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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tjc | |||||||||
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タイトル | VHH Chl-B2 in complex with Chloramphenicol | |||||||||
要素 | VHH-Chl-B2 | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Antibiotic-binding protein / nanobody / VHH | |||||||||
機能・相同性 | CHLORAMPHENICOL 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vicugna pacos (アルパカ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Nordeen, S.A. / Schwartz, T.U. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022 タイトル: Structure and specificity of an anti-chloramphenicol single domain antibody for detection of amphenicol residues. 著者: Swofford, C.A. / Nordeen, S.A. / Chen, L. / Desai, M.M. / Chen, J. / Springs, S.L. / Schwartz, T.U. / Sinskey, A.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tjc.cif.gz | 117.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tjc.ent.gz | 89.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tjc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tjc_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tjc_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7tjc_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tjc_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/7tjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/7tjc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bzqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 15035.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LOBSTR- #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: rod-shaped |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 100 mM sodium acetate, 1 M di-ammonium hydrogen phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→54.15 Å / Num. obs: 59730 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 15.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 2.4 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 10.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6000 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.398 / % possible all: 98.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BZQ 解像度: 1.35→54.15 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.73 Å2 / Biso mean: 21.71 Å2 / Biso min: 9.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→54.15 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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