[日本語] English
万見
- PDB-7ti6: Crystal structure of the wild-type least mutated common ancestor ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ti6
タイトルCrystal structure of the wild-type least mutated common ancestor (LMCA) of the HIV-targeting PCT64 antibody lineage
要素
  • PCT64_LMCA Fab heavy chain
  • PCT64_LMCA light chain (wild type)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Broadly Neutralizing / HIV-1 / V2 Apex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Omorodion, O. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP119635 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Human immunoglobulin repertoire analysis guides design of vaccine priming immunogens targeting HIV V2-apex broadly neutralizing antibody precursors.
著者: Jordan R Willis / Zachary T Berndsen / Krystal M Ma / Jon M Steichen / Torben Schiffner / Elise Landais / Alessia Liguori / Oleksandr Kalyuzhniy / Joel D Allen / Sabyasachi Baboo / ...著者: Jordan R Willis / Zachary T Berndsen / Krystal M Ma / Jon M Steichen / Torben Schiffner / Elise Landais / Alessia Liguori / Oleksandr Kalyuzhniy / Joel D Allen / Sabyasachi Baboo / Oluwarotimi Omorodion / Jolene K Diedrich / Xiaozhen Hu / Erik Georgeson / Nicole Phelps / Saman Eskandarzadeh / Bettina Groschel / Michael Kubitz / Yumiko Adachi / Tina-Marie Mullin / Nushin B Alavi / Samantha Falcone / Sunny Himansu / Andrea Carfi / Ian A Wilson / John R Yates / James C Paulson / Max Crispin / Andrew B Ward / William R Schief /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to the HIV envelope (Env) V2-apex region are important leads for HIV vaccine design. Most V2-apex bnAbs engage Env with an uncommonly long heavy-chain ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to the HIV envelope (Env) V2-apex region are important leads for HIV vaccine design. Most V2-apex bnAbs engage Env with an uncommonly long heavy-chain complementarity-determining region 3 (HCDR3), suggesting that the rarity of bnAb precursors poses a challenge for vaccine priming. We created precursor sequence definitions for V2-apex HCDR3-dependent bnAbs and searched for related precursors in human antibody heavy-chain ultradeep sequencing data from 14 HIV-unexposed donors. We found potential precursors in a majority of donors for only two long-HCDR3 V2-apex bnAbs, PCT64 and PG9, identifying these bnAbs as priority vaccine targets. We then engineered ApexGT Env trimers that bound inferred germlines for PCT64 and PG9 and had higher affinities for bnAbs, determined cryo-EM structures of ApexGT trimers complexed with inferred-germline and bnAb forms of PCT64 and PG9, and developed an mRNA-encoded cell-surface ApexGT trimer. These methods and immunogens have promise to assist HIV vaccine development.
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: PCT64_LMCA Fab heavy chain
L: PCT64_LMCA light chain (wild type)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3473
ポリマ－49,1092
非ポリマー2381
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.083, 64.317, 76.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.182, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: 抗体 PCT64_LMCA Fab heavy chain


分子量: 25605.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PCT64_LMCA light chain (wild type)


分子量: 23503.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residues "VH" originate from the signal peptide
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細This Fab was isolated as part of an antibody lineage from an HIV-infected human donor. Within said ...This Fab was isolated as part of an antibody lineage from an HIV-infected human donor. Within said lineage, its sequence is closest to the antibody germline; it is the least mutated member of the family.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 6.5), 12% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 15988 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 47.19 Å2 / CC1/2: 0.83 / Rpim(I) all: 0.11 / Rsym value: 0.25 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.64→2.69 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 811 / CC1/2: 0.34 / Rpim(I) all: 0.87 / Rsym value: 1.91 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-20002.3.10データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CA7

6ca7


解像度: 2.64→48.97 Å / SU ML: 0.4915 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.9551
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 769 4.81 %
Rwork0.2287 15205 -
obs0.2299 15974 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→48.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3392 0 15 21 3428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58914741
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.64131246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.64-2.840.41341560.34353009X-RAY DIFFRACTION99.62
2.84-3.130.35731600.32453008X-RAY DIFFRACTION99.94
3.13-3.580.31741290.26063060X-RAY DIFFRACTION99.97
3.58-4.510.21681530.20033037X-RAY DIFFRACTION99.87
4.51-48.970.18511710.17313091X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.33505687668-0.533776522736-1.156282338521.92091377168-1.923345207068.19079036293-0.036493932303-0.3587460739680.10564030659-0.2128662932370.181066437041-0.3806191718410.376569715543-0.0156127043422-0.203259585790.324604624458-0.04339972894060.03680379696730.2300355314920.0195933997420.57484004523351.241-3.50928.074
29.09829169097-1.732749908586.034423395764.409676433370.4802863927648.025095730970.00867683374393-2.673095386090.05150948919331.352147889440.768517273821-0.410827624432-1.00209901994-1.64427186804-0.3524949799090.656710919090.03851364712740.03129612438230.879158691443-0.07222912687670.84119849376147.4321.1642.104
34.27695124855-1.54671920448-0.9830584482696.73195600916-0.5526104691984.35750882885-0.0119135402965-0.4195660391510.228864113908-0.4656237722880.02861037551520.352618438-0.436229220918-0.3226503355860.02225610561510.442536161817-0.0188661446209-0.02324009340540.287814949784-0.006667565096680.4247564884230.14519.3047.633
43.348992439580.179680843589-0.3945682900071.7881062269-1.043152433572.333361372880.206621670151-0.4983187908990.2712902264260.6184543873411.09943491014-0.3751421864521.58518196824-2.88742447895-0.4658774143870.249120661719-0.4662382924410.176292655381.995254098580.7372902726070.29146069296930.633-8.00736.215
52.52225269452-1.351025199153.121809153752.965427523530.2426666215850.700546562795-0.245502166643-1.44989322993-0.3251604880920.1241087713230.3428541287850.08669756579210.245142218364-1.02982427817-0.03231194647180.188284093292-0.03598013353260.1506840173181.147153379950.2972296145210.49541544109926.2333.23121.752
66.332710385060.715467467697-1.943609199961.845409504480.07336301525146.82123113054-0.0273546965839-0.911799195856-0.24977863785-0.1413456140450.153161052860.08855543203640.0964709409008-0.0118457997084-0.1143279378410.3408026996860.042463695072-0.001608635380560.3288297857890.1281465403960.52648076437418.9526.1215.118
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:100 )H1 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 101:109 )H101 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 110:217 )H110 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID -1:75 )L-1 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 76:128 )L76 - 128
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 129:213 )L129 - 213

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る