrobot Mark IV using 4 seconds blot time and -2 force at 100% humidity and 10 C
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3492

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 93710 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 36.81 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00421007
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.76628501
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.3437573
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0493270
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0083645

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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