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- PDB-7tjd: Bacteriophage Q beta capsid protein in T1 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tjd
タイトルBacteriophage Q beta capsid protein in T1 symmetry
要素Minor capsid protein A1
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / bacteriophage Q beta capsid / T1 symmetry
機能・相同性Read-through domain / Read-through domain / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / viral capsid / structural molecule activity / Minor capsid protein A1
機能・相同性情報
生物種Escherichia virus Qbeta (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jin, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Alternative Assembly of Q beta Virus-like Particles
著者: Shaw, V. / Sungsuwan, S. / McFall-Boegeman, H. / Huang, X. / Jin, X.
#1: ジャーナル: ACS Chemical Biology / 年: 2022
タイトル: Structure Guided Design of Bacteriophage Q beta Mutants as Next Generation Carriers for Conjugate Vaccines
著者: Sungsuwan, S. / Wu, X. / Shaw, V. / McFall-Boegeman, H. / Rashidijahanabad, Z. / Tan, Z. / Lang, S. / Tahmasebi Nick, S. / Lin, P. / Yin, Z. / Ramadan, S. / Jin, X. / Huang, X.
履歴
登録2022年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor capsid protein A1
B: Minor capsid protein A1
C: Minor capsid protein A1
D: Minor capsid protein A1
E: Minor capsid protein A1
F: Minor capsid protein A1
G: Minor capsid protein A1
H: Minor capsid protein A1
I: Minor capsid protein A1
J: Minor capsid protein A1
K: Minor capsid protein A1
L: Minor capsid protein A1
M: Minor capsid protein A1
N: Minor capsid protein A1
O: Minor capsid protein A1
P: Minor capsid protein A1
Q: Minor capsid protein A1
R: Minor capsid protein A1
S: Minor capsid protein A1
T: Minor capsid protein A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,73720
ポリマ－282,73720
非ポリマー00
水00
1
A: Minor capsid protein A1
B: Minor capsid protein A1
C: Minor capsid protein A1
D: Minor capsid protein A1
E: Minor capsid protein A1
F: Minor capsid protein A1
G: Minor capsid protein A1
H: Minor capsid protein A1
I: Minor capsid protein A1
J: Minor capsid protein A1
K: Minor capsid protein A1
L: Minor capsid protein A1
M: Minor capsid protein A1
N: Minor capsid protein A1
O: Minor capsid protein A1
P: Minor capsid protein A1
Q: Minor capsid protein A1
R: Minor capsid protein A1
S: Minor capsid protein A1
T: Minor capsid protein A1

A: Minor capsid protein A1
B: Minor capsid protein A1
C: Minor capsid protein A1
D: Minor capsid protein A1
E: Minor capsid protein A1
F: Minor capsid protein A1
G: Minor capsid protein A1
H: Minor capsid protein A1
I: Minor capsid protein A1
J: Minor capsid protein A1
K: Minor capsid protein A1
L: Minor capsid protein A1
M: Minor capsid protein A1
N: Minor capsid protein A1
O: Minor capsid protein A1
P: Minor capsid protein A1
Q: Minor capsid protein A1
R: Minor capsid protein A1
S: Minor capsid protein A1
T: Minor capsid protein A1

A: Minor capsid protein A1
B: Minor capsid protein A1
C: Minor capsid protein A1
D: Minor capsid protein A1
E: Minor capsid protein A1
F: Minor capsid protein A1
G: Minor capsid protein A1
H: Minor capsid protein A1
I: Minor capsid protein A1
J: Minor capsid protein A1
K: Minor capsid protein A1
L: Minor capsid protein A1
M: Minor capsid protein A1
N: Minor capsid protein A1
O: Minor capsid protein A1
P: Minor capsid protein A1
Q: Minor capsid protein A1
R: Minor capsid protein A1
S: Minor capsid protein A1
T: Minor capsid protein A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)848,21260
ポリマ－848,21260
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area298410 Å2
ΔGint-1995 kcal/mol
Surface area306710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)271.926, 271.926, 166.564
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F
71chain G
81chain H
91chain I
101chain J
111chain K
121chain L
131chain M
141chain N
151chain O
161chain P
171chain Q
181chain R
191chain S
201chain T

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 1 - 132 / Label seq-ID: 1 - 132

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
5chain EEE
6chain FFF
7chain GGG
8chain HHH
9chain III
10chain JJJ
11chain KKK
12chain LLL
13chain MMM
14chain NNN
15chain OOO
16chain PPP
17chain QQQ
18chain RRR
19chain SSS
20chain TTT

-
要素

#1: タンパク質
Minor capsid protein A1 / A1 read-through protein


分子量: 14136.874 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia virus Qbeta (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LTE1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 3350, cobalt chloride, Tris / PH範囲: 8-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→48.1 Å / Num. obs: 57858 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.623 Å / Num. unique obs: 5795 / CC1/2: 0.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qbe

1qbe


解像度: 3.5→48.07 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 2903 5.02 %
Rwork0.1984 54913 -
obs0.2011 57816 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.83 Å2 / Biso mean: 82.9872 Å2 / Biso min: 36.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→48.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19860 0 0 0 19860
残基数----2640
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
12B7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
13C7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
14D7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
15E7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
16F7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
17G7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
18H7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
19I7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
110J7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
111K7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
112L7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
113M7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
114N7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
115O7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
116P7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
117Q7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
118R7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
119S7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
120T7820X-RAY DIFFRACTION2.274TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.560.2819910.28912615270699
3.56-3.620.36071240.30092602272699
3.62-3.680.40111170.277226032720100
3.68-3.750.27151460.260526652811100
3.75-3.830.37221510.267425652716100
3.83-3.910.25791680.247525212689100
3.91-40.27751800.252126842864100
4-4.10.31491280.233726152743100
4.11-4.220.35561320.211126272759100
4.22-4.340.24371420.190226132755100
4.34-4.480.20921780.181626262804100
4.48-4.640.20141080.16126092717100
4.64-4.820.24711040.157226672771100
4.83-5.040.24481400.175626842824100
5.05-5.310.25341280.171125812709100
5.31-5.640.17091480.17725792727100
5.64-6.080.22631560.188726082764100
6.08-6.680.29681000.214526552755100
6.69-7.650.31161560.198226102766100
7.66-9.620.16061560.145726092765100
9.64-48.070.22911500.16662575272598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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