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Yorodumi- PDB-7thw: Crystal Structure of the Soluble Domain of the Putative OmpA -Fam... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7thw | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Soluble Domain of the Putative OmpA -Family Membrane Protein YPO0514 from Yersinia pestis | ||||||
Components | Putative OmpA-family membrane protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / OmpA family protein / Type VI secretion system / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Metal binding protein / UNKNOWN FUNCTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Yersinia pestis CO92 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Tesar, C. / Chhor, G. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the Soluble Domain of the Putative OmpA -Family Membrane Protein YPO0514 from Yersinia pestis Authors: Kim, Y. / Tesar, C. / Chhor, G. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7thw.cif.gz | 318.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7thw.ent.gz | 226.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7thw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7thw_validation.pdf.gz | 722.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7thw_full_validation.pdf.gz | 728.3 KB | Display | |
Data in XML | 7thw_validation.xml.gz | 22.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7thw_validation.cif.gz | 29.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thw | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Assembly
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-Components
#1: Protein | Mass: 22338.617 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis CO92 (bacteria) / Gene: YPO0514 / Plasmid: pMCSG73 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: A0A454Y5W9 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density meas: 1.79 Mg/m3 / Density % sol: 31.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.3 M Magnesium Formate 0.1 M Tris:HCl pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 22, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 29832 / % possible obs: 93.8 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 54.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 18.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 1116 / CC1/2: 0.728 / % possible all: 72.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→49.59 Å / SU ML: 0.3798 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 36.013 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 74.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→49.59 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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