PDB-7ti2: Structure of KPC-2 bound to RPX-7063 at 1.75A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ti2

タイトル

Structure of KPC-2 bound to RPX-7063 at 1.75A

要素

Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC

キーワード

HYDROLASE / KPC-2

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Clifton, M.C. / Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Hecker, S.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Broad-spectrum cyclic boronate beta-lactamase inhibitors featuring an intramolecular prodrug for oral bioavailability.
著者: Raja Reddy, K. / Totrov, M. / Lomovskaya, O. / Griffith, D.C. / Tarazi, Z. / Clifton, M.C. / Hecker, S.J.

履歴

登録	2022年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ti2.cif.gz	120 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ti2.ent.gz	90 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ti2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ti2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ti2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7ti2_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	7ti2_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7ti2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7ti2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ti0C 7ti1C 2ov5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC

ヘテロ分子

30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.100, 80.100, 44.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC-1 分子量: 29565.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZXQ / {(3R,7S)-2-hydroxy-3-[2-(thiophen-2-yl)acetamido]-2,3,4,7-tetrahydro-1,2-oxaborepin-7-yl}acetic acid 分子量: 309.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₆BNO₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 26.8 mg/ml KPC-2 R4327, 2M NaCl, 100mM Bicine pH9; co-crystallization

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月6日 / 詳細: Rigaku VariMax

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 28464 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.63 % / B_iso Wilson estimate: 20.677 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 21.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	2.63	0.254	3.61	2080	0.319	97.2
1.8-1.84	2.9	0.237	4.16	2070	0.293	99.9
1.84-1.9	2.97	0.223	4.99	1973	0.273	98
1.9-1.96	2.83	0.205	6.62	1813	0.255	92.3
1.96-2.02	3.28	0.134	7.82	1862	0.161	99.9
2.02-2.09	2.98	0.125	10.65	1724	0.154	94.2
2.09-2.17	3.84	0.097	12.76	1781	0.113	99.7
2.17-2.26	3.96	0.087	16.99	1647	0.102	96.9
2.26-2.36	4.68	0.081	18.38	1656	0.092	98.9
2.36-2.48	5.18	0.067	21.3	1524	0.074	100
2.48-2.61	5.5	0.056	25	1504	0.062	99.9
2.61-2.77	5.66	0.06	27.47	1407	0.066	99.8
2.77-2.96	7.2	0.049	30.7	1335	0.053	100
2.96-3.2	7.43	0.042	36.03	1246	0.045	100
3.2-3.5	7.03	0.038	44.64	1136	0.041	99.9
3.5-3.91	6.49	0.035	51.44	1030	0.038	99.2
3.91-4.52	7.12	0.027	59.38	919	0.03	99.8
4.52-5.53	7.39	0.025	58.54	785	0.027	100
5.53-7.83	7.3	0.029	52.18	613	0.031	100
7.83-50	6.82	0.023	65.18	359	0.025	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev 2050	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2ov5

2ov5

解像度: 1.75→40.05 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1793	1487	5.23 %	0
R_work	0.1572	26944	-	-
obs	0.1584	28431	98.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.24 Å² / B_iso mean: 16.9845 Å² / B_iso min: 6.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→40.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1931	0	29	311	2271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2023
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.007	2756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.238	1191

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.8065	0.1925	152	0.1702	2399	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8065-1.8711	0.1927	162	0.168	2441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8711-1.946	0.2211	114	0.201	2318	X-RAY DIFFRACTION	93
1.946-2.0345	0.187	149	0.1591	2459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0345-2.1418	0.2491	125	0.1836	2349	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1418-2.276	0.1987	127	0.1786	2422	X-RAY DIFFRACTION	97
2.276-2.4517	0.1719	107	0.155	2503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.6984	0.1719	127	0.1487	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6984-3.0887	0.1898	128	0.1628	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0887-3.8909	0.1498	160	0.137	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8909-40	0.1549	136	0.1396	2579	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8852	0.913	0.8087	1.454	0.0702	1.9218	-0.2003	0.112	0.2256	-0.0942	0.1337	-0.3537	0.0124	0.2848	-0.0571	0.0973	0.0301	-0.0212	0.1957	-0.0703	0.2654	39.4328	14.1359	1.6493
2	1.9533	0.2871	-0.4167	0.9877	0.4678	1.6387	0.0354	0.1552	0.0965	-0.0343	-0.0267	-0.1237	-0.0572	-0.0613	-0.0264	0.0758	-0.0075	-0.0033	0.0365	0.0257	0.0992	24.1626	20.9561	2.7034
3	2.3665	-0.5666	-0.6754	1.2091	0.1222	0.7109	-0.0287	-0.0098	-0.1758	0.0528	-0.0721	0.1922	0.0388	-0.0341	0.0988	0.0625	-0.0058	0.0151	0.0753	-0.0156	0.0829	5.45	12.9826	7.6547
4	1.2307	-0.1835	0.1272	1.3184	0.2589	0.8309	-0.0472	-0.018	0.1019	0.0588	0.051	-0.0764	-0.0668	0.0338	0.0172	0.0725	-0.0018	-0.0101	0.0588	0.0008	0.0633	20.8191	19.6912	4.7774
5	1.5121	-0.0957	0.047	1.1618	-0.7456	1.0461	-0.0536	0.0499	-0.0362	0.0496	0.0641	-0.2144	0.1044	0.0978	-0.0465	0.0956	0.0202	-0.0161	0.0938	-0.0233	0.0881	28.5565	11.5307	2.7738
6	3.7065	1.6278	1.2321	2.2678	0.9071	0.7508	0.1637	-0.113	-0.2018	0.2572	-0.006	-0.3578	0.1266	0.0929	-0.1445	0.0874	0.0005	-0.0349	0.1195	-0.0139	0.1786	38.6828	9.3511	8.1743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 31 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 60 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 106 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 204 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 205 through 249 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 250 through 267 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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