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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7thn | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of PigI trapped with PigG using a proline adenosine vinylsulfonamide inhibitor | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / nonribosomal peptide synthetase / NRPS / type II / biosynthesis / Ligase-Transport protein complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-proline-[L-prolyl-carrier protein] ligase / ligase activity / antibiotic biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Serratia sp. ATCC 39006 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Corpuz, J.C. / Podust, L.M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Essential Role of Loop Dynamics in Type II NRPS Biomolecular Recognition. 著者: Corpuz, J.C. / Patel, A. / Davis, T.D. / Podust, L.M. / McCammon, J.A. / Burkart, M.D. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7thn.cif.gz | 142.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7thn.ent.gz | 104.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7thn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7thn_validation.pdf.gz | 723.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7thn_full_validation.pdf.gz | 726.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7thn_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7thn_validation.cif.gz | 44 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7thqC 6o6eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 BE
#1: タンパク質 | 分子量: 54823.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Serratia sp. ATCC 39006 (バクテリア) 株: ATCC 39006 / 遺伝子: pigI / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q5W263, L-proline-[L-prolyl-carrier protein] ligase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10689.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Serratia sp. ATCC 39006 (バクテリア) 株: ATCC 39006 / 遺伝子: pigG / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5W265 |
-非ポリマー , 5種, 639分子
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-AZI / #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | ChemComp-I5M / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.23 詳細: 0.3 M MgCl2, 24.57% PEG 3350, and 0.1 M BIS-TRIS pH 6.23 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.12 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→62.55 Å / Num. obs: 510902 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1141 / Rpim(I) all: 0.04718 / Rrim(I) all: 0.1237 / Net I/σ(I): 12.66 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.662 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.045 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 7504 / CC1/2: 0.603 / CC star: 0.867 / Rpim(I) all: 0.4542 / Rrim(I) all: 1.142 / % possible all: 99.93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6o6e 解像度: 1.6→62.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.763 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.1 Å2 / Biso mean: 17.858 Å2 / Biso min: 8.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→62.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.605→1.646 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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