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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ti7 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase from Acinetobacter baumannii AB5075-UW in complex with ADP | ||||||
要素 | UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / SSGCID / MurD / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / 細胞周期 / 細胞分裂 / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase from Acinetobacter baumannii AB5075-UW in complex with ADP 著者: Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ti7.cif.gz | 239.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ti7.ent.gz | 155 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ti7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7ti7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7ti7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7sirS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 49059.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: AB5075-UW 遺伝子: murD, Aba9201_12330, ABUW_3630, APC21_11165, C6N18_02095, EA686_02860, EGM95_19310, F2P40_16560, GNY86_17350, NCTC13421_03598, SI89_12870 プラスミド: AcbaC.17938.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0B9W6J3, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase |
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-非ポリマー , 6種, 552分子
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | ChemComp-CA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen condition a6: 10% (w/V) PEG 8000, 20% (V/V) ethylene gycol: 30mM magnesium chloride and calcium chloride: 100mM MOPS / HEPES pH 7.5: AcbaC.17938.a.B1. ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen condition a6: 10% (w/V) PEG 8000, 20% (V/V) ethylene gycol: 30mM magnesium chloride and calcium chloride: 100mM MOPS / HEPES pH 7.5: AcbaC.17938.a.B1.PS02380: tray 323738a6: cryo: direct: puck: loi2-1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月9日 / 詳細: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 86055 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.094 % / Biso Wilson estimate: 27.158 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 19.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: apo structure, pdb entry 7SIR 解像度: 1.5→45.91 Å / SU ML: 0.1468 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.388 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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